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上海生命科学数据中心的设计与实现 被引量：4
1
作者 许庆炜 曹顺良 +3 位作者 李荣 张国庆 骆清铭 李亦学 《计算机应用与软件》 CSCD 北大核心 2008年第4期37-39,共3页
上海生命科学数据中心通过整合实验数据、分析工具、相关文献,为研究人员提供一个具有中国特色、地方特点,以知识为导向、技术前瞻的生命科学数据共享、服务支撑平台。平台针对生命科学数据自身的特点,运用最新技术手段,在海量数据的管... 上海生命科学数据中心通过整合实验数据、分析工具、相关文献,为研究人员提供一个具有中国特色、地方特点,以知识为导向、技术前瞻的生命科学数据共享、服务支撑平台。平台针对生命科学数据自身的特点,运用最新技术手段,在海量数据的管理、异构数据的整合、分布式数据访问,以及数据安全性管理方面进行了积极、有益的探索。目前,平台一期工作已经完成,并开始对外提供服务(http://lifecenter.sgst.cn/)。 展开更多
关键词 生命科学 数据整合 ORACLE数据库 分布式管理
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基于文本挖掘与功能相似性的疾病基因预测 被引量：2
2
作者 袁芳 王瑞春 +3 位作者 管明祥 万学元 何国荣 周艳红 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期27-28,39,共3页
现有疾病基因预测方法大多利用致病基因的各类注释信息进行预测,但仍有很多疾病没有任何注释信息。针对该问题,提出一种基于文本挖掘与功能相似性的疾病基因预测方法,通过数据挖掘获取疾病的相关基因本体术语,利用功能相似性分析基因与... 现有疾病基因预测方法大多利用致病基因的各类注释信息进行预测,但仍有很多疾病没有任何注释信息。针对该问题,提出一种基于文本挖掘与功能相似性的疾病基因预测方法,通过数据挖掘获取疾病的相关基因本体术语,利用功能相似性分析基因与疾病之间的相关程度,并根据该相关程度对所有候选基因进行排序,从而识别出致病基因。测试结果显示,该方法能有效预测没有已知功能注释的致病基因。 展开更多
关键词 疾病基因预测 基因本体 文本挖掘 功能相似性
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基于功能的疾病基因预测系统设计与应用 被引量：2
3
作者 袁芳 王瑞春 +1 位作者 管明祥 周艳红 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期259-261,共3页
针对与某种特定器官组织相关的疾病,利用新基因识别、基因功能预测以及疾病基因预测等技术,提出并实现一个基于基因功能信息的疾病候选基因预测系统。将其用于心血管疾病相关基因的大规模分析与预测,结果证明,该系统可以对疾病候选区间... 针对与某种特定器官组织相关的疾病,利用新基因识别、基因功能预测以及疾病基因预测等技术,提出并实现一个基于基因功能信息的疾病候选基因预测系统。将其用于心血管疾病相关基因的大规模分析与预测,结果证明,该系统可以对疾病候选区间的已知基因进行致病可能性的鉴别,发现新基因,并判定新基因与疾病的相关程度。 展开更多
关键词 疾病基因 基因本体 预测 心血管
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基于构件的生命科学主题数据库构建方法 被引量：2
4
作者 张国庆 曹顺良 +2 位作者 方焯 许庆炜 骆清铭 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2007年第6期12-14,17,共4页
提出了一种生命科学主题数据库的快速构建方法。使用管理表和数据表共同管理生命科学数据,通过查询模板灵活控制对数据库的访问,采用构件化方法设计和构造数据库应用程序,从而快速构建主题数据库。基于该方法构建的主题数据库能够快速... 提出了一种生命科学主题数据库的快速构建方法。使用管理表和数据表共同管理生命科学数据,通过查询模板灵活控制对数据库的访问,采用构件化方法设计和构造数据库应用程序,从而快速构建主题数据库。基于该方法构建的主题数据库能够快速增删主题数据的类型,具有高度的灵活性。 展开更多
关键词 生命科学 主题数据库 查询模板 构件
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基于蛋白质相互作用网络预测癌症致病基因 被引量：2
5
作者 袁芳 李靖 周艳红 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2012年第9期3221-3223,共3页
基于现有的蛋白质相互作用数据,提出利用邻居曲线方法来分析癌症基因产物在蛋白质相互作用网络中的中心度和聚集度,据此获取与癌症高度相关的候选致病基因。癌症基因大规模测试显示,有26%的目标基因在候选基因中排名前5%,90%的目标基因... 基于现有的蛋白质相互作用数据,提出利用邻居曲线方法来分析癌症基因产物在蛋白质相互作用网络中的中心度和聚集度,据此获取与癌症高度相关的候选致病基因。癌症基因大规模测试显示,有26%的目标基因在候选基因中排名前5%,90%的目标基因在候选基因中排名前50%,该方法能有效地识别癌症致病基因。 展开更多
关键词 疾病基因 癌症 蛋白质相互关系 预测
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数字大鼠整体断层解剖数据集的制备技术 被引量：1
6
作者 余雳 刘谦 +3 位作者 白雪岭 廖银萍 骆清铭 龚辉 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期399-402,共4页
从实验动物的选择以及样本的冷冻固定、样本的包埋与冷冻、实验数据的采集等方面探索了大鼠整体数据集的制备技术,并在此基础上获得了一套大鼠全身的高精度数字断层解剖数据集,该数据集包含高质量的二维横断面解剖图像9475张,单张图像... 从实验动物的选择以及样本的冷冻固定、样本的包埋与冷冻、实验数据的采集等方面探索了大鼠整体数据集的制备技术,并在此基础上获得了一套大鼠全身的高精度数字断层解剖数据集,该数据集包含高质量的二维横断面解剖图像9475张,单张图像的分辨率为4600×2580×24-bit,像素尺寸为0.020 mm×0.020 mm,切片厚度为0.020 mm,数据集总容量达314.68 GByte.断面图像的分析表明数据集的制备质量达到了较高的水平.该制备方法可为今后在整体层次上开展数字大鼠研究提供技术支撑. 展开更多
关键词 大鼠 整体 数字断层解剖数据集 制备技术
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基于语义网技术的基因和基因产物搜索工具
7
作者 许庆炜 鲁强 +2 位作者 曹顺良 骆清铭 李亦学 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1169-1173,共5页
GORouter运用多种语义网技术和工具构建了一个以基因本体为中心的基因和基因产物相关信息知识库,为生命科学研究人员提供跨物种、跨领域的语义搜索服务。GORouter核心数据集中共集成了27个语义描述框架（RDF）模块,由约7.2百万个三元组... GORouter运用多种语义网技术和工具构建了一个以基因本体为中心的基因和基因产物相关信息知识库,为生命科学研究人员提供跨物种、跨领域的语义搜索服务。GORouter核心数据集中共集成了27个语义描述框架（RDF）模块,由约7.2百万个三元组组成,涵盖了18个生物学数据库所提供的基因和基因产物注释信息,并通过引入3个相关本体丰富了不同来源数据间的语义联系。 展开更多
关键词 语义网 基因本体(GO) 语义描述框架(RDF) Oracle 生命科学标识(LSID)
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基于Java的基因本体工具包
8
作者 张国庆 骆清铭 +1 位作者 鲁强 李亦学 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期735-739,共5页
针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块... 针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析. 展开更多
关键词 基因本体 解析器 图模型 语义相似性
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利用相似显著性序列特征预测白血病疾病基因
9
作者 袁芳 周艳红 何光源 《华中师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期461-467,共7页
研究发现新的白血病致病基因对揭示白血病机理,寻求有效治疗方法有重要意义.选取了mRNA和protein序列的330个物化特征,发现某些特征在五类白血病(T-ALL、ALL、AML、APL和JML)的已知疾病基因中表现出相似的显著性差异.基于这个特点设计... 研究发现新的白血病致病基因对揭示白血病机理,寻求有效治疗方法有重要意义.选取了mRNA和protein序列的330个物化特征,发现某些特征在五类白血病(T-ALL、ALL、AML、APL和JML)的已知疾病基因中表现出相似的显著性差异.基于这个特点设计了一种新的白血病疾病基因预测方法.测试结果表明该方法能够有效地从众多候选基因中预测出真实的白血病基因,效果明显优于其他预测方法. 展开更多
关键词 白血病 序列特征 疾病基因预测
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黑腹果蝇miRNA前体的预测
10
作者 马闯 胡星驰 +1 位作者 童潘 黄慧艳 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期127-131,共5页
MicroRNA(miRNA)是一类长度约23 nt的内源性单链小分子RNA,它通过与靶标结合位点区域的碱基互补结合来调控靶标基因的表达。通过寻找潜在的miRNA结合位点预测miRNA前体,首先在黑腹果蝇mRNA的3’UTR区域中搜寻潜在的miRNA结合位点,然后... MicroRNA(miRNA)是一类长度约23 nt的内源性单链小分子RNA,它通过与靶标结合位点区域的碱基互补结合来调控靶标基因的表达。通过寻找潜在的miRNA结合位点预测miRNA前体,首先在黑腹果蝇mRNA的3’UTR区域中搜寻潜在的miRNA结合位点,然后根据碱基配对原则以及miRNA前体的结构序列特征来预测可能存在的miRNA前体。在黑腹果蝇全基因组范围内对其miRNA的预测结果证实了该方法的有效性。该方法还可应用到其他物种的miRNA发现研究中。 展开更多
关键词 生命科学与技术 黑腹果蝇 MIRNA 靶标基因 结合位点
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