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题名谷子生长调节因子互作因子基因家族生物信息学分析
被引量：2
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作者
张立全
张浩林
李丛丛
魏建华
张杰伟
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机构
北京市农林科学院农业生物技术研究所/农业基因资源与生物技术北京市重点实验室
上海师范大学生命科学学院
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出处
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第8期878-883,共6页
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基金
国家重点研发计划项目(2019YFD1000700、2019YFD1000703)
北京市农林科学院科技创新能力建设专项(KJCX20200205、KJCX20210101)。
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文摘
【目的】生长调节因子互作因子(GRF-interacting factor,GIF)是植物体内一类转录共激活因子,在植物生长发育和逆境胁迫中起重要作用。通过系统分析谷子GIF基因家族的组成、各成员的结构以及进化关系,为GIF基因调节机制研究提供参考。【方法】利用谷子基因组数据库,采用生物信息学的方法,鉴定谷子GIF基因家族的基因结构、染色体定位,编码蛋白相似性、二级结构、跨膜区和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】谷子含有3个GIF基因,均含有4个外显子,分布于第3、8和9号染色体上。编码SiGIF1蛋白和SiGIF2蛋白相似性最高,为72.04%,SiGIF1蛋白和SiGIF3蛋白相似性最低,为37.08%。二级结构分析显示,谷子GIF蛋白无规则卷曲占比最高(41.56%~56.60%),其次为α-螺旋(34.43%~35.50%),再次为β-转角(5.19%~11.69%),β-折叠最低(3.23%~11.26%)。TMHMM跨膜区进行分析显示,谷子GIF蛋白均不含有跨膜区。MEME保守基序分析显示,谷子GIF蛋白均含有保守的SSXT(PF05030)结构域。磷酸化位点预测分析表明谷子GIF蛋白均含有潜在磷酸化位点。【结论】谷子GIF基因家族的基因结构、磷酸化位点预测等生物信息学分析结果将为揭示谷子GIF基因家族在谷子生长发育过程中的功能提供重要的线索。
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关键词
谷子
生长调节因子互作因子
基因家族
进化分析
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Keywords
Setaria italica
GIF
gene family
phylogeny analysis
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分类号
S515
[农业科学—作物学]
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