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复方心可舒治疗冠心病多靶点作用的分子对接 被引量：20
1
作者 胡衍保 彭静波 +2 位作者 顾硕 裴剑锋 邹忠梅 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第5期1257-1264,共8页
心可舒为治疗冠心病的常用中药复方,临床疗效确切,但是其效应物质基础和作用机制一直没有得到明确的解释.本文以从心可舒中直接鉴定出的51个化学成分和过氧化物酶体增生物激活受体γ(PPAR-γ),血管紧张素I转化酶(ACE),羟甲基戊二酰辅酶... 心可舒为治疗冠心病的常用中药复方,临床疗效确切,但是其效应物质基础和作用机制一直没有得到明确的解释.本文以从心可舒中直接鉴定出的51个化学成分和过氧化物酶体增生物激活受体γ(PPAR-γ),血管紧张素I转化酶(ACE),羟甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR),环氧合酶2(COX-2)以及凝血酶(thrombin)等5个冠心病相关靶点为研究对象,采用LibDock和AutoDock2种分子对接程序联合对接的方法对以上化学成分和靶点的相互作用进行探讨.首先用均方根偏差(RMSD)和富集因子(EF)考察了2种程序对于5个靶点受体配体结合体系的适用性,进而发现当2种程序联合使用时,各靶点的富集因子较程序单独使用时有明显的提高,因而最终使用LibDock和AutoDock联合进行筛选.计算结果表明心可舒中的葛根苷A、葛根苷B、丹酚酸A和丹酚酸C4个化合物可能作用于2个或者2个以上的靶点,另外还有8个化合物能够分别作用于5个靶点的其中1个靶点.本研究初步阐释了心可舒多靶点作用的分子机制,为心可舒的后期开发提供了一定的参考. 展开更多
关键词 分子对接 心可舒 中药复方 冠心病 多靶点作用 富集因子
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天然无序蛋白质：序列-结构-功能的新关系 被引量：27
2
作者 黄永棋 刘志荣 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第8期2061-2072,共12页
天然无序蛋白质是一类新发现的蛋白质,它们在天然条件下没有确定的三维结构,却具有正常的生物学功能,广泛参与信号传递、DNA转录、细胞分裂和蛋白质聚集等重要的生理与病理过程.无序蛋白质的发现是对传统的蛋白质"序列-结构-功能&q... 天然无序蛋白质是一类新发现的蛋白质,它们在天然条件下没有确定的三维结构,却具有正常的生物学功能,广泛参与信号传递、DNA转录、细胞分裂和蛋白质聚集等重要的生理与病理过程.无序蛋白质的发现是对传统的蛋白质"序列-结构-功能"范式的挑战.在这篇综述里,我们首先回顾了蛋白质的传统范式以及无序蛋白质的发现过程,然后介绍无序蛋白质在结构、序列、功能等方面的特征与相互作用,并以分子识别过程为例,进一步阐述目前国际上对无序蛋白质所具有优势的一些认识与观点.我们还分析了无序蛋白质研究在生命科学和医学等领域的应用前景,并介绍了国内在无序蛋白质领域的研究现状. 展开更多
关键词 天然无序蛋白质 蛋白质折叠 蛋白质相互作用 分子识别 蛋白质结构预测 药物设计
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家蝇与大鼠GABA受体抑制剂的药效团模型及其3D-QSAR研究 被引量：9
3
作者 任天瑞 沈斌 +2 位作者 裴剑锋 汪永生 向文胜 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第3期546-549,共4页
采用 DISCOtech方法 ,用 7个大鼠 γ-氨基丁酸 (GABA) A 受体抑制剂和 1 1个家蝇 GABAA 受体抑制剂分别建立了其药效团模型 ;用 Co MFA方法建立了 2 2个大鼠 GABAA 受体抑制剂和 2 9个家蝇 GABAA 受体抑制剂的 3 D-QSAR模型 ,模型的交... 采用 DISCOtech方法 ,用 7个大鼠 γ-氨基丁酸 (GABA) A 受体抑制剂和 1 1个家蝇 GABAA 受体抑制剂分别建立了其药效团模型 ;用 Co MFA方法建立了 2 2个大鼠 GABAA 受体抑制剂和 2 9个家蝇 GABAA 受体抑制剂的 3 D-QSAR模型 ,模型的交叉验证相关系数分别为 0 .5 2 6和 0 .679,验证了药效团模型的合理性 。 展开更多
关键词 GABAA受体 药效团模型 三维定量构效关系(3D-QSAR) 比较分子力场分析(CoMFA)
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SARS 3CL蛋白酶同源二聚化与底物结合互为别构调控因素 被引量：3
4
作者 魏平 李春梅 +2 位作者 周璐 刘莹 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第4期1093-1098,共6页
研究了严重急性呼吸系统综合症(SARS)冠状病毒3C-Like蛋白酶(3CLpro)在存在底物或抑制剂时的二聚体形成情况.通过测定酶活性随酶浓度的变化,拟合出在底物存在下酶二聚体的解离常数约为0.94μmol·L-1,小于纯蛋白酶的二聚体解离常数(... 研究了严重急性呼吸系统综合症(SARS)冠状病毒3C-Like蛋白酶(3CLpro)在存在底物或抑制剂时的二聚体形成情况.通过测定酶活性随酶浓度的变化,拟合出在底物存在下酶二聚体的解离常数约为0.94μmol·L-1,小于纯蛋白酶的二聚体解离常数(14.0μmol·L-1),表明底物对二聚体的形成具有增强作用.选用与底物具有类似结合方式的靛红类抑制剂N-萘甲基靛红-5-甲酰胺(5f),利用超速离心沉降速率方法定量测定了SARS 3CL蛋白酶单体和二聚体在不同浓度5f时的含量,发现5f同样具有诱导二聚体形成的能力.在3μmol·L-1蛋白酶浓度下测定得到诱导二聚的EC50值(半数有效浓度)约为1μmol·L-1,说明二聚体中只有一个单体与抑制剂结合.研究结果表明,随着底物浓度的升高,SARS 3CL蛋白酶会形成更多的二聚体,而二聚体含量的提高又反过来提高酶的活性,这种双向别构调控机制有可能是病毒用来调控多聚蛋白水解速率和组装时机的一种方法. 展开更多
关键词 别构效应 SARS 3CL蛋白酶 分析型超速离心 底物增强的酶二聚化
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蛋白质相互作用：界面分析,结合自由能计算与相互作用设计 被引量：11
5
作者 白红军 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第7期1988-1997,共10页
蛋白质相互作用在生命活动中起着重要作用.研究蛋白质间相互作用的本质有助于了解生命活动中这些基本单元的作用.本文主要综述了近期蛋白质相互作用研究的进展,包括蛋白质相互作用界面的基本性质,蛋白质结合自由能的计算方法,不同相互... 蛋白质相互作用在生命活动中起着重要作用.研究蛋白质间相互作用的本质有助于了解生命活动中这些基本单元的作用.本文主要综述了近期蛋白质相互作用研究的进展,包括蛋白质相互作用界面的基本性质,蛋白质结合自由能的计算方法,不同相互作用在蛋白质结合/解离中的角色和差异,以及上述知识在蛋白质相互作用设计中的应用.蛋白质相互作用界面的特性,例如界面大小、保守性以及结构的动态性质,使得具有生物功能的蛋白质相互作用界面区别于非特异性的晶体堆积界面.生物功能界面的一个重要结构特征是界面上存在着关键残基以及相对独立的相互作用模块.利用多种方法,如MM-PBSA、统计平均势以及不同的相互作用自由能模型,可以在不同的精度上计算蛋白质相互作用自由能.利用蛋白质相互作用界面的特点,从不同的角度进行蛋白质相互作用对的设计与改造,近年来已经有了不少成功的例子,但还存在着很大的挑战.我们认为在今后的蛋白质相互作用设计中,考虑各种因素对蛋白质结合与解离的动力学过程的影响将有助于提高人类控制蛋白质相互作用的能力. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 界面性质 界面结构特征 结合自由能计算 蛋白质相互作用设计 蛋白质结合/解离
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泉生热袍菌结构基因组的选靶研究
6
作者 裴剑锋 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第5期499-503,共5页
对泉生热袍菌进行了结构基因组的选靶研究,从泉生热袍菌的蛋白组中挑选了20个蛋白质作为第一批进行结构测定的目标,以发现新的蛋白质折叠模式.选靶研究主要使用了BLAST搜索,PSI-BLAST搜索和ProtoNet数据库搜索等方法.另外,还用PredictPr... 对泉生热袍菌进行了结构基因组的选靶研究,从泉生热袍菌的蛋白组中挑选了20个蛋白质作为第一批进行结构测定的目标,以发现新的蛋白质折叠模式.选靶研究主要使用了BLAST搜索,PSI-BLAST搜索和ProtoNet数据库搜索等方法.另外,还用PredictProtein程序对选中的蛋白质进行了二级结构和外形预测.选中的20个蛋白质中有8个被克隆、表达和纯化,其中2个得到了单晶并收集了X衍射数据.实验结果和最近一些文献报道的结果表明,挑选的一些蛋白质具有新的折叠模式,表明了这种选靶策略的有效性. 展开更多
关键词 泉生热袍菌 结构基因组 选靶 蛋白质结构 BLAST PSI-BLAST ProtoNet
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药物发现中常用化合物库特征描述与对比分析 被引量：2
7
作者 丁新强 武治印 +1 位作者 金宏威 刘振明 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第10期2401-2410,共10页
随着计算技术的发展和分子模拟软件的日趋成熟,虚拟筛选已经在药物发现过程中发挥着越来越重要的作用.在虚拟筛选过程中,所使用化合物库的质量对先导化合物发现的成功率起着至关重要的作用.本文通过对已知药物库、天然产物库、中药原植... 随着计算技术的发展和分子模拟软件的日趋成熟,虚拟筛选已经在药物发现过程中发挥着越来越重要的作用.在虚拟筛选过程中,所使用化合物库的质量对先导化合物发现的成功率起着至关重要的作用.本文通过对已知药物库、天然产物库、中药原植物化学成分库、筛选常用商业化合物库以及研究者所在实验室建立的化合物库的分析比较,从化合物库的分子多样性、化学空间和分子骨架等多个方面提取并对比每一种化合物库的特征,发现了已知药物库与中药原植物化学成分库的特征相似性,揭示了中药原植物化学成分库作为筛选库的类药性优势,并且深化了对几种筛选用化合物库特征的认识和理解. 展开更多
关键词 虚拟筛选 化合物库 分子多样性 化学空间 分子骨架
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蛋白折叠中的暂态结构与表面水分子慢尺度动力学 被引量：1
8
作者 高萌 姚新秋 +2 位作者 佘振苏 刘志荣 朱怀球 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第7期1998-2006,共9页
蛋白表面水的慢尺度动力学行为往往被认为与蛋白的结构稳定性、功能以及折叠过程有关,但在分子水平上,还不清楚水分子的慢尺度动力学如何参与蛋白折叠过程.以Trp-cage蛋白作为个案,本文利用40条100ns(总长4μs)的全原子分子动力学轨迹,... 蛋白表面水的慢尺度动力学行为往往被认为与蛋白的结构稳定性、功能以及折叠过程有关,但在分子水平上,还不清楚水分子的慢尺度动力学如何参与蛋白折叠过程.以Trp-cage蛋白作为个案,本文利用40条100ns(总长4μs)的全原子分子动力学轨迹,分析了蛋白折叠过程中蛋白表面水分子的停留行为,并探究影响蛋白表面水分子慢尺度行为的微观因素.结果发现,即使在蛋白折叠过程中蛋白拓扑结构变化很大,残基之间也会形成稳定的局部暂态结构.这些结构为水分子提供饱和、稳定的氢键,通过与水分子之间的极性相互作用,以及凹形的几何结构,约束水分子长时停留,我们称之为"停留中心".停留中心的形成是引起水分子慢尺度行为的重要因素.另外,停留中心的分布与蛋白折叠的进程有密切关系,特别地,在折叠轨迹中,疏水核周围的残基组成了一个主要的停留中心.研究结果不但有助于解释水分子慢尺度特征行为的来源,还可以为实验中通过研究水分子在蛋白附近的慢尺度行为,揭示蛋白折叠过程中的关键步骤提供一些启发. 展开更多
关键词 蛋白质折叠 TRP-CAGE 表面水 停留时间 停留中心
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蛋白质与线性DNA片断结合过程中的末端效应(英文)
9
作者 杨晓静 刘曦励 +1 位作者 娄春波 欧阳颀 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第7期2007-2014,共8页
各种体外实验技术被广泛地用来研究DNA-蛋白质之间的相互作用,但体外和体内实验一个最明显的区别是实验使用的DNA片段远远短于基因组DNA,因而多出了大量线性DNA分子末端.末端问题曾倍受关注,若干研究小组在不同系统中对其进行了研究,但... 各种体外实验技术被广泛地用来研究DNA-蛋白质之间的相互作用,但体外和体内实验一个最明显的区别是实验使用的DNA片段远远短于基因组DNA,因而多出了大量线性DNA分子末端.末端问题曾倍受关注,若干研究小组在不同系统中对其进行了研究,但结果却并不一致,甚至完全相反.本文利用表面等离子共振技术(SPR)对一系列不同长度非特异DNA和Mnt阻遏蛋白结合和解离过程进行实时监测,结果表明该蛋白在线性DNA分子末端有比内部位点更高的解离速率.通过考察在不同位点含有特异序列的DNA与Mnt阻遏蛋白的结合过程,发现线性DNA分子末端在一定距离内会直接影响DNA与该蛋白的特异性结合. 展开更多
关键词 末端效应 DNA-转录因子相互作用 Mnt阻遏蛋白 表面等离子共振
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