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羊粪便中克罗诺菌分离与种鉴定分析
被引量：
2
1
作者
李颖
王海瑞
+8 位作者
王鹏
康颖
闫爱霞
王园园
李首飞
王苗
王凤双
彭涛
张茂俊
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期539-544,共6页
目的分析散养羊粪便中克罗诺菌的分离与种鉴定,为克罗诺菌相关风险研究奠定基础。方法采集北京市某区农村地区散养羊粪便标本,参考GB 4789.40-2016标准进行克罗诺菌分离培养;对疑似菌株进行全自动生化鉴定、16S RNA全长序列比对分析以...
目的分析散养羊粪便中克罗诺菌的分离与种鉴定,为克罗诺菌相关风险研究奠定基础。方法采集北京市某区农村地区散养羊粪便标本,参考GB 4789.40-2016标准进行克罗诺菌分离培养;对疑似菌株进行全自动生化鉴定、16S RNA全长序列比对分析以及菌株基因组测序。基于基因组序列,进行菌株基于基因组的平均核苷酸一致性(ANI)分析以及多位点序列分型(MLST)分析;对核实鉴定后的克罗诺菌使用肉汤稀释法进行15种抗生素敏感性检测。结果共采集129件羊粪便标本,其中获得26株疑似菌株。不同鉴定方法鉴定结果不完全一致。ANI分析结果显示26株菌中14株菌为克罗诺菌,分别属于4个菌种(阪崎克罗诺菌、丙二酸盐克罗诺菌、苏黎世克罗诺菌、都柏林克罗诺菌),14株克罗诺菌中8株为苏黎世克罗诺菌,样本克罗诺菌的检出率为10.85%(14/129)。1株阪崎克罗诺菌的分型为ST40,2株丙二酸盐克罗诺菌的分型分别为ST7和ST201,3株都柏林克罗诺菌分为2个亚型,其ST型别分别为ST809、ST810和ST666。8株苏黎世克罗诺菌分别为ST25(3株)、ST811、ST813、ST814(2株)和ST815。14株克罗诺菌对检测的抗生素均为敏感。结论本地区散养羊携带阪崎克罗诺菌及其它克罗诺菌菌种病原菌。全自动生化鉴定及基于16Sr RNA序列分析鉴定对于克罗诺菌的鉴定可能存在错误。
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关键词
克罗诺菌
菌种鉴定
基因组测序
平均核苷酸一致性
分子分型
抗生素敏感性
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题名
羊粪便中克罗诺菌分离与种鉴定分析
被引量：
2
1
作者
李颖
王海瑞
王鹏
康颖
闫爱霞
王园园
李首飞
王苗
王凤双
彭涛
张茂俊
机构
北京市
顺义区
疾病预防控制中心
北京市
顺义区
疾病预防控制中心微生物感染性疾病检测工作站
中国疾病预防控制中心传染病预防控制所
北京市顺义区龙湾屯镇卫生院
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期539-544,共6页
基金
国家重点研发计划(No.2021YFC2301000)。
文摘
目的分析散养羊粪便中克罗诺菌的分离与种鉴定,为克罗诺菌相关风险研究奠定基础。方法采集北京市某区农村地区散养羊粪便标本,参考GB 4789.40-2016标准进行克罗诺菌分离培养;对疑似菌株进行全自动生化鉴定、16S RNA全长序列比对分析以及菌株基因组测序。基于基因组序列,进行菌株基于基因组的平均核苷酸一致性(ANI)分析以及多位点序列分型(MLST)分析;对核实鉴定后的克罗诺菌使用肉汤稀释法进行15种抗生素敏感性检测。结果共采集129件羊粪便标本,其中获得26株疑似菌株。不同鉴定方法鉴定结果不完全一致。ANI分析结果显示26株菌中14株菌为克罗诺菌,分别属于4个菌种(阪崎克罗诺菌、丙二酸盐克罗诺菌、苏黎世克罗诺菌、都柏林克罗诺菌),14株克罗诺菌中8株为苏黎世克罗诺菌,样本克罗诺菌的检出率为10.85%(14/129)。1株阪崎克罗诺菌的分型为ST40,2株丙二酸盐克罗诺菌的分型分别为ST7和ST201,3株都柏林克罗诺菌分为2个亚型,其ST型别分别为ST809、ST810和ST666。8株苏黎世克罗诺菌分别为ST25(3株)、ST811、ST813、ST814(2株)和ST815。14株克罗诺菌对检测的抗生素均为敏感。结论本地区散养羊携带阪崎克罗诺菌及其它克罗诺菌菌种病原菌。全自动生化鉴定及基于16Sr RNA序列分析鉴定对于克罗诺菌的鉴定可能存在错误。
关键词
克罗诺菌
菌种鉴定
基因组测序
平均核苷酸一致性
分子分型
抗生素敏感性
Keywords
Cronobacter
species identification
whole-genome sequencing
average nucleotide identity
molecular typing
antibiotic sensitivity
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
羊粪便中克罗诺菌分离与种鉴定分析
李颖
王海瑞
王鹏
康颖
闫爱霞
王园园
李首飞
王苗
王凤双
彭涛
张茂俊
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
2
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