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建立数字PCR检测非小细胞肺癌溶酶体相关的4次跨膜蛋白B基因拷贝数变异方法
1
作者
王鲁
徐国兵
张青云
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期1356-1364,共9页
建立芯片式数字PCR(dPCR)检测非小细胞肺癌(NSCLC)LAPTM4B基因拷贝数变异方法,并初步评估其基本性能和临床应用的可行性。设计LAPTM4B基因引物及特异性探针,建立dPCR反应体系,根据制备的不同浓度目的DNA样品验证该检测方法的最低检测限...
建立芯片式数字PCR(dPCR)检测非小细胞肺癌(NSCLC)LAPTM4B基因拷贝数变异方法,并初步评估其基本性能和临床应用的可行性。设计LAPTM4B基因引物及特异性探针,建立dPCR反应体系,根据制备的不同浓度目的DNA样品验证该检测方法的最低检测限、精密度和线性范围。本研究首次建立并优化dPCR检测LAPTM4B基因拷贝数的反应体系,分析数据显示,该方法最低检测到12.5%的LAPTM4B基因拷贝数缺失,批间精密度变异系数CV<10%,且缺失比例在12.5%~100%范围内线性良好(R^(2)>0.99)。此外,收集2021年3月至7月于北京大学肿瘤医院就诊的6例NSCLC患者,采用自建方法检测其冰冻组织标本,探究其临床应用可行性。dPCR结果显示,其中5例患者的组织样本存在LAPTM4B基因拷贝数缺失,1例出现拷贝数增加,推测可能与其术前化疗有关。综上所述,本研究成功应用芯片式dPCR方法,建立非小细胞肺癌LAPTM4B基因拷贝数变异的检测体系,并在组织标本中初步证实其临床应用的价值。
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关键词
非小细胞肺癌
LAPTM4B
拷贝数变异
芯片式数字PCR
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职称材料
题名
建立数字PCR检测非小细胞肺癌溶酶体相关的4次跨膜蛋白B基因拷贝数变异方法
1
作者
王鲁
徐国兵
张青云
机构
北京大学肿瘤医院暨北京市肿瘤防治研究所检验科
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期1356-1364,共9页
基金
北京大学肿瘤医院科学研究基金(No.2020自主-19)资助。
文摘
建立芯片式数字PCR(dPCR)检测非小细胞肺癌(NSCLC)LAPTM4B基因拷贝数变异方法,并初步评估其基本性能和临床应用的可行性。设计LAPTM4B基因引物及特异性探针,建立dPCR反应体系,根据制备的不同浓度目的DNA样品验证该检测方法的最低检测限、精密度和线性范围。本研究首次建立并优化dPCR检测LAPTM4B基因拷贝数的反应体系,分析数据显示,该方法最低检测到12.5%的LAPTM4B基因拷贝数缺失,批间精密度变异系数CV<10%,且缺失比例在12.5%~100%范围内线性良好(R^(2)>0.99)。此外,收集2021年3月至7月于北京大学肿瘤医院就诊的6例NSCLC患者,采用自建方法检测其冰冻组织标本,探究其临床应用可行性。dPCR结果显示,其中5例患者的组织样本存在LAPTM4B基因拷贝数缺失,1例出现拷贝数增加,推测可能与其术前化疗有关。综上所述,本研究成功应用芯片式dPCR方法,建立非小细胞肺癌LAPTM4B基因拷贝数变异的检测体系,并在组织标本中初步证实其临床应用的价值。
关键词
非小细胞肺癌
LAPTM4B
拷贝数变异
芯片式数字PCR
Keywords
non-small-cell lung cancer(NSCLC)
lysosomal-associated protein transmembrane-4 beta(LAPTM4B)
copy number variation
chip-based digital PCR
分类号
R734.2 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
建立数字PCR检测非小细胞肺癌溶酶体相关的4次跨膜蛋白B基因拷贝数变异方法
王鲁
徐国兵
张青云
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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