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利用宏基因组测序分析一起食蟹猴致死因素
1
作者 刘文丽 王进 +2 位作者 舒鹏 童贻刚 法云智 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期889-893,共5页
为分析死亡食蟹猴脑组织菌群结构情况,初步探索细菌对食蟹猴的致死因素,本研究按照标准化操作流程收集死亡食蟹猴的大脑、小脑病理组织样本,提取样本中全部细菌总DNA,利用通用引物27F/338R PCR扩增细菌16S rDNA V1-V2高变区。扩增产物... 为分析死亡食蟹猴脑组织菌群结构情况,初步探索细菌对食蟹猴的致死因素,本研究按照标准化操作流程收集死亡食蟹猴的大脑、小脑病理组织样本,提取样本中全部细菌总DNA,利用通用引物27F/338R PCR扩增细菌16S rDNA V1-V2高变区。扩增产物经高通量测序,并利用QIIME软件对测序数据进行生物信息学分析。结果显示,测序共生成238 Mbp原始数据,获得脑组织细菌的结构组成,其中优势菌门包括厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,优势菌科包括普雷沃氏菌科、瘤胃菌科、鞘氨醇单胞菌科等,含量最高的细菌属为普雷沃菌属、螺旋体属、交替假单胞菌属等。本研究结果表明死亡食蟹猴的脑组织中含有多种细菌,可能会引起感染和炎症,结合病理学检查,提示食蟹猴脑组织病原菌感染可能与死亡的发生存在一定关联。 展开更多
关键词 食蟹猴 脑组织 菌群 宏基因组测序
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单细胞测序技术研究进展及其法医学应用展望 被引量：2
2
作者 陈曼 杨雅冉 +1 位作者 武会娟 严江伟 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第5期602-606,共5页
单细胞测序是在单个细胞的水平上,利用新一代测序对DNA和RNA序列进行解析的技术。单细胞测序的超高精度给包括法医基因组在内的生命科学领域多种组学相关问题提供了新的解决思路,本文就当前该技术的研究进展和法医学应用展望进行综述。
关键词 法医遗传学 单细胞测序 基因组 综述
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基于宏基因组技术的聚磷菌研究进展 被引量：3
3
作者 徐媛 陈禹保 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2016年第2期104-108,共5页
聚磷菌是一类非常重要的工程菌,广泛应用于污水处理厂生物除磷过程。聚磷菌可以吸收超过自身所能利用的数倍的磷,在体内合成聚磷化合物从而达到生物除磷的目的。在过去的几年里,宏基因组学以及测序技术的发展大大推动了对聚磷菌物种组... 聚磷菌是一类非常重要的工程菌,广泛应用于污水处理厂生物除磷过程。聚磷菌可以吸收超过自身所能利用的数倍的磷,在体内合成聚磷化合物从而达到生物除磷的目的。在过去的几年里,宏基因组学以及测序技术的发展大大推动了对聚磷菌物种组成及其磷代谢过程的认识。本文主要对宏基因组技术进行介绍并对近几年基于宏基因组技术深入研究聚磷菌的文章进行综述,以期对这类重要的微生物的生理功能、代谢途径和物种多样性进行全面的了解。 展开更多
关键词 聚磷菌 宏基因组 代谢途径
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北京地区不同分娩方式婴幼儿肠道菌群分析 被引量：4
4
作者 安云鹤 安涛 +4 位作者 武会娟 程小艳 马凯 陈尔凝 高丽娟 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期45-49,共5页
婴幼儿时期肠道菌群的定殖是肠道菌群形成的关键时期,影响未来生长发育和健康状况。旨在探讨不同分娩方式婴幼儿肠道菌群多样性差异。选取258例0~3岁北京地区健康婴幼儿肠道粪便样品,其中包括97例剖宫产样品、161例自然分娩样品。通过... 婴幼儿时期肠道菌群的定殖是肠道菌群形成的关键时期,影响未来生长发育和健康状况。旨在探讨不同分娩方式婴幼儿肠道菌群多样性差异。选取258例0~3岁北京地区健康婴幼儿肠道粪便样品,其中包括97例剖宫产样品、161例自然分娩样品。通过高通量测序技术分析表明,某些细菌的相对丰度发生显著改变。与剖宫产婴幼儿相比,自然分娩婴幼儿肠道中的放线菌门(优势菌,13.92%VS 16.86%)和酸杆菌门(劣势菌,0%VS 0.00204%)的相对丰度显著升高(P<0.05);而厚壁菌门(优势菌,67.17%VS 61.16%)和柔膜菌门(劣势菌,0.074%VS 0.051%)的相对丰度明显下降(P<0.05)。在属水平上,优势菌中的双歧杆菌属(13.01%VS 15.74%)在自然分娩婴幼儿肠道粪便中的含量显著升高,而梭菌属(2.25%VS 1.53%)显著降低。 展开更多
关键词 分娩方式 婴幼儿 肠道菌群 年龄 BMI
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基于土壤宏基因组分析的法医学个体来源地理位置推断 被引量：4
5
作者 刘文丽 程凤 +5 位作者 钱嘉林 方晨 刘旭 范庆炜 武会娟 严江伟 《法医学杂志》 CAS CSCD 2021年第3期366-371,377,共7页
目的初步探讨基于土壤宏基因组分析方法应用于法医学个体来源地理位置推断的可行性。方法收集黑龙江省、青海省、西藏自治区土壤样本共33例,提取样本中全部细菌总DNA,采用通用引物扩增细菌16S rDNA V3-V4高变区并在MiSeq测序仪上完成高... 目的初步探讨基于土壤宏基因组分析方法应用于法医学个体来源地理位置推断的可行性。方法收集黑龙江省、青海省、西藏自治区土壤样本共33例,提取样本中全部细菌总DNA,采用通用引物扩增细菌16S rDNA V3-V4高变区并在MiSeq测序仪上完成高通量测序,对测序数据进行物种组成和样本比较等生物信息学分析,基于分类操作单元(operational taxonomic unit,OTU)结果计算丰富度指数及多样性指数。结果测序共得到2720149条序列,聚类得到114848个OTU。黑龙江省、青海省、西藏自治区土壤微生物Chao1指数分别为797.45、745.11、535.98,Shannon指数分别为6.46、6.36、6.25,土壤中细菌物种数从多到少及群落多样性从高到低均依次为黑龙江省、青海省、西藏自治区。获得了3省土壤细菌在各分类水平下的结构组成,黑龙江省优势菌属为Chthoniobacteraceae科DA101属和Thermogemmatisporaceae科某一未注释的属;青海省优势菌属为Cytophagaceae科某一未注释的属和Nocardioidaceae科某一未注释的属;西藏自治区优势菌属为Comamonadaceae科某一未注释的属和Verrucomicrobiaceae科Luteolibacter属。主坐标分析结果显示,按照加权UniFrac度量分析,3个主成分代表总变量的56.36%,按照未加权UniFrac度量分析,3个主成分代表总变量的34.81%,同一省样本可分别聚类到一起,不同省来源的土壤微生物种类及含量则有明显差别。结论基于土壤宏基因组分析方法可以有效区分不同地区土壤样本,未来在法医学个体来源地理位置推断方面具有潜在的应用价值。 展开更多
关键词 法医遗传学 土壤 宏基因组分析 个体来源 地理位置推断
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乳胶免疫层析法定量检测猪尿液中的盐酸克伦特罗 被引量：7
6
作者 管笛 魏颖 +2 位作者 王旗 李俊博 武会娟 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第12期273-277,共5页
目的:建立以彩色乳胶微球为标记物的免疫层析技术检测猪尿液中的盐酸克伦特罗(clenbuterol,CLB)。方法:彩色乳胶微球标记CLB抗体并真空冷冻干燥,盐酸克伦特罗-牛血清白蛋白(CLB-bovine serum albumin,CLB-BSA)人工抗原与羊抗鼠抗体分别... 目的:建立以彩色乳胶微球为标记物的免疫层析技术检测猪尿液中的盐酸克伦特罗(clenbuterol,CLB)。方法:彩色乳胶微球标记CLB抗体并真空冷冻干燥,盐酸克伦特罗-牛血清白蛋白(CLB-bovine serum albumin,CLB-BSA)人工抗原与羊抗鼠抗体分别喷到硝酸纤维素膜上作检测线和质控线,猪尿液样本与冻干微球混匀后,插入试纸条,通过读条仪进行测定。结果:通过理化参数的优化,吐温-20为最优表面活性剂,选用300 nm乳胶微球,层析时间为9 min。方法的检出限为0.013 ng/m L,回收率范围在97.8%~106.0%之间,相对标准偏差不高于9.6%。结论:本研究成功建立了一种灵敏、准确的检测猪尿液中CLB的彩色乳胶免疫层析方法。 展开更多
关键词 免疫层析试纸 彩色乳胶 盐酸克伦特罗 猪尿液 定量检测
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一种传统发酵酵子细菌多样性及挥发性发酵产物分析 被引量：5
7
作者 马凯 武会娟 +5 位作者 刘悦 陈尔凝 杜美红 李太华 王衍生 高丽娟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期202-208,共7页
通过分离纯化,结合16S rDNA克隆文库与扩增性rDNA限制酶切分析及Biolog碳源利用特性鉴定,得出一种传统发酵酵子中主要细菌群落及其构成比例依次为魏斯氏菌属(84.62%)、乳酸乳杆菌属(8.79%)、芽孢杆菌属(3.30%)、醋酸杆菌属(2.20%)和明... 通过分离纯化,结合16S rDNA克隆文库与扩增性rDNA限制酶切分析及Biolog碳源利用特性鉴定,得出一种传统发酵酵子中主要细菌群落及其构成比例依次为魏斯氏菌属(84.62%)、乳酸乳杆菌属(8.79%)、芽孢杆菌属(3.30%)、醋酸杆菌属(2.20%)和明串珠菌属(1.10%)。同时采用固相微萃取-气质联用法分析传统酵子制作馒头中的挥发性成分,共检测出59种挥发性风味物质,其中包括17种醇类物质、8种烃类物质、15种脂类物质、9种醛类物质、4种酮类物质、5种芳香类物质和1种其他类物质,较单纯酵母菌发酵的馒头风味物质种类丰富。结合定量和定性分析得出,醇类的含量和种类是区分两种馒头的主要标志物。 展开更多
关键词 酵子 优势细菌 挥发性成分 菌种资源
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快速检测牛奶中泰乐菌素残留的荧光微球免疫层析方法的建立 被引量：1
8
作者 王旗 管笛 +3 位作者 武会娟 裴星瑶 彭涛 江海洋 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2016年第10期71-73,I0002,共4页
本研究旨在研制一种快速检测牛奶中泰乐菌素残留的荧光微球免疫层析试纸条。将包被抗原(0.80 mg/mL)和羊抗鼠IgG(1.01 mg/mL)喷涂在硝酸纤维素膜上,分别作为检测线和质检线。对制备荧光微球抗体免疫复合物(免疫探针)的工艺参数做了一系... 本研究旨在研制一种快速检测牛奶中泰乐菌素残留的荧光微球免疫层析试纸条。将包被抗原(0.80 mg/mL)和羊抗鼠IgG(1.01 mg/mL)喷涂在硝酸纤维素膜上,分别作为检测线和质检线。对制备荧光微球抗体免疫复合物(免疫探针)的工艺参数做了一系列的优化,同时比较了不同标记方法对标记效率及稳定性的影响。结果表明,在pH值为6.0的最佳缓冲体系条件下,催化剂碳化二亚胺(EDC)用量为5μg,抗体100倍稀释添加20μL,检测时间低于25 min,检测限为25μg/L。本试验研制的荧光微球免疫层析试纸条具有简便快速、特异性良好、样本无需前处理等特点,可用于基层奶站和现场快速筛选。 展开更多
关键词 荧光微球 泰乐菌素 免疫层析方法 试纸条
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不同粒径的免疫磁珠对食源性致病菌捕获效率的影响 被引量：7
9
作者 李静雯 杜美红 +3 位作者 杨寅 陈婷 陈尔凝 赵瑞雪 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期46-52,共7页
粒径是影响免疫磁珠捕获效率的关键因素。选取微米级(1μm)和亚微米级(300 nm)超顺磁珠,偶联沙门氏菌多克隆抗体制备免疫磁珠。通过流式细胞仪、分光光度计分别测定抗体偶联量和磁回收率。结果表明,与微米级免疫磁珠相比,亚微米级免疫... 粒径是影响免疫磁珠捕获效率的关键因素。选取微米级(1μm)和亚微米级(300 nm)超顺磁珠,偶联沙门氏菌多克隆抗体制备免疫磁珠。通过流式细胞仪、分光光度计分别测定抗体偶联量和磁回收率。结果表明,与微米级免疫磁珠相比,亚微米级免疫磁珠抗体偶联量较高,在缓冲液中磁回收率较高,因此捕获率较高(300 nm:55%,1μm:41%);在牛奶中磁回收率较低,导致捕获率明显降低(300 nm:15%,1μm:26%)。因此,需根据待测样本的体积与黏度来确定免疫磁珠的粒径。 展开更多
关键词 微米级免疫磁珠 亚微米级免疫磁珠 粒径 食源性致病菌 捕获效率 磁回收率
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