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KELMPSP:基于核极限学习机的假尿苷修饰位点识别
被引量：
2
1
作者
李永贞
樊永显
杨辉华
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第7期785-793,共9页
假尿苷(ψ)是RNA序列中的一种化学修饰,其在基因转录过程中,由酶的催化作用而形成。它是目前所发现为数最多的一种RNA修饰,并且在正常行使生物学功能方面扮演着重要角色。因此,假尿苷修饰位点的识别是一个非常重要的研究领域。随着RNA...
假尿苷(ψ)是RNA序列中的一种化学修饰,其在基因转录过程中,由酶的催化作用而形成。它是目前所发现为数最多的一种RNA修饰,并且在正常行使生物学功能方面扮演着重要角色。因此,假尿苷修饰位点的识别是一个非常重要的研究领域。随着RNA序列数据的急速增长,基于机器学习识别假尿苷位点的方法相继提出,但其识别精度有待提高。因此,本文提出了一个新的融合核苷酸化学性质、核苷酸浓度和位置特异性的单核苷酸、双核苷酸、三核苷酸偏好特征的序列编码方式,并基于此编码方式和核极限学习机(Kernel Extreme Learning Machine,KELM)算法,构建了一个新的假尿苷位点预测器,该预测器被称为"KELMPSP"。通过Jackknife测试和独立数据集测试表明,KELMPSP明显优于现有的假尿苷位点预测器。KELMPSP可以通过网站:http://39.105.77.161:8890/KELMPSP进行使用。
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关键词
假尿苷
RNA
识别
核极限学习机
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题名
KELMPSP:基于核极限学习机的假尿苷修饰位点识别
被引量：
2
1
作者
李永贞
樊永显
杨辉华
机构
桂林电子科技
大学
电子工程与
自动化
学院
人工智能研究室
桂林电子科技
大学
计算机与信息安全
学院
人工智能研究室
北京邮电大学自动化学院光谱大数据联合实验室
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第7期785-793,共9页
基金
国家自然科学基金项目(No.61462018
No.61762026)
+2 种基金
广西自然科学基金(No.2017GXNSFAA198278)
广西可信软件重点实验室(No.kx201403)
广西高校计算机图像与图形智能处理重点实验室(No.GIIP201502)资助~~
文摘
假尿苷(ψ)是RNA序列中的一种化学修饰,其在基因转录过程中,由酶的催化作用而形成。它是目前所发现为数最多的一种RNA修饰,并且在正常行使生物学功能方面扮演着重要角色。因此,假尿苷修饰位点的识别是一个非常重要的研究领域。随着RNA序列数据的急速增长,基于机器学习识别假尿苷位点的方法相继提出,但其识别精度有待提高。因此,本文提出了一个新的融合核苷酸化学性质、核苷酸浓度和位置特异性的单核苷酸、双核苷酸、三核苷酸偏好特征的序列编码方式,并基于此编码方式和核极限学习机(Kernel Extreme Learning Machine,KELM)算法,构建了一个新的假尿苷位点预测器,该预测器被称为"KELMPSP"。通过Jackknife测试和独立数据集测试表明,KELMPSP明显优于现有的假尿苷位点预测器。KELMPSP可以通过网站:http://39.105.77.161:8890/KELMPSP进行使用。
关键词
假尿苷
RNA
识别
核极限学习机
Keywords
pseudouridine
RNA
identification
Kernel extreme learning machine
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
KELMPSP:基于核极限学习机的假尿苷修饰位点识别
李永贞
樊永显
杨辉华
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
2
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