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单叶蔷薇基因组SSR标记开发与应用
被引量：
3
1
作者
张雪云
张晓龙
+5 位作者
李娜
孔青洋
于超
潘会堂
张启翔
罗乐
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期186-196,共11页
【目的】单叶蔷薇是蔷薇属唯一的单叶物种,目前已被列为国家二级濒危保护植物,开发高效的分子标记可以为单叶蔷薇居群遗传多样性分析、克隆生长格局等研究提供重要的数据支撑,为其居群遗传资源的保育提供理论指导。【方法】利用Krait v...
【目的】单叶蔷薇是蔷薇属唯一的单叶物种,目前已被列为国家二级濒危保护植物,开发高效的分子标记可以为单叶蔷薇居群遗传多样性分析、克隆生长格局等研究提供重要的数据支撑,为其居群遗传资源的保育提供理论指导。【方法】利用Krait v1.3软件对单叶蔷薇全基因组序列中1~6核苷酸重复的SSR位点进行搜索并分析其序列特征,进而采用Primer Premier3.0软件设计引物。选取16个单叶蔷薇样本通过琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检验引物的有效性和多态性。最后用POPGENE32软件和PowerMarker3.25软件对高多态性引物扩增产物数据进行遗传参数分析,利用软件NTSYS-pc2.10对16个单叶蔷薇样本进行聚类分析。【结果】单叶蔷薇基因组序列上共识别出142 083个SSR位点,其中二核苷酸重复类型数目最多,占比46.95%。单核苷酸至六核苷酸重复型中占比最高的基序类型分别为A/T、AT/AT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT和AAAAAG/CTTTTT,充分表明A/T为优势碱基。单叶蔷薇基因组SSR序列长度变化范围为12~1 026 bp,不同的核苷酸重复类型均呈现长度越长数量越少的规律,区间长度为10~15 bp的SSR位点数量最多,占比47.42%。合成的140对引物中112对可以获得清晰的目的条带,引物有效率为80%;最后筛选出多态性高、稳定性好的14对引物在16份单叶蔷薇样本中检测到等位基因58个,PIC值在0.314 3~0.675 9之间,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon信息指数(I)及PIC值平均分别为4.142 9、2.576 9、1.080 8和0.529 2。Pearson相关分析结果表明所筛选引物的PIC值与SSR长度间并无显著相关性。通过聚类分析发现,筛选出的14对引物能够将基于不同居群的单叶蔷薇进行较好地区分,遗传相似系数在0.45~0.86之间。【结论】利用单叶蔷薇全基因组大规模开发的SSR标记数量丰富且类型多样,筛选出的高多态性SSR位点将为后续单叶蔷薇居群遗传多样性研究发挥重要作用。
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关键词
单叶蔷薇
SSR
标记开发
多态性
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职称材料
圆明园盛期部分植物种类考证——以《圆明园内工则例》为例
被引量：
1
2
作者
林舒琪
陈瑞丹
《中国园林》
CSCD
北大核心
2022年第4期110-114,共5页
从圆明园盛期的施工文件《圆明园内工则例》入手,探讨其盛期的植物种类,以期为圆明园的修复展示工作和皇家园林植物配置研究提供参考。对《圆明园内工则列》中的《花果树木价值清单》定种中有争议和模糊定种的植物如刺松、马英花、槟子...
从圆明园盛期的施工文件《圆明园内工则例》入手,探讨其盛期的植物种类,以期为圆明园的修复展示工作和皇家园林植物配置研究提供参考。对《圆明园内工则列》中的《花果树木价值清单》定种中有争议和模糊定种的植物如刺松、马英花、槟子、沙果、探春花、黄海棠、欧栗子,以及笔者提出异议的罗汉松、红白丁香、白樱桃进行了详细考据和论证定种。
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关键词
园林植物
圆明园
植物景观
植物种类
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职称材料
题名
单叶蔷薇基因组SSR标记开发与应用
被引量：
3
1
作者
张雪云
张晓龙
李娜
孔青洋
于超
潘会堂
张启翔
罗乐
机构
北京林业大学
花卉种质创新与分子育种
北京
市重点实验室
北京林业大学
国家花卉
工程
技术
研究
中心
北京林业大学
城乡生态
环境
北京
实验室
北京林业大学园林环境教育部工程研究中心
北京林业大学
林木花卉遗传育种
教育部
重点实验室
北京林业大学
林木资源高效生产全国重点实验室
北京林业大学
园林
学院
出处
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期186-196,共11页
基金
国家自然科学基金面上项目(32071820)
国家重点研发计划项目(2019YFD1001001)
+1 种基金
“中央高校基本科研业务费专项”(QNTD202306)
北京高校高精尖学科建设项目“城乡人居生态环境学”。
文摘
【目的】单叶蔷薇是蔷薇属唯一的单叶物种,目前已被列为国家二级濒危保护植物,开发高效的分子标记可以为单叶蔷薇居群遗传多样性分析、克隆生长格局等研究提供重要的数据支撑,为其居群遗传资源的保育提供理论指导。【方法】利用Krait v1.3软件对单叶蔷薇全基因组序列中1~6核苷酸重复的SSR位点进行搜索并分析其序列特征,进而采用Primer Premier3.0软件设计引物。选取16个单叶蔷薇样本通过琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检验引物的有效性和多态性。最后用POPGENE32软件和PowerMarker3.25软件对高多态性引物扩增产物数据进行遗传参数分析,利用软件NTSYS-pc2.10对16个单叶蔷薇样本进行聚类分析。【结果】单叶蔷薇基因组序列上共识别出142 083个SSR位点,其中二核苷酸重复类型数目最多,占比46.95%。单核苷酸至六核苷酸重复型中占比最高的基序类型分别为A/T、AT/AT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT和AAAAAG/CTTTTT,充分表明A/T为优势碱基。单叶蔷薇基因组SSR序列长度变化范围为12~1 026 bp,不同的核苷酸重复类型均呈现长度越长数量越少的规律,区间长度为10~15 bp的SSR位点数量最多,占比47.42%。合成的140对引物中112对可以获得清晰的目的条带,引物有效率为80%;最后筛选出多态性高、稳定性好的14对引物在16份单叶蔷薇样本中检测到等位基因58个,PIC值在0.314 3~0.675 9之间,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon信息指数(I)及PIC值平均分别为4.142 9、2.576 9、1.080 8和0.529 2。Pearson相关分析结果表明所筛选引物的PIC值与SSR长度间并无显著相关性。通过聚类分析发现,筛选出的14对引物能够将基于不同居群的单叶蔷薇进行较好地区分,遗传相似系数在0.45~0.86之间。【结论】利用单叶蔷薇全基因组大规模开发的SSR标记数量丰富且类型多样,筛选出的高多态性SSR位点将为后续单叶蔷薇居群遗传多样性研究发挥重要作用。
关键词
单叶蔷薇
SSR
标记开发
多态性
Keywords
Rose persica
SSR
marker development
polymorphism
分类号
S759.95 [农业科学—森林经理学]
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职称材料
题名
圆明园盛期部分植物种类考证——以《圆明园内工则例》为例
被引量：
1
2
作者
林舒琪
陈瑞丹
机构
北京林业大学
园林
学院
北京林业大学
花卉种质创新与分子育种
北京
市重点实验室
北京林业大学
国家花卉
工程
技术
研究
中心
北京林业大学
城乡生态
环境
北京
实验室
北京林业大学园林环境教育部工程研究中心
北京林业大学
林木花卉遗传育种
教育部
重点实验室
出处
《中国园林》
CSCD
北大核心
2022年第4期110-114,共5页
基金
圆明园十六景景观原真性与生态修复课题[编号园(服)字【2018】第158号]
科学研究与研究生培养共建科研项目“北京实验室-北京城乡节约型绿地营建技术与功能型植物材料高效繁育”(编号2016GJ-03)共同资助。
文摘
从圆明园盛期的施工文件《圆明园内工则例》入手,探讨其盛期的植物种类,以期为圆明园的修复展示工作和皇家园林植物配置研究提供参考。对《圆明园内工则列》中的《花果树木价值清单》定种中有争议和模糊定种的植物如刺松、马英花、槟子、沙果、探春花、黄海棠、欧栗子,以及笔者提出异议的罗汉松、红白丁香、白樱桃进行了详细考据和论证定种。
关键词
园林植物
圆明园
植物景观
植物种类
Keywords
landscape plant
Yuanmingyuan
plant landscape
plant species
分类号
S688 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
单叶蔷薇基因组SSR标记开发与应用
张雪云
张晓龙
李娜
孔青洋
于超
潘会堂
张启翔
罗乐
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
3
在线阅读
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职称材料
2
圆明园盛期部分植物种类考证——以《圆明园内工则例》为例
林舒琪
陈瑞丹
《中国园林》
CSCD
北大核心
2022
1
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职称材料
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