兰花eIF5A基因家族鉴定与生物信息学分析 被引量：1

1

作者 张杰伟 汤久杨 +3 位作者 陈兰芬 王宁琳 王宏芝 魏建华 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2017年第11期1218-1223,共6页

为了系统分析兰花真核翻译起始因子5A(Eukaryotic translation initiation factor 5A,eIF5A)基因家族在兰花中如何发挥作用,利用兰花基因组数据库,通过生物信息学的方法,鉴定兰花eIF5A基因家族的基因结构、编码蛋白和磷酸化位点预测,通... 为了系统分析兰花真核翻译起始因子5A(Eukaryotic translation initiation factor 5A,eIF5A)基因家族在兰花中如何发挥作用,利用兰花基因组数据库,通过生物信息学的方法,鉴定兰花eIF5A基因家族的基因结构、编码蛋白和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化分析。结果表明,兰花eIF5A基因家族含有eIF5A1和eIF5A2两个基因,分别含有5个和6个外显子。MEME保守基序分析显示,兰花eIF5A1和eIF5A2蛋白均含有1个保守的DNA结合寡核苷酸结合结构域(PF01287)。磷酸化位点预测分析表明兰花eIF5A1和eIF5A2蛋白均含有大量的潜在磷酸化位点。以上结果将为今后揭示兰花eIF5A1和eIF5A2蛋白的功能提供重要的线索。 展开更多

关键词 兰花 EIF5A 基因家族 进化分析

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毛果杨CBF/DREB1基因家族生物信息学分析 被引量：6

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作者 丁咚 陈亚娟 +3 位作者 崔进荣 魏建华 张玉红 张杰伟 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期457-461,共5页

【目的】为了对毛果杨CBF基因家族进行系统分析,利用毛果杨基因组数据库,通过生物信息学的方法,鉴定毛果杨CBF基因家族的染色体定位、编码蛋白和磷酸化位点预测。【方法】通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】毛果杨含有6个CBF基因... 【目的】为了对毛果杨CBF基因家族进行系统分析,利用毛果杨基因组数据库,通过生物信息学的方法,鉴定毛果杨CBF基因家族的染色体定位、编码蛋白和磷酸化位点预测。【方法】通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】毛果杨含有6个CBF基因,均不含内显子,分布于毛果杨的5条染色体上。【结论】MEME保守基序分析显示,杨树CBF蛋白均含有2个保守的基序,他们共同构成AP2结构域。磷酸化位点预测分析表明毛果杨CBF蛋白均含有大量的磷酸化位点。以上结果将为今后揭示毛果杨CBF蛋白的功能提供重要的线索。 展开更多

关键词 杨树 CBF/DREB1 基因家族 进化分析

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谷子eIF5A基因家族鉴定与分析 被引量：2

3

作者 张杰伟 秦新月 +4 位作者 陈亚娟 刘婧 崔进荣 姚磊 魏建华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第7期1333-1337,共5页

【目的】本文系统分析了谷子e IF5A基因家族在谷子中如何发挥作用。【方法】利用谷子基因组数据库,运用生物信息学方法,鉴定谷子e IF5A基因家族的基因结构、染色体定位、编码蛋白和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化和分类分析。【... 【目的】本文系统分析了谷子e IF5A基因家族在谷子中如何发挥作用。【方法】利用谷子基因组数据库,运用生物信息学方法,鉴定谷子e IF5A基因家族的基因结构、染色体定位、编码蛋白和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】谷子含有4个e IF5A基因,均含有4个内显子,分布于谷子的3条染色体上。MEME保守基序分析显示,谷子e IF5A蛋白均含有1个保守的DNA结合寡核苷酸结合结构域(PF01287)。磷酸化位点预测分析表明谷子e IF5A蛋白均含有大量潜在磷酸化位点。【结论】以上结果将为今后揭示谷子e IF5A蛋白功能提供重要的线索。 展开更多

关键词 谷子 EIF5A 基因家族 进化分析

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杨树PtoCIPK2基因的克隆和表达分析 被引量：1

4

作者 张杰伟 管阳 +3 位作者 李瑞芬 陈亚娟 朱丹 魏建华 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第20期132-136,共5页

钙调磷酸酶B类似蛋白互作蛋白激酶(CIPKs)在植物生长发育和抗逆过程中发挥着重要作用。以2个月龄的杨树(Populus tomentosa Carr.cv‘BJHR01’)幼苗总RNA反转录的cDNA为模板,克隆得到PtoCIPK2(GeneBank登录号:KF225478)基因全长cDNA序... 钙调磷酸酶B类似蛋白互作蛋白激酶(CIPKs)在植物生长发育和抗逆过程中发挥着重要作用。以2个月龄的杨树(Populus tomentosa Carr.cv‘BJHR01’)幼苗总RNA反转录的cDNA为模板,克隆得到PtoCIPK2(GeneBank登录号:KF225478)基因全长cDNA序列。该基因包含1 395 bp开放读码框,编码464个氨基酸,预测蛋白分子量为52.8 ku,等电点为9.19。蛋白质结构分析表明,PtoCIPK2具有保守的蛋白激酶结构域和NAF结构域。Real-Time qRT-PCR分析表明,PtoCIPK2在杨树幼苗主根、茎和叶片中均有表达,在叶片中的表达量最高,约为其在茎中表达量的4倍。PtoCIPK2响应了NaCl(300 mmol/L)、干旱和ABA(200μmol/L)的胁迫。在NaCl和干旱胁迫12 h后,PtoCIPK2的表达量分别上调了28和8倍,推测该基因在响应高盐和干旱胁迫时起重要作用。 展开更多

关键词 蛋白激酶 杨树 PtoCIPK2 盐胁迫 干旱胁迫

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毛白杨翻译起始因子基因PtoeIF5A2的克隆及其表达特性分析 被引量：2

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作者 管阳 王宏芝 +4 位作者 张杰伟 陈亚娟 朱丹 丁莉萍 魏建华 《林业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期63-69,共7页

真核翻译起始因子5A(eIF5A)在植物生长发育和抗逆过程中发挥着重要作用。以2个月的毛白杨‘BJHR01’幼苗总RNA反转录的cDNA为模板,克隆得到PtoeIF5A2(GenBank登录号:HQ529480)基因全长cDNA序列。该基因包含483 bp开放读码框,编码160个... 真核翻译起始因子5A(eIF5A)在植物生长发育和抗逆过程中发挥着重要作用。以2个月的毛白杨‘BJHR01’幼苗总RNA反转录的cDNA为模板,克隆得到PtoeIF5A2(GenBank登录号:HQ529480)基因全长cDNA序列。该基因包含483 bp开放读码框,编码160个氨基酸,预测蛋白分子质量为18 kDa,等电点为5.76。Real-Time qRT-PCR分析表明:PtoeIF5A2在6个月毛白杨幼苗叶片中的表达量最高,约为其在幼根中表达量的5倍。PtoeIF5A2响应了干旱、ABA(200μmol·L-1)、低温(4℃),尤其是NaCl(300 mmol·L-1)胁迫。在NaCl胁迫24 h后,PtoeIF5A2的表达量上调25倍,结合其启动子中含有6个病原体与高盐响应(GT-1 box)元件,推测该基因在响应高盐胁迫时起着重要作用。 展开更多

关键词 真核翻译起始因子5A 毛白杨 盐胁迫 PtoeIF5A2

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ZmLTP3基因对玉米的遗传转化及耐盐性鉴定 被引量：4

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作者 李云富 江敏 +3 位作者 宁慧宇 张丙林 邹华文 吴忠义 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期1-6,共6页

为探讨转脂蛋白在非生物逆境中的作用,将Zm LTP3基因利用花粉管通道法转入玉米自交系京2416中,在PCR和EPSPS速测试纸鉴定基础上连续自交获得转基因阳性株系。以转基因株系OE6、OE10、OE18作为试验组,以自交系京2416为对照(WT),进行盐胁... 为探讨转脂蛋白在非生物逆境中的作用,将Zm LTP3基因利用花粉管通道法转入玉米自交系京2416中,在PCR和EPSPS速测试纸鉴定基础上连续自交获得转基因阳性株系。以转基因株系OE6、OE10、OE18作为试验组,以自交系京2416为对照(WT),进行盐胁迫处理,比较二者之间在形态指标和生理指标方面的差异。结果显示,在正常生长条件下,转基因株系与野生型的各项指标均无显著差异。在盐胁迫条件下,与野生型相比,转基因株系的株高、茎基宽、根长、鲜质量、干质量及叶绿素含量均显著增加,表现出较好的生长状态;超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)及过氧化氢酶(CAT)活性也显著升高,显示出较高的活性氧清除能力;同时,丙二醛(MDA)含量及相对外渗电导率水平则显著下降,暗示其体内较低程度的细胞伤害水平。以上结果表明,Zm LTP3基因的过量表达可提高玉米的耐盐胁迫能力。 展开更多

关键词 ZmLTP3基因 花粉管通道法 转基因玉米 耐盐性

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一个新的水稻D17/HTD1基因等位突变体的分子鉴定 被引量：2

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作者 李丛丛 马小定 马建 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1255-1261,共7页

株高和分蘖是水稻重要的农艺性状,直接影响到产量。本研究从粳稻品种日本晴的组培苗后代中分离出一个可稳定遗传的半矮化多分蘖突变体t489,相比野生型,突变体株高明显下降、分蘖能力明显增强。遗传分析表明该性状受1对隐性基因控制。进... 株高和分蘖是水稻重要的农艺性状,直接影响到产量。本研究从粳稻品种日本晴的组培苗后代中分离出一个可稳定遗传的半矮化多分蘖突变体t489,相比野生型,突变体株高明显下降、分蘖能力明显增强。遗传分析表明该性状受1对隐性基因控制。进一步基因鉴定发现,突变体中编码植物激素独脚金内酯(SLs,Strigolactones)合成途径中的类胡萝卜素裂解双加氧酶7即D17/HTD1基因编码区第916 bp位置的碱基由G突变为T,导致蛋白翻译提前终止,仅编码305个氨基酸组成的蛋白,但此突变并未造成该基因转录水平的改变。基于此突变位点开发的dCAPS-D17标记与突变体和日本晴构建的BC1F2群体中的矮化多分蘖植株共分离,这表明G916T突变与表型相关,t489可能是一个新的D17/HTD1等位突变体。 展开更多

关键词 水稻 矮秆 多分蘖 独脚金内酯 D17/HTD1

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彩斑突变体菊花CmF3′Ha基因及启动子的克隆与分析

8

作者 王森 陈新娜 +3 位作者 李彦慧 陈东亮 潘晓飞 黄丛林 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1627-1634,共8页

该研究以菊花彩瓣突变体CQ17-mu为材料,利用RT-PCR克隆获得了类黄酮-3′-羟化酶基因(F3′H),该基因开放阅读框全长1527 bp,编码508个氨基酸,与已知的菊花CmF3′H相似性达到99%,故将其命名为CmF3′Ha。氨基酸序列分析表明,CmF3′Ha编码... 该研究以菊花彩瓣突变体CQ17-mu为材料,利用RT-PCR克隆获得了类黄酮-3′-羟化酶基因(F3′H),该基因开放阅读框全长1527 bp,编码508个氨基酸,与已知的菊花CmF3′H相似性达到99%,故将其命名为CmF3′Ha。氨基酸序列分析表明,CmF3′Ha编码的蛋白具有保守的F3′H结构域,属于P450超家族。多重序列比对和系统发育分析表明,CmF3′Ha与其他菊花品种的F3′H亲缘关系最近。实时定量PCR分析显示,CQ17-mu花瓣中CmF3′Ha基因的表达水平显著高于CQ17的粉色花瓣,表明CmF3′Ha参与了CQ17-mu花瓣紫色条斑部位的花色素代谢。进一步利用染色体步移法克隆得到了CQ17-mu的F3′H基因上游1086 bp的启动子区序列,经分析显示,该序列中除包含TATA-box等核心启动子元件外,还包括多个MYB、MYC结合位点及多个光响应元件和激素应答元件。研究结果证明了菊花CmF3′Ha基因与植物花青素积累呈正相关,参与彩色条斑部分的花青素合成过程,为菊花的分子育种提供了理论依据。 展开更多

关键词 菊花 彩斑 类黄酮-3′-羟化酶 花青素 启动子

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毛白杨PtoeIF5A4的原核表达、纯化及鉴定

9

作者 张杰伟 管阳 +4 位作者 朱丹 陈亚娟 丁莉萍 王宏芝 魏建华 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期83-87,共5页

为获取大量高纯度的毛白杨PtoeIF5A4蛋白以便研究其特性和生物学功能,以pGEM-T Easy-PtoeIF5A4质粒为模板,PCR扩增毛白杨PtoeIF5A4基因的cDNA编码区,测序正确后,经酶切将其插入到原核表达载体pET28a上,然后将表达载体转入大肠杆菌表达菌... 为获取大量高纯度的毛白杨PtoeIF5A4蛋白以便研究其特性和生物学功能,以pGEM-T Easy-PtoeIF5A4质粒为模板,PCR扩增毛白杨PtoeIF5A4基因的cDNA编码区,测序正确后,经酶切将其插入到原核表达载体pET28a上,然后将表达载体转入大肠杆菌表达菌株BL21(DE3),经不同浓度IPTG诱导培养后发现,0.1 mmol/L IPTG,28℃诱导4 h时目的蛋白最多,且该重组蛋白主要以可溶性的形式存在。采用亲和纯化从可溶性蛋白中纯化到大小为18 kD的蛋白条带。Western blotting分析发现亲和纯化所得蛋白可以与His单克隆抗体发生免疫交叉反应,表明纯化所得蛋白是PtoeIF5A4重组蛋白。 展开更多

关键词 毛白杨 PtoeIF5A4 原核表达 蛋白纯化

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生菜软腐和菌核病拮抗菌贝莱斯芽胞杆菌BPC6鉴定与防效 被引量：16

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作者 孙旺旺 闫丽 +4 位作者 陈昌龙 田宇 李晓颖 陈杰 谢华 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2020年第2期231-240,共10页

软腐病和菌核病是生菜生产中两大毁灭性病害。为有效控制这2种病害,利用平板稀释和对峙法,从生菜根际土壤中分离到一株拮抗菌BPC6,其菌悬液、无菌滤液对软腐病菌Pectobacterium carotovorum和菌核病菌Sclerotinia sclerotiorum的生长均... 软腐病和菌核病是生菜生产中两大毁灭性病害。为有效控制这2种病害,利用平板稀释和对峙法,从生菜根际土壤中分离到一株拮抗菌BPC6,其菌悬液、无菌滤液对软腐病菌Pectobacterium carotovorum和菌核病菌Sclerotinia sclerotiorum的生长均具有抑制效果,该菌株也能抑制其他14种植物病原菌的生长。形态学、16S rDNA及基因组序列分析将其鉴定为贝莱斯芽胞杆菌Bacillus velezensis。BPC6能产生纤维素酶和蛋白酶,不能产生几丁质酶和嗜铁素。比浊法分析的生长曲线显示,BPC6能在1%~10%NaCl及pH 5.0~9.0条件下生长。通过分析不同浓度BPC6对软腐病菌和菌核病菌侵染生菜离体叶片的影响,明确了菌株BPC6适宜用量为1.4×109~2.8×109 CFU/mL。菌株BPC6对生菜软腐病和菌核病盆栽防效分别为44.09%和53.58%,对菌核病大田防效为77.41%。本研究表明BPC6是一株对生菜软腐病和菌核病具有拮抗作用的潜在生防菌。 展开更多

关键词 生菜 软腐病 菌核病 贝莱斯芽胞杆菌 鉴定 防效

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京郊快菜细菌性软腐病病原鉴定 被引量：4

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作者 李晓颖 田宇 +2 位作者 赵亮 陈昌龙 谢华 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期63-70,共8页

为明确京郊快菜软腐病的病原,对取自北京不同区县的发病快菜植株进行组织病原菌分离、培养和回接试验,在形态学观察的基础上,对病原菌株进行了生理生化测定、分子生物学鉴定和致病力分析。结果表明,在分离纯化得到的29株菌株中,17株被... 为明确京郊快菜软腐病的病原,对取自北京不同区县的发病快菜植株进行组织病原菌分离、培养和回接试验,在形态学观察的基础上,对病原菌株进行了生理生化测定、分子生物学鉴定和致病力分析。结果表明,在分离纯化得到的29株菌株中,17株被鉴定为胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种,其余12株被鉴定为胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种;同时也识别到9株非典型Pcc菌株,表现为不能分解柠檬酸盐或不具备在37℃和7%Na Cl条件下生长的能力,可微弱利用D-阿拉伯糖醇、异麦芽酮糖醇和D-麦芽糖。致病力测试结果显示,仅2株Pcb菌株和1株Pcc菌株表现为中等致病力,其余菌株均表现为高等致病力。明确了引发北京地区快菜软腐病致病菌的种类为Pcb和Pcc,且致病力普遍较强,可为其防控提供理论依据。 展开更多

关键词 快菜 细菌性软腐病 病原鉴定 胡萝卜软腐果胶杆菌

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