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北五味子在胸主动脉瘤发生发展中作用机制的网络药理学和分子对接技术分析 被引量:2
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作者 李妍 侯月 +4 位作者 牟星蔚 刘冰清 万红 刘畅 夏薇 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期414-425,共12页
目的:探讨北五味子(SCF)在胸主动脉瘤(TAA)发生发展过程中的作用,并阐明其可能的机制。方法:整合中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Uniprot、Swiss TargetPrediction、CTD、GeneCards、OpenTargets和OMIM多个数据库获取SCF作用于... 目的:探讨北五味子(SCF)在胸主动脉瘤(TAA)发生发展过程中的作用,并阐明其可能的机制。方法:整合中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Uniprot、Swiss TargetPrediction、CTD、GeneCards、OpenTargets和OMIM多个数据库获取SCF作用于TAA的潜在靶点;利用String数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行拓扑网络分析得到SCF作用于TAA的核心靶点;借助Omicshare在线分析平台对潜在作用靶点进行潜在靶点的基因本体(GO)和京都基因组与基因百科全书(KEGG)富集分析;通过GEO数据库提取SCF有效成分—五味子酯乙(SchB)刺激大鼠主动脉平滑肌细胞基因表达谱,验证核心靶点表达水平;应用Autodock软件将核心靶点进行分子对接验证。结果:获得SCF影响TAA的潜在靶点46个,GO富集分析主要涉及细胞增殖、催化活性和蛋白质代谢等生物学过程,KEGG富集分析主要涉及血管内皮生长因子(VEGF)、受体酪氨酸蛋白激酶(ErbB)和缺氧诱导因子1(HIF-1)3条信号通路,拓扑网络分析得到信号转导与转录激活因子3(STAT3)和基质金属蛋白酶9(MMP9)等10个核心靶点。基因表达谱分析,与转化生长因子β1(TGF-β1)组比较,SchB-TGF-β1组核心靶基因STAT3和MMP9表达水平明显下调(P<0.05)。结论:SCF的主要活性成分SchB等可能通过靶向STAT3等信号通路,抑制血管平滑肌中MMP9表达水平,进而减轻主动脉中细胞外基质降解,发挥抑制TAA发生发展的作用。 展开更多
关键词 网络药理学 北五味子 胸主动脉瘤 分子对接
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DNA甲基转移酶3b对乳腺癌细胞微小RNA表达的影响 被引量:5
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作者 王奕丹 王一涵 +3 位作者 黄钰雯 阴迪 于运 刘丽梅 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期116-123,共8页
目的通过DNA甲基转移酶抑制剂5-氮杂-2’-脱氧胞苷(5-Aza-CdR)与siRNA干扰改变乳腺癌细胞MCF-7中DNA甲基化水平,探讨DNA甲基转移酶3b(Dnmt3b)表达对乳腺癌细胞相关mRNA、微小RNA(miRNA)的影响。方法通过5-Aza-CdR抑制乳腺癌细胞整体甲... 目的通过DNA甲基转移酶抑制剂5-氮杂-2’-脱氧胞苷(5-Aza-CdR)与siRNA干扰改变乳腺癌细胞MCF-7中DNA甲基化水平,探讨DNA甲基转移酶3b(Dnmt3b)表达对乳腺癌细胞相关mRNA、微小RNA(miRNA)的影响。方法通过5-Aza-CdR抑制乳腺癌细胞整体甲基化水平,免疫荧光染色检测其抑制效果,高通量测序检测乳腺癌细胞miRNA的表达,荧光定量PCR(qRT-PCR)检测乳腺癌细胞miRNA及乳腺癌相关基因的表达;通过siRNA干扰抑制乳腺癌细胞中Dnmt3b的表达,qRT-PCR和Western blotting检测siRNA干扰效率,细胞生长曲线反映细胞生长情况。结果5-Aza-CdR降低细胞整体甲基化水平,siRNA干扰后Dnmt3b的表达下降,细胞生长显著抑制;高通量测序显示5-Aza-CdR作用后67个miRNA表达有统计学差异(均P<0.05);qRT-PCR结果显示5-Aza-CdR作用后乳腺癌细胞中miR-200a、miR-411、miR-382、miR-409、miR-493、miR-127、miR-520a、miR-654表达显著上调(P<0.05);siRNA干扰Dnmt3b后乳腺癌细胞中miR-29b、miR-506、miR-200a、miR-203b、miR-409、miR-520a、miR-654的表达显著上调(P<0.05),而miR-200b、miR-127的表达显著下调(均P<0.05);5-Aza-CdR作用后乳腺癌细胞WWOX、MMP7的表达下调,TCF21、TIMP1的表达上调(均P<0.05);siRNA干扰Dnmt3b后乳腺癌细胞抑癌基因BRCA1、BRCA2及癌基因MMP7、survivin的表达均下调(均P<0.05)。结论Dnmt3b可影响乳腺癌细胞相关基因WWOX、TCF21、BRCA1、BRCA2、MMP7、TIMP1、PKM2、survivin及miR-29b、miR-506、miR-200a、miR-200b、miR-203b、miR-409、miR-127、miR-520a、miR-654的表达。 展开更多
关键词 DNA甲基转移酶3B 乳腺癌 微小RNA
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急性淋巴细胞白血病移植瘤模型小鼠髓外浸润过程中血清Wnt5A和LINE-1启动子甲基化水平检测及其意义 被引量:1
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作者 王一涵 王奕丹 +4 位作者 惠赫童 范馨元 王添琦 夏薇 刘丽梅 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期284-290,共7页
目的:建立绿色荧光蛋白(GFP)标记的急性淋巴细胞白血病(ALL)移植瘤小鼠模型,研究ALL髓外浸润过程中血清游离DNA (cfDNA)特异基因甲基化的变化,为ALL髓外浸润监测提供理论和实验依据。方法:60只ICR小鼠随机分为对照组、实验15 d组和实验3... 目的:建立绿色荧光蛋白(GFP)标记的急性淋巴细胞白血病(ALL)移植瘤小鼠模型,研究ALL髓外浸润过程中血清游离DNA (cfDNA)特异基因甲基化的变化,为ALL髓外浸润监测提供理论和实验依据。方法:60只ICR小鼠随机分为对照组、实验15 d组和实验30 d组,每组20只。实验组小鼠通过尾静脉注射构建GFP标记ALL移植小鼠模型,流式细胞术检测白血病细胞髓外浸润情况。分别在建模后第15和30天时采用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)法检测各组小鼠血清中双加氧酶2 (TET2)、DNA甲基转移酶3α (DNMT3a)、DNA甲基转移酶3β (DNMT3b)、Wnt家族成员5A (Wnt5A)及逆转座子长散布核元件-1 (LINE-1) mRNA表达水平,重亚硫酸盐测序法(BSP)检测各组血清中Wnt5A和LINE-1启动子区甲基化水平。结果:实验15 d组和实验30 d组小鼠脾脏组织中均可见明显绿色荧光,且实验30 d组较实验15 d组荧光强度增强;实验30 d组小鼠脾脏质量高于对照组(P<0.05),脾肿大较为明显。流式细胞术检测,与对照组比较,实验15 d组和实验30 d组小鼠外周血细胞荧光强度均明显增强,且实验30 d组小鼠外周细胞血荧光强度较实验15 d组增强(P<0.05)。RT-qPCR法检测,与对照组比较,实验15 d组和实验30 d组小鼠血清中Wnt5A和TET2mRNA表达水平均明显降低(P<0.05),LINE-1、DNMT3a和DNMT3b mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。BSP法检测,与对照组比较,实验15 d组和实验30 d组小鼠血清LINE-1启动子区甲基化水平明显降低(P<0.05),在浸润过程中逐步呈现低甲基化;抑癌基因Wnt5A启动子区甲基化水平明显升高(P<0.05)。结论:ALL移植瘤小鼠模型于建模早期即出现髓外浸润,血清cfDNA中Wnt5A和LINE-1启动子区的异常甲基化直接影响其异常表达。cfDNA特异位点甲基化水平检测可为ALL早期诊断与治疗监测提供新的方法和策略。 展开更多
关键词 急性淋巴细胞白血病 髓外浸润 循环游离DNA 甲基化 表观遗传
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