结直肠癌野生型和耐药型细胞系之间基因表达状态的比较分析

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作者 于成鲲 周海超 +2 位作者 张聪敏 任艳 刘斯奇 《高等学校化学学报》 北大核心 2025年第8期25-34,共10页

对3种结直肠癌细胞系(HCT116,LoVo及HT29)的野生株和Oxaliplatin/SN38耐药株的转录组和蛋白质组分别进行了检测,通过分析野生株与耐药株基因表达的差异发现,在Oxaliplatin耐药细胞系中,3种细胞系的转录组响应较为一致;但在SN38耐药细胞... 对3种结直肠癌细胞系(HCT116,LoVo及HT29)的野生株和Oxaliplatin/SN38耐药株的转录组和蛋白质组分别进行了检测,通过分析野生株与耐药株基因表达的差异发现,在Oxaliplatin耐药细胞系中,3种细胞系的转录组响应较为一致;但在SN38耐药细胞系中,HT29细胞系转录组响应模式与其它2个细胞系显著不同.野生株和耐药株之间的蛋白质组比较分析显示,发生变化的蛋白质与转录本有较大程度的重合;与转录组数据不同的是,LoVo和HT29的蛋白质丰度受药物的影响较大,但从差异蛋白质功能聚类来看,LoVo和HCT116呈现相似性.比较分析结果还表明,Oxaliplatin在3个细胞系中引发的蛋白质丰度响应明显低于SN38造成的蛋白质丰度变化.从野生型和耐药型结肠癌细胞系的转录组和蛋白质组的整合分析出发,获得了新的候选耐药性相关蛋白.本研究可能为结直肠癌耐药性机制研究奠定了实验基础,提供了另一种启发性的思路. 展开更多

关键词 结直肠癌 奥沙利铂 SN38 耐药性

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儿童Alport综合征COL4A5基因4种新突变分析 被引量：5

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作者 都娟 黄建萍 +3 位作者 赵晓艳 王硕 肖丽丽 张尼娜 《中国循证儿科杂志》 CSCD 2013年第1期27-30,共4页

目的分析4例儿童Alport综合征的基因型和临床表型特点。方法总结4例患儿的临床特点,采用外显子捕获-第二代测序技术对4例诊断为Alport综合征患儿的COL4A5、COL4A4和COL4A3基因进行突变检测。结果 4例均为男性,年龄6～8岁,首发症状均为血... 目的分析4例儿童Alport综合征的基因型和临床表型特点。方法总结4例患儿的临床特点,采用外显子捕获-第二代测序技术对4例诊断为Alport综合征患儿的COL4A5、COL4A4和COL4A3基因进行突变检测。结果 4例均为男性,年龄6～8岁,首发症状均为血尿,均伴有不同程度的蛋白尿。1例表现为高频听力区受损,1例右侧视网膜脱色素改变。4例肾功能均正常。肾穿刺活检电镜检查均显示典型Alport综合征基底膜病变。在4个家系中发现4种COL4A5基因突变,分别为Gly132Glu、Gly1238Arg、Gly267Arg和Gly1033Ser,均为未报道的新突变。经家系验证Gly132Glu和Gly1033Ser为新生突变。用SIFT和PolyPhen软件进行蛋白功能预测均显示4种突变为有害突变。结论本研究采用外显子捕获-第二代测序技术共检测到4种COL4A5基因新突变,其中2种为新生突变。为人类Alport综合征基因突变数据库增添了4个新成员,对进一步研究中国人群Alport综合征的发病机制以及遗传咨询和产前诊断有重大意义。 展开更多

关键词 基因突变 儿童 ALPORT综合征 COL4A5 第二代测序技术

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野生小豆和栽培小豆microRNA全基因组鉴定与比较分析

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作者 马燕明 陈春海 +5 位作者 杨凯 李奕松 赵波 李江 李永强 万平 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1273-1281,共9页

MicroRNA(miRNA)是一种非编码的小RNA分子,对真核生物基因表达起着非常重要的调控作用,miRNA系统鉴定对于研究其功能及作用机制具有重要意义。本研究分别以栽培小豆京农6号(JN6)和野生小豆CWA108为试验材料,进行了深度miRNA测序。系统... MicroRNA(miRNA)是一种非编码的小RNA分子,对真核生物基因表达起着非常重要的调控作用,miRNA系统鉴定对于研究其功能及作用机制具有重要意义。本研究分别以栽培小豆京农6号(JN6)和野生小豆CWA108为试验材料,进行了深度miRNA测序。系统鉴定和注释这2个物种的miRNA,并分析了其miRNA种类的异同、表达量的差异和靶基因在功能富集上的差别。鉴定出了JN6和CWA108共有和特有的miRNA,明确了它们之间差异表达的miRNA,以及这些特有和差异miRNA的靶基因在功能富集上的差异,发现可能和抗病与抗逆途径相关。 展开更多

关键词 MIRNA 栽培小豆(Vigna angularis) 野生小豆(Vigna angularis var.nipponensis)

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基因密码子拓展技术的方法原理和前沿应用研究进展 被引量：4

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作者 付宪 林涛 +6 位作者 张帆 张惠铭 章文蔚 杨焕明 朱师达 徐讯 沈玥 《合成生物学》 2020年第1期103-119,共17页

自然界生物根据其高度保守的密码子表来对20种天然氨基酸进行基因编码,这些种类有限的氨基酸构成了天然蛋白质合成的基本构筑单元。生物在漫长进化中通过改变蛋白质中氨基酸的排列顺序来丰富其结构与功能,但上述过程是随机的,缺乏可控... 自然界生物根据其高度保守的密码子表来对20种天然氨基酸进行基因编码,这些种类有限的氨基酸构成了天然蛋白质合成的基本构筑单元。生物在漫长进化中通过改变蛋白质中氨基酸的排列顺序来丰富其结构与功能,但上述过程是随机的,缺乏可控性。拓展用于蛋白质合成的氨基酸种类亦可实现对蛋白质结构和功能的改变与操纵。通过对中心法则中翻译系统的设计与改造,基因密码子拓展技术可将非天然氨基酸特异性地引入到细胞内目标蛋白的指定位点,利用非天然氨基酸中特殊的官能团赋予目标蛋白新的物理化学性质,最终达到蛋白质功能创新的目的。本文主要介绍基因密码子拓展技术中翻译工具开发和适配底盘改造研究相关的原理、技术和前沿进展,讨论其在蛋白质功能调控、生物医药、生物防控等新兴领域应用中的成果进展与未来展望。 展开更多

关键词 非天然氨基酸 密码子拓展系统 翻译工具 适配底盘细胞 正交性

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利用法医SNP系谱推断技术侦破命案积案1例

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作者 孟必成 何柏芳 +6 位作者 姚智卿 王斌 黄江平 郝思静 曹禹 余华光 杨帆 《法医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期406-407,共2页

1案例1.1简要案情2013年,某镇一女性被杀害,头部有血和多处钝器伤,颈部有掐痕。经鉴定,死亡原因为颅脑损伤合并机械性窒息。案发后在现场的毛巾血斑中检出一男性15个常染色体STR分型,但在数据库中未比中嫌疑人。近日,本鉴定中心对该样... 1案例1.1简要案情2013年,某镇一女性被杀害,头部有血和多处钝器伤,颈部有掐痕。经鉴定,死亡原因为颅脑损伤合并机械性窒息。案发后在现场的毛巾血斑中检出一男性15个常染色体STR分型,但在数据库中未比中嫌疑人。近日,本鉴定中心对该样本进行复检,成功获得该男性41个Y-STR分型,并通过数据库比中某省一徐姓家系。经调查,该家系规模庞大、人员众多,且人员流动性较强,多个分支已迁往外地,排查难度极大。因此,本鉴定中心筛选出可通过五级亲缘关系覆盖整个家系的79例家族人员样本,使用法医SNP系谱推断技术进一步排查。 展开更多

关键词 法医遗传学 全基因组关联分析 亲缘关系 系谱分析 血缘一致性

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利用无标记单细胞蛋白质组学方法构建小鼠外周血单个核细胞的细胞图谱

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作者 黄玉滢 于成鲲 +1 位作者 刘斯奇 任艳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期150-157,共8页

采用抗体荧光标记法分离出T细胞、 B细胞、自然杀伤细胞和树突状细胞.使用CellenONE单细胞分选系统分选出相应的单细胞,在分选过程中应用了质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学(Mad-CASP)技术.将高疏水性肽段预先加入至分选的孔板中,从... 采用抗体荧光标记法分离出T细胞、 B细胞、自然杀伤细胞和树突状细胞.使用CellenONE单细胞分选系统分选出相应的单细胞,在分选过程中应用了质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学(Mad-CASP)技术.将高疏水性肽段预先加入至分选的孔板中,从而减少了蛋白在孔板和色谱柱上的吸附.提取出单细胞蛋白并进行酶解,采用液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)技术对获得的肽段进行数据采集,并利用Maxquant软件中的谱图库及“运行中匹配”功能进行了蛋白质的搜库鉴定.采用维恩图和统一流形近似与投影(UMAP)技术分析了4种细胞的蛋白表达差异,对细胞的特异性蛋白进行了分子特征数据库小鼠免疫通路富集,并对计数排序前2名的通路进行了分析,同时利用模糊C均值聚类方法和京都大学基因与基因组数据库(KEGG)通路富集分析了免疫细胞共享蛋白定量值的变化,绘制了专属于小鼠外周血单个核细胞的单细胞蛋白质组学图谱.研究结果对深入理解免疫细胞的功能特征和发现疾病相关的关键蛋白标记物具有重要价值. 展开更多

关键词 小鼠外周血单个核细胞 质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学 细胞图谱

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叶绿体全基因组序列确定钻天柳在杨柳科中的系统发育位置

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作者 冯楚航 何彩云 +2 位作者 王莹 曾艳飞 张建国 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2019年第2期73-77,共5页

[目的]为解决濒危物种钻天柳在杨柳科中分类学位置的争议。[方法]本研究通过二代测序技术,从头测序、拼接得到钻天柳叶绿体基因组全序列,并与已发表的9种杨属植物和4种柳属植物的叶绿体基因组全序列进行比较,采用最大似然法、最大简约... [目的]为解决濒危物种钻天柳在杨柳科中分类学位置的争议。[方法]本研究通过二代测序技术,从头测序、拼接得到钻天柳叶绿体基因组全序列,并与已发表的9种杨属植物和4种柳属植物的叶绿体基因组全序列进行比较,采用最大似然法、最大简约法和贝叶斯推断法分析了这些物种的系统发育关系。[结果]研究发现:钻天柳总基因组为155 661 bp,由长度为84 536 bp的长单拷贝(LSC)区域和16 215 bp的短单拷贝(SSC)区域,以及一对分隔开它们的27 455 bp的反向重复序列(IRS)组成。钻天柳叶绿体基因组总GC含量为36.68%,共有113个不同的基因,包括79个蛋白质编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因,其中,有20个基因分布于反向重复区;在所有基因中,有14个基因包含1个内含子,3个基因(rps12、clpP、ycf3)内含有2个内含子;系统发育分析以100%的支持率将钻天柳与柳属黄花柳亚属的2个物种聚为一支,杨属的所有物种聚为另一支。[结论]本研究首次组装并注释了钻天柳叶绿体基因组全序列,并明确支持钻天柳并入柳属,而非单独成属,这将为钻天柳甚至杨柳科的系统进化研究提供重要参考。 展开更多

关键词 二代测序 柳属 杨柳科 叶绿体基因组 钻天柳

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咸宁天然药食兼用植物资源概况及其分析

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作者 曾青兰 陈迪胜 +2 位作者 王瑞 孙连连 王振启 《湖北农业科学》 2018年第7期80-83,共4页

调查了咸宁天然药食兼用植物资源概况,分析了健康养生的价值,为有效开发利用咸宁天然药食兼用植物资源奠定了一定的基础。

关键词 药食兼用植物 健康养生 可持续发展 咸宁

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第二代测序技术在五例人类疱疹病毒性脑炎和(或)脑膜炎诊断中的应用 被引量：7

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作者 金珂 王晓娟 +8 位作者 关鸿志 秦灵芝 贾亚珍 周珂珂 马海畅 王月 王芳 邢丽 李玮 《中国现代神经疾病杂志》 CAS 北大核心 2020年第7期638-642,共5页

目的评估脑脊液第二代测序技术在人类疱疹病毒性脑炎和(或)脑膜炎诊断中的应用价值。方法对2018年1-9月5例高度疑似人类疱疹病毒性脑炎和(或)脑膜炎患者的临床特征、实验室和影像学表现进行回顾分析,并结合脑脊液第二代测序结果综合分... 目的评估脑脊液第二代测序技术在人类疱疹病毒性脑炎和(或)脑膜炎诊断中的应用价值。方法对2018年1-9月5例高度疑似人类疱疹病毒性脑炎和(或)脑膜炎患者的临床特征、实验室和影像学表现进行回顾分析,并结合脑脊液第二代测序结果综合分析病原学来源。结果临床表现为急性发病,以发热、头痛、颈项强直等为主要症状与体征,脑脊液白细胞计数(74~260)×106/L;第二代测序共分离与鉴定病毒1属3种,检出人类疱疹病毒Ⅰ型1例、Ⅲ型3例和Ⅳ型1例;人类疱疹病毒核酸序列数为4~5406条,将鉴定的读数映射到病毒基因组的覆盖度为0.08%~81.01%。结论脑脊液第二代测序技术可辅助人类疱疹病毒性脑炎和(或)脑膜炎的诊断,并可对病毒进行准确分型,值得在临床推广应用。 展开更多

关键词 脑炎 病毒性 脑膜炎 病毒性 疱疹病毒科感染 脑脊髓液 基因检测

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Chamaeleo:DNA存储碱基编解码算法的可拓展集成与系统评估平台 被引量：3

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作者 平质 张颢龄 +4 位作者 陈世宏 倪鸣 徐讯 朱砂 沈玥 《合成生物学》 CSCD 2021年第3期412-427,共16页

近年来DNA存储因其数据存储密度与保存时间方面的优势而备受关注,有望在如光盘、硬盘等传统存储介质之外作为一种新型信息存储方式,满足海量数据存储及特殊应用领域数据加密存储的迫切需求。DNA存储流程中,二进制信息到DNA碱基序列的相... 近年来DNA存储因其数据存储密度与保存时间方面的优势而备受关注,有望在如光盘、硬盘等传统存储介质之外作为一种新型信息存储方式,满足海量数据存储及特殊应用领域数据加密存储的迫切需求。DNA存储流程中,二进制信息到DNA碱基序列的相互转换(即编解码)方法是实现数字信息技术与生物技术衔接的最核心步骤。尽管DNA存储编解码研究已有丰富进展,但与现有上下游衔接技术的兼容性,对不同存储文件的适配性、存储稳健性和数据安全性等尚缺少一个可量化比较与评估的系统。因此,本研究开发了一个DNA存储编解码方法的可扩展集成与评估平台Chamaeleo,以模块化集成方式对已开发的编解码方法进行系统性量化分析与评估,可针对不同类型文件进行编解码方法的择优方案输出。Chamaeleo以开源方式运行,以便于未来新编解码方法和评价指标的持续加载,促进该领域开放交流,推动规范化有序发展。 展开更多

关键词 DNA存储 二进制-碱基编解码方法 评估体系 兼容性 存储稳健性

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基于微量建库测序的毛皮鉴定技术研究

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作者 杨芳芳 罗利玲 +1 位作者 陈跃刚 王晓丽 《皮革科学与工程》 CAS 2017年第4期47-50,共4页

本研究目的是通过微量建库测序的方法,搭建动物物种DNA片段化数据库,建立毛皮动物物种鉴定检测技术体系。本研究选择11个无参考基因的物种,一共21份样品,提取样品的DNA,通过微量建库测序,成功建立了11个物种的DNA片段化数据库,建库成功... 本研究目的是通过微量建库测序的方法,搭建动物物种DNA片段化数据库,建立毛皮动物物种鉴定检测技术体系。本研究选择11个无参考基因的物种,一共21份样品,提取样品的DNA,通过微量建库测序,成功建立了11个物种的DNA片段化数据库,建库成功率100%。测试:随机选择了5个物种共9个测试样品进行方法验证,测试样与所对应的物种聚类吻合率达100%。本研究建立的微量建库测序方法可以用于毛皮的物种鉴定。 展开更多

关键词 微量建库测序 毛皮 鉴定

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