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基于16S rDNA快速鉴定细菌的PCR测序方法的建立及其进化关系分析
被引量：
8
1
作者
宋路萍
杨振苹
+6 位作者
王斌
邢体坤
郝一楠
江魁
王亚萍
黄帅
张静静
《中国医药科学》
2020年第17期86-91,共6页
目的建立基于16S rDNA快速鉴定细菌的PCR测序方法。方法通过一组16S rDNA通用引物扩增得到基因组全长,PCR产物经纯化后直接测序分析。利用BLAST软件从GenBank数据库中搜索相关菌株的16S rDNA全序列,采用Clustal X软件进行多序列比对和...
目的建立基于16S rDNA快速鉴定细菌的PCR测序方法。方法通过一组16S rDNA通用引物扩增得到基因组全长,PCR产物经纯化后直接测序分析。利用BLAST软件从GenBank数据库中搜索相关菌株的16S rDNA全序列,采用Clustal X软件进行多序列比对和同源性分析,确定细菌的种属。结果实验利用引物建立了16S rDNA全长序列分析方法,未知菌种和已知菌株通过PCR方法获得约1500bp的全长序列。比对分析已知菌株测序结果与预期标准序列完全一致,证实建立的PCR方法结果可靠。利用建立的PCR法,对实验室从污染物中分离得到不同未知菌株进行鉴定,成功确定了这些菌株的种属。结论建立的基于16S rDNA的PCR方法是可行的,可快速准确地检测及鉴定细菌种类,尽早发现细菌污染,对污染制品输注后的针对性治疗方面具有潜在的应用价值。
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关键词
细菌污染
16S
rDNA
多聚酶链式反应
芽孢杆菌
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职称材料
三种无缝克隆试剂盒连接效率的比较
被引量：
2
2
作者
邢体坤
王斌
+5 位作者
郭冰峰
宋路萍
杨振苹
荆新蕊
郝一楠
张静静
《中国医药科学》
2020年第17期74-77,共4页
目的比较生工生物工程(上海)股份有限公司、厂家A和厂家B三种无缝克隆试剂盒连接效率,为文库构建选择试剂盒提供参考。方法本研究采用Nco I和Xho I酶切pET26b获得线性化载体,PCR扩增制备线性化片段。无缝隙克隆反应体系转化感受态大肠杆...
目的比较生工生物工程(上海)股份有限公司、厂家A和厂家B三种无缝克隆试剂盒连接效率,为文库构建选择试剂盒提供参考。方法本研究采用Nco I和Xho I酶切pET26b获得线性化载体,PCR扩增制备线性化片段。无缝隙克隆反应体系转化感受态大肠杆菌,菌落PCR鉴定三种重组试剂盒连接阳性率。结果生工生物工程(上海)股份有限公司、厂家A和厂家B三种无缝克隆试剂盒分别长出107、86和16个克隆,阳性率分别为90.91%、72.73%和43.75%。结论从试剂盒性价比,转化总克隆数量和阳性克隆率等方面考虑,生工生物工程(上海)股份有限公司的无缝克隆试剂盒为文库构建的最佳选择。
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关键词
无缝克隆
阳性克隆率
限制性内切酶
PCR扩增
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职称材料
四种去内毒素试剂盒提取质粒中内毒素水平的比较
3
作者
杨振苹
张静静
+7 位作者
邢体坤
王斌
宋路萍
荆新蕊
宋彦君
黄帅
王亚萍
潘若文
《中国医药科学》
2020年第13期11-14,共4页
目的比较四种去内毒素质粒提取试剂盒所提质粒中内毒素的水平。方法本实验选用了四种商业化去内毒素试剂盒进行质粒提取,然后用鲎试剂凝胶法和动态浊度法对所提质粒DNA进行内毒素检测。结果四种试剂盒所提取的质粒得率、A260/A280、A260...
目的比较四种去内毒素质粒提取试剂盒所提质粒中内毒素的水平。方法本实验选用了四种商业化去内毒素试剂盒进行质粒提取,然后用鲎试剂凝胶法和动态浊度法对所提质粒DNA进行内毒素检测。结果四种试剂盒所提取的质粒得率、A260/A280、A260/A230均符合要求,内毒素水平均小于0.1EU/μg。其中,C试剂盒所提取的质粒中内毒素含量最低。结论四种去内毒素质粒提取试剂盒在质粒得率、内毒素含量、价格方面有一定的差异。其中C试剂盒所提质粒得的率最高,内毒素含量最低,但价格也最贵;B试剂盒性价比最高,使用时应根据实际情况综合考虑。
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关键词
质粒
内毒素
去内毒素质粒提取试剂盒
凝胶法
动态浊度法
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职称材料
题名
基于16S rDNA快速鉴定细菌的PCR测序方法的建立及其进化关系分析
被引量：
8
1
作者
宋路萍
杨振苹
王斌
邢体坤
郝一楠
江魁
王亚萍
黄帅
张静静
机构
华兰生物工程股份有限公司研发中心
华兰
基因
工程
有限公司
质量控制部
出处
《中国医药科学》
2020年第17期86-91,共6页
基金
“重大新药创制”科技重大专项(2018ZX09736010)。
文摘
目的建立基于16S rDNA快速鉴定细菌的PCR测序方法。方法通过一组16S rDNA通用引物扩增得到基因组全长,PCR产物经纯化后直接测序分析。利用BLAST软件从GenBank数据库中搜索相关菌株的16S rDNA全序列,采用Clustal X软件进行多序列比对和同源性分析,确定细菌的种属。结果实验利用引物建立了16S rDNA全长序列分析方法,未知菌种和已知菌株通过PCR方法获得约1500bp的全长序列。比对分析已知菌株测序结果与预期标准序列完全一致,证实建立的PCR方法结果可靠。利用建立的PCR法,对实验室从污染物中分离得到不同未知菌株进行鉴定,成功确定了这些菌株的种属。结论建立的基于16S rDNA的PCR方法是可行的,可快速准确地检测及鉴定细菌种类,尽早发现细菌污染,对污染制品输注后的针对性治疗方面具有潜在的应用价值。
关键词
细菌污染
16S
rDNA
多聚酶链式反应
芽孢杆菌
Keywords
Bacterial contamination
16S rDNA
Polymerase chain reaction
Bacillus
分类号
R446.5 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
三种无缝克隆试剂盒连接效率的比较
被引量：
2
2
作者
邢体坤
王斌
郭冰峰
宋路萍
杨振苹
荆新蕊
郝一楠
张静静
机构
华兰生物工程股份有限公司研发中心
华兰
基因
工程
有限公司
质量控制部
华兰
生物工程
股份有限公司
血制
研发
部
出处
《中国医药科学》
2020年第17期74-77,共4页
基金
“重大新药创制”科技重大专项(2018ZX09736010)。
文摘
目的比较生工生物工程(上海)股份有限公司、厂家A和厂家B三种无缝克隆试剂盒连接效率,为文库构建选择试剂盒提供参考。方法本研究采用Nco I和Xho I酶切pET26b获得线性化载体,PCR扩增制备线性化片段。无缝隙克隆反应体系转化感受态大肠杆菌,菌落PCR鉴定三种重组试剂盒连接阳性率。结果生工生物工程(上海)股份有限公司、厂家A和厂家B三种无缝克隆试剂盒分别长出107、86和16个克隆,阳性率分别为90.91%、72.73%和43.75%。结论从试剂盒性价比,转化总克隆数量和阳性克隆率等方面考虑,生工生物工程(上海)股份有限公司的无缝克隆试剂盒为文库构建的最佳选择。
关键词
无缝克隆
阳性克隆率
限制性内切酶
PCR扩增
Keywords
Seamless cloning
Positive clone rate
Restriction endonuclease
PCR amplification
分类号
Q785 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
四种去内毒素试剂盒提取质粒中内毒素水平的比较
3
作者
杨振苹
张静静
邢体坤
王斌
宋路萍
荆新蕊
宋彦君
黄帅
王亚萍
潘若文
机构
华兰生物工程股份有限公司研发中心
华兰
基因
工程
有限公司
质量控制部
出处
《中国医药科学》
2020年第13期11-14,共4页
基金
“重大新药创制”科技重大专项(2018ZX09736010)。
文摘
目的比较四种去内毒素质粒提取试剂盒所提质粒中内毒素的水平。方法本实验选用了四种商业化去内毒素试剂盒进行质粒提取,然后用鲎试剂凝胶法和动态浊度法对所提质粒DNA进行内毒素检测。结果四种试剂盒所提取的质粒得率、A260/A280、A260/A230均符合要求,内毒素水平均小于0.1EU/μg。其中,C试剂盒所提取的质粒中内毒素含量最低。结论四种去内毒素质粒提取试剂盒在质粒得率、内毒素含量、价格方面有一定的差异。其中C试剂盒所提质粒得的率最高,内毒素含量最低,但价格也最贵;B试剂盒性价比最高,使用时应根据实际情况综合考虑。
关键词
质粒
内毒素
去内毒素质粒提取试剂盒
凝胶法
动态浊度法
Keywords
Plasmid
Endotoxin
Endotoxin-free plasmid extraction kit
Gel method
Dynamic turbidity method
分类号
Q782 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于16S rDNA快速鉴定细菌的PCR测序方法的建立及其进化关系分析
宋路萍
杨振苹
王斌
邢体坤
郝一楠
江魁
王亚萍
黄帅
张静静
《中国医药科学》
2020
8
在线阅读
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职称材料
2
三种无缝克隆试剂盒连接效率的比较
邢体坤
王斌
郭冰峰
宋路萍
杨振苹
荆新蕊
郝一楠
张静静
《中国医药科学》
2020
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
四种去内毒素试剂盒提取质粒中内毒素水平的比较
杨振苹
张静静
邢体坤
王斌
宋路萍
荆新蕊
宋彦君
黄帅
王亚萍
潘若文
《中国医药科学》
2020
0
在线阅读
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职称材料
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