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单细胞转录组高通量测序分析新进展
被引量：
12
1
作者
文路
汤富酬
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第11期1069-1076,共8页
细胞异质性是生物组织的普遍特征。常规转录组测序(RNA-Seq)技术需要上万个细胞,所测结果实际上是一群细胞基因表达的平均值,所以难以鉴别细胞之间基因表达的异质性。单细胞RNA-Seq技术的分辨率精确至单个细胞,为辨别异质性群体中各种...
细胞异质性是生物组织的普遍特征。常规转录组测序(RNA-Seq)技术需要上万个细胞,所测结果实际上是一群细胞基因表达的平均值,所以难以鉴别细胞之间基因表达的异质性。单细胞RNA-Seq技术的分辨率精确至单个细胞,为辨别异质性群体中各种细胞类型的转录组特征提供了有力的工具。近年来单细胞RNA-Seq技术发展迅速,在方法学上包括c DNA扩增方法的多样化、对灵敏度和技术噪声的定量分析、浅覆盖高通量单细胞RNA-Seq方法和原位RNA-Seq技术等;在技术应用方面应用范围从早期胚胎发育扩大到组织器官发育、免疫和肿瘤等多个领域。文章对单细胞RNA-Seq在方法学和技术应用两方面的研究进展进行了详细阐述。
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关键词
单细胞分析
转录组
高通量测序
RNA-SEQ
异质性
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职称材料
利用转录组二代测序探索直肠癌术前放化疗的敏感性分子特征
被引量：
1
2
作者
张威
叶颖江
+2 位作者
任仙文
黄晶
申占龙
《北京大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期542-547,共6页
目的:探索直肠癌新辅助放化疗的敏感性分子特征。方法:前瞻性收集局部进展期中、低位直肠癌30例患者的临床病理资料,包括一般情况、放化疗前影像学资料、放化疗前活组织病理检查资料、肿瘤分化程度等9项指标,分析其与直肠癌放化疗后肿...
目的:探索直肠癌新辅助放化疗的敏感性分子特征。方法:前瞻性收集局部进展期中、低位直肠癌30例患者的临床病理资料,包括一般情况、放化疗前影像学资料、放化疗前活组织病理检查资料、肿瘤分化程度等9项指标,分析其与直肠癌放化疗后肿瘤消退分级(tumor regression grading,TRG)的相关性。收集这30例患者新辅助治疗前结肠镜活检冰冻标本,进行转录组二代测序和生物信息学分析,筛选可能驱动直肠癌放化疗敏感性的基因。结果:30例直肠癌患者中,病理完全缓解9例,部分缓解12例,缓解差9例。直肠癌放化疗后病理TRG缓解程度与肿瘤术前MRI的T分期呈负相关(P=0.046),与术前MRI直肠癌壁外血管侵犯(extramural vascular invasion,EMVI)呈正相关(P=0.003)。转录组二代测序对所获取的P<0.05的217条转录本进行信号通路富集分析,可以发现多条与抗原呈递相关的细胞信号转导通路,其中HSPA1A、HSPA1B和EXOSC2的高表达和术后病理缓解差呈正相关(P<0.05),DNMBP、WASH8P、FAM57A和SGSM2等的高表达和术后病理缓解良好呈正相关(P<0.05)。结论:直肠癌术前MRI检测肿瘤EMVI阳性的患者放化疗后病理完全缓解率明显优于EMVI阴性者。HSPA1A、HSPA1B和EXOSC2高表达的患者术后病理缓解差,而DNMBP、WASH8P、FAM57A和SGSM2高表达的患者术后病理缓解良好。基于直肠癌放化疗敏感性分子特征,尝试阻断或增强与直肠癌放化疗敏感性相关的分子通路,可进一步探索能增加直肠癌放化疗敏感性的候选治疗靶点。
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关键词
直肠肿瘤
新辅助治疗
转录组测序
肿瘤消退分级
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职称材料
题名
单细胞转录组高通量测序分析新进展
被引量：
12
1
作者
文路
汤富酬
机构
北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第11期1069-1076,共8页
基金
国家自然科学基金项目(编号:31271543)资助
文摘
细胞异质性是生物组织的普遍特征。常规转录组测序(RNA-Seq)技术需要上万个细胞,所测结果实际上是一群细胞基因表达的平均值,所以难以鉴别细胞之间基因表达的异质性。单细胞RNA-Seq技术的分辨率精确至单个细胞,为辨别异质性群体中各种细胞类型的转录组特征提供了有力的工具。近年来单细胞RNA-Seq技术发展迅速,在方法学上包括c DNA扩增方法的多样化、对灵敏度和技术噪声的定量分析、浅覆盖高通量单细胞RNA-Seq方法和原位RNA-Seq技术等;在技术应用方面应用范围从早期胚胎发育扩大到组织器官发育、免疫和肿瘤等多个领域。文章对单细胞RNA-Seq在方法学和技术应用两方面的研究进展进行了详细阐述。
关键词
单细胞分析
转录组
高通量测序
RNA-SEQ
异质性
Keywords
single-cell analysis
transcriptome
high-throughput sequencing
RNA-Seq
cell heterogeneity
分类号
Q343 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
利用转录组二代测序探索直肠癌术前放化疗的敏感性分子特征
被引量：
1
2
作者
张威
叶颖江
任仙文
黄晶
申占龙
机构
北京大学
人民医院外科肿瘤研究室
北京大学
人民医院胃肠外科
北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心
北京大学
基础医
学院
免疫学系
出处
《北京大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期542-547,共6页
基金
北京大学临床医学+X青年专项(PKU2018LCXQ021)-中央高校基本科研业务费
文摘
目的:探索直肠癌新辅助放化疗的敏感性分子特征。方法:前瞻性收集局部进展期中、低位直肠癌30例患者的临床病理资料,包括一般情况、放化疗前影像学资料、放化疗前活组织病理检查资料、肿瘤分化程度等9项指标,分析其与直肠癌放化疗后肿瘤消退分级(tumor regression grading,TRG)的相关性。收集这30例患者新辅助治疗前结肠镜活检冰冻标本,进行转录组二代测序和生物信息学分析,筛选可能驱动直肠癌放化疗敏感性的基因。结果:30例直肠癌患者中,病理完全缓解9例,部分缓解12例,缓解差9例。直肠癌放化疗后病理TRG缓解程度与肿瘤术前MRI的T分期呈负相关(P=0.046),与术前MRI直肠癌壁外血管侵犯(extramural vascular invasion,EMVI)呈正相关(P=0.003)。转录组二代测序对所获取的P<0.05的217条转录本进行信号通路富集分析,可以发现多条与抗原呈递相关的细胞信号转导通路,其中HSPA1A、HSPA1B和EXOSC2的高表达和术后病理缓解差呈正相关(P<0.05),DNMBP、WASH8P、FAM57A和SGSM2等的高表达和术后病理缓解良好呈正相关(P<0.05)。结论:直肠癌术前MRI检测肿瘤EMVI阳性的患者放化疗后病理完全缓解率明显优于EMVI阴性者。HSPA1A、HSPA1B和EXOSC2高表达的患者术后病理缓解差,而DNMBP、WASH8P、FAM57A和SGSM2高表达的患者术后病理缓解良好。基于直肠癌放化疗敏感性分子特征,尝试阻断或增强与直肠癌放化疗敏感性相关的分子通路,可进一步探索能增加直肠癌放化疗敏感性的候选治疗靶点。
关键词
直肠肿瘤
新辅助治疗
转录组测序
肿瘤消退分级
Keywords
Rectal neoplasms
Neoadjuvant therapy
Transcriptome sequencing
Tumor regression grading
分类号
R735.3 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
单细胞转录组高通量测序分析新进展
文路
汤富酬
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014
12
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下载PDF
职称材料
2
利用转录组二代测序探索直肠癌术前放化疗的敏感性分子特征
张威
叶颖江
任仙文
黄晶
申占龙
《北京大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
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职称材料
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