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题名数字大鼠整体断层解剖数据集的制备技术
被引量：1
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作者
余雳
刘谦
白雪岭
廖银萍
骆清铭
龚辉
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机构
华中科技大学湖北省生物信息与分子成像重点实验室
华中科技大学生物医学光子学教育部重点实验室
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出处
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第4期399-402,共4页
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基金
863计划（2005AA235100,2003AA231011）资助项目.
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文摘
从实验动物的选择以及样本的冷冻固定、样本的包埋与冷冻、实验数据的采集等方面探索了大鼠整体数据集的制备技术,并在此基础上获得了一套大鼠全身的高精度数字断层解剖数据集,该数据集包含高质量的二维横断面解剖图像9475张,单张图像的分辨率为4600×2580×24-bit,像素尺寸为0.020 mm×0.020 mm,切片厚度为0.020 mm,数据集总容量达314.68 GByte.断面图像的分析表明数据集的制备质量达到了较高的水平.该制备方法可为今后在整体层次上开展数字大鼠研究提供技术支撑.
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关键词
大鼠
整体
数字断层解剖数据集
制备技术
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Keywords
rat, whole, digital atlas of sectional anatomy, preparation technology
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分类号
Q959.837
[生物学—动物学]
TP311.13
[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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题名基于语义网技术的基因和基因产物搜索工具
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作者
许庆炜
鲁强
曹顺良
骆清铭
李亦学
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机构
华中科技大学湖北省生物信息与分子成像重点实验室
上海生物信息技术研究中心
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出处
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第11期1169-1173,共5页
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基金
973计划（2003CB715904）资助项目
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文摘
GORouter运用多种语义网技术和工具构建了一个以基因本体为中心的基因和基因产物相关信息知识库,为生命科学研究人员提供跨物种、跨领域的语义搜索服务。GORouter核心数据集中共集成了27个语义描述框架（RDF）模块,由约7.2百万个三元组组成,涵盖了18个生物学数据库所提供的基因和基因产物注释信息,并通过引入3个相关本体丰富了不同来源数据间的语义联系。
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关键词
语义网
基因本体(GO)
语义描述框架(RDF)
Oracle
生命科学标识(LSID)
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Keywords
semantic web, gene ontology （CA3）, resource description framework （RDF）, Oracle, life science identifier （LSID）
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分类号
TP393
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名基于Java的基因本体工具包
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作者
张国庆
骆清铭
鲁强
李亦学
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机构
华中科技大学湖北省生物信息与分子成像重点实验室
上海市生物信息技术中心
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出处
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第7期735-739,共5页
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基金
863计划（2003AA231011）和973计划（2003CB715900,2004CB518606）资助项目.致谢：感谢曹顺良博士关于语义相似性方面的讨论.
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文摘
针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析.
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关键词
基因本体
解析器
图模型
语义相似性
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Keywords
gene ontology, parser, graph model, semantic similarity
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分类号
TP393
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
TP311.56
[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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