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杜洛克猪生长性状全基因组关联分析及候选基因鉴定
被引量：
6
1
作者
张笑科
廖伟莉
+5 位作者
陈信佑
李婷婷
袁晓龙
李加琪
黄翔
张豪
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期1868-1876,共9页
旨在对杜洛克猪生长性状进行全基因组关联分析及候选基因鉴定。本研究选用361头杜洛克种公猪作为试验群体,对达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状进行测定,基因型信息使用50K单核苷酸多态...
旨在对杜洛克猪生长性状进行全基因组关联分析及候选基因鉴定。本研究选用361头杜洛克种公猪作为试验群体,对达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状进行测定,基因型信息使用50K单核苷酸多态性阵列进行分型,质控后得到31618个SNPs。使用GCTA软件利用基因组信息对各生长性状进行遗传参数估计,使用R软件rMVP包FarmCPU模型进行全基因组关联分析,鉴定与生长性状相关的基因组区域和候选基因。结果表明,达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状的遗传力分别为0.27、0.29、0.16和0.11,属于中等遗传力性状,达100 kg体重日龄和达100 kg平均日增重的遗传相关和表型相关值均为-0.99,为强负相关关系。全基因关联分析结果表明,在达100 kg体重日龄和达100 kg平均日增重性状上共检测到3个显著SNPs,均位于10号染色体上。使用最小显著差数检验法对显著SNPs的等位基因型进行多重比较,显著SNPs rs81237156、rs81424502和rs81313018的优势等位基因分别为G、T和A。候选基因HACD 1和BAMBI在显著SNPs附近的候选区域内被鉴定与猪生长性状相关。本研究新发现的候选基因将促进对生长性状的理解,而新变异的识别可为猪育种的潜在标记提供新的思路。
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关键词
猪
生长性状
全基因组关联分析
候选基因
FarmCPU
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职称材料
题名
杜洛克猪生长性状全基因组关联分析及候选基因鉴定
被引量：
6
1
作者
张笑科
廖伟莉
陈信佑
李婷婷
袁晓龙
李加琪
黄翔
张豪
机构
华南农业大学动物科学学院、广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室、国家生猪种业工程技术研究中心
广东
谷越科技有限公司
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期1868-1876,共9页
基金
广东省重点领域研发计划(2022B0202090002)
国家生猪产业技术体系(CARS-35)。
文摘
旨在对杜洛克猪生长性状进行全基因组关联分析及候选基因鉴定。本研究选用361头杜洛克种公猪作为试验群体,对达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状进行测定,基因型信息使用50K单核苷酸多态性阵列进行分型,质控后得到31618个SNPs。使用GCTA软件利用基因组信息对各生长性状进行遗传参数估计,使用R软件rMVP包FarmCPU模型进行全基因组关联分析,鉴定与生长性状相关的基因组区域和候选基因。结果表明,达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状的遗传力分别为0.27、0.29、0.16和0.11,属于中等遗传力性状,达100 kg体重日龄和达100 kg平均日增重的遗传相关和表型相关值均为-0.99,为强负相关关系。全基因关联分析结果表明,在达100 kg体重日龄和达100 kg平均日增重性状上共检测到3个显著SNPs,均位于10号染色体上。使用最小显著差数检验法对显著SNPs的等位基因型进行多重比较,显著SNPs rs81237156、rs81424502和rs81313018的优势等位基因分别为G、T和A。候选基因HACD 1和BAMBI在显著SNPs附近的候选区域内被鉴定与猪生长性状相关。本研究新发现的候选基因将促进对生长性状的理解,而新变异的识别可为猪育种的潜在标记提供新的思路。
关键词
猪
生长性状
全基因组关联分析
候选基因
FarmCPU
Keywords
pig
growth traits
GWAS
candidate genes
FarmCPU
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
杜洛克猪生长性状全基因组关联分析及候选基因鉴定
张笑科
廖伟莉
陈信佑
李婷婷
袁晓龙
李加琪
黄翔
张豪
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
6
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