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转录因子结合位点生物信息学研究进展 被引量:29
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作者 侯琳 钱敏平 +1 位作者 朱云平 邓明华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期365-373,共9页
转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题。随着高通量实验技术的发展,结合ChIP-chi... 转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题。随着高通量实验技术的发展,结合ChIP-chip实验以及多个基因组的序列信息来预测TFBS已成为新的研究热点。本文简要概述了用于TFBS定位的实验技术,TFBS信息相关的数据库,重点评述了描述TFBS的模型以及预测TFBS的多种软件。TFBS的生物信息学研究的发展,将与相关领域相互促进,有助于进一步揭示转录调控机制。 展开更多
关键词 转录因子结合位点 生物信息学 ChIP—chip 位置权重矩阵 系统发育足迹分析法
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磷脂生物代谢网络的对接重构计算 被引量:1
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作者 武治印 刘振明 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期541-551,共11页
目的:拟在分析蛋白的功能聚类和体内作用基础上,建立生物体内蛋白质的生理功能相关网络,相关研究结果有助于在基于整体生物学功能理解的基础上做出正确的选择。方法:通过多重对接策略构建生物功能网络,采用受体-配体相互作用强度分子指... 目的:拟在分析蛋白的功能聚类和体内作用基础上,建立生物体内蛋白质的生理功能相关网络,相关研究结果有助于在基于整体生物学功能理解的基础上做出正确的选择。方法:通过多重对接策略构建生物功能网络,采用受体-配体相互作用强度分子指纹图谱揭示蛋白质未知的生物学功能以及它们之间的联系。结果:对包含27个蛋白酶和28个内源性生物活性分子的磷脂代谢网络进行了重构计算,从蛋白质–配基作用网络的重构和基于生物网络的分子设计两个方面研究了直接相互作用方法在实际生物体系中的有效性。结论:对于弱相互作用的生物体系,通过多次平行的对接计算和聚类分析方法可达到有效的排名和认定真正存在的相互作用的目的;本研究所建立的基于多重对接和受体-配体相互作用强度指纹图谱的生物网络重构计算策略可进一步作为一类有效的工具,广泛应用在蛋白质分类、靶标选择和抑制剂的设计中。 展开更多
关键词 蛋白质分类 多重对接 聚类分析 磷脂代谢网络
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复方心可舒治疗冠心病多靶点作用的分子对接 被引量:20
3
作者 胡衍保 彭静波 +2 位作者 顾硕 裴剑锋 邹忠梅 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第5期1257-1264,共8页
心可舒为治疗冠心病的常用中药复方,临床疗效确切,但是其效应物质基础和作用机制一直没有得到明确的解释.本文以从心可舒中直接鉴定出的51个化学成分和过氧化物酶体增生物激活受体γ(PPAR-γ),血管紧张素I转化酶(ACE),羟甲基戊二酰辅酶... 心可舒为治疗冠心病的常用中药复方,临床疗效确切,但是其效应物质基础和作用机制一直没有得到明确的解释.本文以从心可舒中直接鉴定出的51个化学成分和过氧化物酶体增生物激活受体γ(PPAR-γ),血管紧张素I转化酶(ACE),羟甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR),环氧合酶2(COX-2)以及凝血酶(thrombin)等5个冠心病相关靶点为研究对象,采用LibDock和AutoDock2种分子对接程序联合对接的方法对以上化学成分和靶点的相互作用进行探讨.首先用均方根偏差(RMSD)和富集因子(EF)考察了2种程序对于5个靶点受体配体结合体系的适用性,进而发现当2种程序联合使用时,各靶点的富集因子较程序单独使用时有明显的提高,因而最终使用LibDock和AutoDock联合进行筛选.计算结果表明心可舒中的葛根苷A、葛根苷B、丹酚酸A和丹酚酸C4个化合物可能作用于2个或者2个以上的靶点,另外还有8个化合物能够分别作用于5个靶点的其中1个靶点.本研究初步阐释了心可舒多靶点作用的分子机制,为心可舒的后期开发提供了一定的参考. 展开更多
关键词 分子对接 心可舒 中药复方 冠心病 多靶点作用 富集因子
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天然无序蛋白质:序列-结构-功能的新关系 被引量:27
4
作者 黄永棋 刘志荣 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第8期2061-2072,共12页
天然无序蛋白质是一类新发现的蛋白质,它们在天然条件下没有确定的三维结构,却具有正常的生物学功能,广泛参与信号传递、DNA转录、细胞分裂和蛋白质聚集等重要的生理与病理过程.无序蛋白质的发现是对传统的蛋白质"序列-结构-功能&q... 天然无序蛋白质是一类新发现的蛋白质,它们在天然条件下没有确定的三维结构,却具有正常的生物学功能,广泛参与信号传递、DNA转录、细胞分裂和蛋白质聚集等重要的生理与病理过程.无序蛋白质的发现是对传统的蛋白质"序列-结构-功能"范式的挑战.在这篇综述里,我们首先回顾了蛋白质的传统范式以及无序蛋白质的发现过程,然后介绍无序蛋白质在结构、序列、功能等方面的特征与相互作用,并以分子识别过程为例,进一步阐述目前国际上对无序蛋白质所具有优势的一些认识与观点.我们还分析了无序蛋白质研究在生命科学和医学等领域的应用前景,并介绍了国内在无序蛋白质领域的研究现状. 展开更多
关键词 天然无序蛋白质 蛋白质折叠 蛋白质相互作用 分子识别 蛋白质结构预测 药物设计
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家蝇与大鼠GABA受体抑制剂的药效团模型及其3D-QSAR研究 被引量:9
5
作者 任天瑞 沈斌 +2 位作者 裴剑锋 汪永生 向文胜 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第3期546-549,共4页
采用 DISCOtech方法 ,用 7个大鼠 γ-氨基丁酸 (GABA) A 受体抑制剂和 1 1个家蝇 GABAA 受体抑制剂分别建立了其药效团模型 ;用 Co MFA方法建立了 2 2个大鼠 GABAA 受体抑制剂和 2 9个家蝇 GABAA 受体抑制剂的 3 D-QSAR模型 ,模型的交... 采用 DISCOtech方法 ,用 7个大鼠 γ-氨基丁酸 (GABA) A 受体抑制剂和 1 1个家蝇 GABAA 受体抑制剂分别建立了其药效团模型 ;用 Co MFA方法建立了 2 2个大鼠 GABAA 受体抑制剂和 2 9个家蝇 GABAA 受体抑制剂的 3 D-QSAR模型 ,模型的交叉验证相关系数分别为 0 .5 2 6和 0 .679,验证了药效团模型的合理性 。 展开更多
关键词 GABAA受体 药效团模型 三维定量构效关系(3D-QSAR) 比较分子力场分析(CoMFA)
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SARS冠状病毒的起源和进化初探 被引量:3
6
作者 佘振苏 杨铸 +3 位作者 欧阳正清 朱怀球 王超 尹建鑫 《北京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期809-814,共6页
发展了一种研究基因序列进化的随机替代模型 ,根据一组从某个最近共同祖先演化而来的若干序列 ,可以预测此共同祖先序列 ,并计算随机替代概率矩阵 ,确定了从祖先序列的各个碱基到进化序列的各个碱基之间的替代概率。将这一模型应用于分... 发展了一种研究基因序列进化的随机替代模型 ,根据一组从某个最近共同祖先演化而来的若干序列 ,可以预测此共同祖先序列 ,并计算随机替代概率矩阵 ,确定了从祖先序列的各个碱基到进化序列的各个碱基之间的替代概率。将这一模型应用于分析包括SARS冠状病毒在内的 4种冠状病毒全基因组的演化规律 ,确定了在若干较保守的编码蛋白基因序列中同义替代位点的最近共同祖先序列以及分歧进化后的累计同义替代数目。结果表明 ,SARS病毒和其他几种已知的冠状病毒具有相当的进化历程 ,但存在不同的进化途径 ,支持了SARS病毒在造成此次大规模感染人体之前已经历了较长的进化历程的猜测。 展开更多
关键词 SARS 冠状病毒 进化距离 最近共同祖先
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SARS 3CL蛋白酶同源二聚化与底物结合互为别构调控因素 被引量:3
7
作者 魏平 李春梅 +2 位作者 周璐 刘莹 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第4期1093-1098,共6页
研究了严重急性呼吸系统综合症(SARS)冠状病毒3C-Like蛋白酶(3CLpro)在存在底物或抑制剂时的二聚体形成情况.通过测定酶活性随酶浓度的变化,拟合出在底物存在下酶二聚体的解离常数约为0.94μmol·L-1,小于纯蛋白酶的二聚体解离常数(... 研究了严重急性呼吸系统综合症(SARS)冠状病毒3C-Like蛋白酶(3CLpro)在存在底物或抑制剂时的二聚体形成情况.通过测定酶活性随酶浓度的变化,拟合出在底物存在下酶二聚体的解离常数约为0.94μmol·L-1,小于纯蛋白酶的二聚体解离常数(14.0μmol·L-1),表明底物对二聚体的形成具有增强作用.选用与底物具有类似结合方式的靛红类抑制剂N-萘甲基靛红-5-甲酰胺(5f),利用超速离心沉降速率方法定量测定了SARS 3CL蛋白酶单体和二聚体在不同浓度5f时的含量,发现5f同样具有诱导二聚体形成的能力.在3μmol·L-1蛋白酶浓度下测定得到诱导二聚的EC50值(半数有效浓度)约为1μmol·L-1,说明二聚体中只有一个单体与抑制剂结合.研究结果表明,随着底物浓度的升高,SARS 3CL蛋白酶会形成更多的二聚体,而二聚体含量的提高又反过来提高酶的活性,这种双向别构调控机制有可能是病毒用来调控多聚蛋白水解速率和组装时机的一种方法. 展开更多
关键词 别构效应 SARS 3CL蛋白酶 分析型超速离心 底物增强的酶二聚化
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蛋白质相互作用:界面分析,结合自由能计算与相互作用设计 被引量:11
8
作者 白红军 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第7期1988-1997,共10页
蛋白质相互作用在生命活动中起着重要作用.研究蛋白质间相互作用的本质有助于了解生命活动中这些基本单元的作用.本文主要综述了近期蛋白质相互作用研究的进展,包括蛋白质相互作用界面的基本性质,蛋白质结合自由能的计算方法,不同相互... 蛋白质相互作用在生命活动中起着重要作用.研究蛋白质间相互作用的本质有助于了解生命活动中这些基本单元的作用.本文主要综述了近期蛋白质相互作用研究的进展,包括蛋白质相互作用界面的基本性质,蛋白质结合自由能的计算方法,不同相互作用在蛋白质结合/解离中的角色和差异,以及上述知识在蛋白质相互作用设计中的应用.蛋白质相互作用界面的特性,例如界面大小、保守性以及结构的动态性质,使得具有生物功能的蛋白质相互作用界面区别于非特异性的晶体堆积界面.生物功能界面的一个重要结构特征是界面上存在着关键残基以及相对独立的相互作用模块.利用多种方法,如MM-PBSA、统计平均势以及不同的相互作用自由能模型,可以在不同的精度上计算蛋白质相互作用自由能.利用蛋白质相互作用界面的特点,从不同的角度进行蛋白质相互作用对的设计与改造,近年来已经有了不少成功的例子,但还存在着很大的挑战.我们认为在今后的蛋白质相互作用设计中,考虑各种因素对蛋白质结合与解离的动力学过程的影响将有助于提高人类控制蛋白质相互作用的能力. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 界面性质 界面结构特征 结合自由能计算 蛋白质相互作用设计 蛋白质结合/解离
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泉生热袍菌结构基因组的选靶研究
9
作者 裴剑锋 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第5期499-503,共5页
对泉生热袍菌进行了结构基因组的选靶研究,从泉生热袍菌的蛋白组中挑选了20个蛋白质作为第一批进行结构测定的目标,以发现新的蛋白质折叠模式.选靶研究主要使用了BLAST搜索,PSI-BLAST搜索和ProtoNet数据库搜索等方法.另外,还用PredictPr... 对泉生热袍菌进行了结构基因组的选靶研究,从泉生热袍菌的蛋白组中挑选了20个蛋白质作为第一批进行结构测定的目标,以发现新的蛋白质折叠模式.选靶研究主要使用了BLAST搜索,PSI-BLAST搜索和ProtoNet数据库搜索等方法.另外,还用PredictProtein程序对选中的蛋白质进行了二级结构和外形预测.选中的20个蛋白质中有8个被克隆、表达和纯化,其中2个得到了单晶并收集了X衍射数据.实验结果和最近一些文献报道的结果表明,挑选的一些蛋白质具有新的折叠模式,表明了这种选靶策略的有效性. 展开更多
关键词 泉生热袍菌 结构基因组 选靶 蛋白质结构 BLAST PSI-BLAST ProtoNet
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芯片数据标准化方法比较研究 被引量:3
10
作者 谈效俊 张永新 +2 位作者 钱敏平 张幼怡 邓明华 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第6期625-633,共9页
在基因芯片实验中,基因表达水平之间的相关性在推断基因间相互关系时起到非常重要的作用.未经标准化处理的芯片数据基因之间往往都呈现出很强的相关性,这些高相关性一部分是由基因表达水平变化引起的,而另外一部分是由系统偏差引起的.... 在基因芯片实验中,基因表达水平之间的相关性在推断基因间相互关系时起到非常重要的作用.未经标准化处理的芯片数据基因之间往往都呈现出很强的相关性,这些高相关性一部分是由基因表达水平变化引起的,而另外一部分是由系统偏差引起的.对芯片数据进行标准化处理的目的之一是消除系统偏差引起的高相关性,同时保留由真正生物学原因引起的基因表达水平高相关性.虽然目前对标准化方法已经有了不少比较研究,但还较少有人研究标准化方法对基因之间相关系数的影响,以及哪种方法最有利于恢复基因之间的相关性结构.通过对基因表达水平数据的模拟,具体比较了几种常用标准化方法的效果,从而给出最有利于恢复基因之间相关性结构的那种标准化方法. 展开更多
关键词 基因芯片 标准化 相关系数
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利用PLS-VIP方法筛选差异表达基因(英文) 被引量:2
11
作者 韩放 吴晶辰 +1 位作者 徐江峰 邓明华 《北京大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第1期1-5,共5页
提出一种基于变量权重寻找差异表达基因的新方法。该方法的最终目的是从微阵列数据中抽取出核心变量(基因)。将该种方法抽取出的差异表达基因判别样本的能力和普通的PLS方法以及判别最小二乘方法进行比较,结果表明该方法的错误率明显低... 提出一种基于变量权重寻找差异表达基因的新方法。该方法的最终目的是从微阵列数据中抽取出核心变量(基因)。将该种方法抽取出的差异表达基因判别样本的能力和普通的PLS方法以及判别最小二乘方法进行比较,结果表明该方法的错误率明显低于其他两种传统方法。因此,PLS-VIP方法是一种较为合适的抽取差异表达基因并判别样本的方法。 展开更多
关键词 微阵列 差异表达基因 降维 PLS-VIP
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原核基因翻译起始位点预测的新方法(英文) 被引量:2
12
作者 胡钢清 刘永初 +3 位作者 郑晓斌 杨一帆 余振苏 朱怀球 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1254-1262,共9页
翻译起始位点(TIS,即基因5′端)的精确定位是原核生物基因预测的一个关键问题,而基因组GC含量和翻译起始机制的多样性是影响当前TIS预测水平的重要因素.结合基因组结构的复杂信息(包括GC含量、TIS邻近序列及上游调控信号、序列编码潜能... 翻译起始位点(TIS,即基因5′端)的精确定位是原核生物基因预测的一个关键问题,而基因组GC含量和翻译起始机制的多样性是影响当前TIS预测水平的重要因素.结合基因组结构的复杂信息(包括GC含量、TIS邻近序列及上游调控信号、序列编码潜能、操纵子结构等),发展刻画翻译起始机制的数学统计模型,据此设计TIS预测的新算法MED-StartPlus.并将MED-StartPlus 与同类方法 RBSfinder、GS-Finder、MED-Start、TiCo 和Hon-yaku等进行系统地比较和评价.测试针对两种数据集进行:当前14个已知的TIS被确认的基因数据集,以及300个物种中功能已知的基因数据集.测试结果表明,MED-StartPlus的预测精度在总体上超过同类方法.尤其是对高GC含量基因组以及具有复杂翻译起始机制的基因组,MED-StartPlus具有明显的优势. 展开更多
关键词 原核生物 基因预测 翻译起始位点 预测评价
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药物发现中常用化合物库特征描述与对比分析 被引量:2
13
作者 丁新强 武治印 +1 位作者 金宏威 刘振明 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第10期2401-2410,共10页
随着计算技术的发展和分子模拟软件的日趋成熟,虚拟筛选已经在药物发现过程中发挥着越来越重要的作用.在虚拟筛选过程中,所使用化合物库的质量对先导化合物发现的成功率起着至关重要的作用.本文通过对已知药物库、天然产物库、中药原植... 随着计算技术的发展和分子模拟软件的日趋成熟,虚拟筛选已经在药物发现过程中发挥着越来越重要的作用.在虚拟筛选过程中,所使用化合物库的质量对先导化合物发现的成功率起着至关重要的作用.本文通过对已知药物库、天然产物库、中药原植物化学成分库、筛选常用商业化合物库以及研究者所在实验室建立的化合物库的分析比较,从化合物库的分子多样性、化学空间和分子骨架等多个方面提取并对比每一种化合物库的特征,发现了已知药物库与中药原植物化学成分库的特征相似性,揭示了中药原植物化学成分库作为筛选库的类药性优势,并且深化了对几种筛选用化合物库特征的认识和理解. 展开更多
关键词 虚拟筛选 化合物库 分子多样性 化学空间 分子骨架
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隐半马氏模型在 3′剪接位点识别中的应用(英文) 被引量:1
14
作者 冯秀程 钱敏平 +2 位作者 邓明华 马小土 严熙婷 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第5期455-458,共4页
新近的基因识别软件比先前的软件有着显著的提高 ,但是在外显子水平上的敏感性和特异性仍然不十分令人满意 .这是因为已有软件对于剪接位点 ,翻译起始等生物信号位点的识别还不够有效 .如果能够分别提高这些生物信号位点的识别效果 ,就... 新近的基因识别软件比先前的软件有着显著的提高 ,但是在外显子水平上的敏感性和特异性仍然不十分令人满意 .这是因为已有软件对于剪接位点 ,翻译起始等生物信号位点的识别还不够有效 .如果能够分别提高这些生物信号位点的识别效果 ,就能够提高整体的基因识别效率 .隐半马氏模型能够很好地刻画 3′剪接位点 (acceptor)的结构 .据此开发的一套对acceptor进行识别的算法在Burset/Guigo的数据集上经过检验 ,获得了比已有算法更好的识别率 .该模型的成功还使得我们对剪接点上游的分支位点和嘧啶富含区的概貌有了一定的认识 。 展开更多
关键词 隐半马氏模型 剪接 真核生物基因结构预测 EM算法
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蛋白折叠中的暂态结构与表面水分子慢尺度动力学 被引量:1
15
作者 高萌 姚新秋 +2 位作者 佘振苏 刘志荣 朱怀球 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第7期1998-2006,共9页
蛋白表面水的慢尺度动力学行为往往被认为与蛋白的结构稳定性、功能以及折叠过程有关,但在分子水平上,还不清楚水分子的慢尺度动力学如何参与蛋白折叠过程.以Trp-cage蛋白作为个案,本文利用40条100ns(总长4μs)的全原子分子动力学轨迹,... 蛋白表面水的慢尺度动力学行为往往被认为与蛋白的结构稳定性、功能以及折叠过程有关,但在分子水平上,还不清楚水分子的慢尺度动力学如何参与蛋白折叠过程.以Trp-cage蛋白作为个案,本文利用40条100ns(总长4μs)的全原子分子动力学轨迹,分析了蛋白折叠过程中蛋白表面水分子的停留行为,并探究影响蛋白表面水分子慢尺度行为的微观因素.结果发现,即使在蛋白折叠过程中蛋白拓扑结构变化很大,残基之间也会形成稳定的局部暂态结构.这些结构为水分子提供饱和、稳定的氢键,通过与水分子之间的极性相互作用,以及凹形的几何结构,约束水分子长时停留,我们称之为"停留中心".停留中心的形成是引起水分子慢尺度行为的重要因素.另外,停留中心的分布与蛋白折叠的进程有密切关系,特别地,在折叠轨迹中,疏水核周围的残基组成了一个主要的停留中心.研究结果不但有助于解释水分子慢尺度特征行为的来源,还可以为实验中通过研究水分子在蛋白附近的慢尺度行为,揭示蛋白折叠过程中的关键步骤提供一些启发. 展开更多
关键词 蛋白质折叠 TRP-CAGE 表面水 停留时间 停留中心
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蛋白质与线性DNA片断结合过程中的末端效应(英文)
16
作者 杨晓静 刘曦励 +1 位作者 娄春波 欧阳颀 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第7期2007-2014,共8页
各种体外实验技术被广泛地用来研究DNA-蛋白质之间的相互作用,但体外和体内实验一个最明显的区别是实验使用的DNA片段远远短于基因组DNA,因而多出了大量线性DNA分子末端.末端问题曾倍受关注,若干研究小组在不同系统中对其进行了研究,但... 各种体外实验技术被广泛地用来研究DNA-蛋白质之间的相互作用,但体外和体内实验一个最明显的区别是实验使用的DNA片段远远短于基因组DNA,因而多出了大量线性DNA分子末端.末端问题曾倍受关注,若干研究小组在不同系统中对其进行了研究,但结果却并不一致,甚至完全相反.本文利用表面等离子共振技术(SPR)对一系列不同长度非特异DNA和Mnt阻遏蛋白结合和解离过程进行实时监测,结果表明该蛋白在线性DNA分子末端有比内部位点更高的解离速率.通过考察在不同位点含有特异序列的DNA与Mnt阻遏蛋白的结合过程,发现线性DNA分子末端在一定距离内会直接影响DNA与该蛋白的特异性结合. 展开更多
关键词 末端效应 DNA-转录因子相互作用 Mnt阻遏蛋白 表面等离子共振
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集成琼脂糖结构的微流芯片在菌群研究中的应用
17
作者 罗显佳 罗春雄 +4 位作者 梁世博 王铭聪 陈勇 季航 欧阳颀 《北京大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第3期390-394,共5页
介绍集成琼脂糖结构的微流芯片的制作过程及其在菌群培养中的应用。设计了两种集成琼脂糖结构的微流芯片。第一种结构的芯片是恒化器(chemostat)微流芯片,可以用于研究杀菌动力学。这种微流芯片具有实现实时检测,简化实验操作,可以输出... 介绍集成琼脂糖结构的微流芯片的制作过程及其在菌群培养中的应用。设计了两种集成琼脂糖结构的微流芯片。第一种结构的芯片是恒化器(chemostat)微流芯片,可以用于研究杀菌动力学。这种微流芯片具有实现实时检测,简化实验操作,可以输出耐药菌等优点,有潜力成为研究杀菌动力学的一种方法。为了获得与细菌数目有关的更多信息,第二种结构的芯片集成3个不同高度的培养室,采用测量荧光强度和光密度值(optical density value,OD value)的方法来表征不同高度培养室的细菌数目。结果表明,这两种方法测量得到的细菌生长趋势基本上是一致的。这两种结构的芯片具有易于加工,限制细菌在培养室内生长而且允许营养物质自由扩散等优点,为研究可游动细菌提供了一个简便的方法。 展开更多
关键词 微流 琼脂糖 细菌 光密度值 种群 恒化器
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T细胞受体激活过程模拟
18
作者 王路 欧阳颀 《北京大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第1期7-12,共6页
对免疫系统T细胞受体结合外源多肽段后诱导的一系列受体磷酸化反应过程进行了系统的理论模拟。T细胞受体对于不同外源分子产生敏感而特异的反应,可以由动力学校验模型进行解释。拓展了早期的动力学校验模型,放宽和改进了原有模型对去磷... 对免疫系统T细胞受体结合外源多肽段后诱导的一系列受体磷酸化反应过程进行了系统的理论模拟。T细胞受体对于不同外源分子产生敏感而特异的反应,可以由动力学校验模型进行解释。拓展了早期的动力学校验模型,放宽和改进了原有模型对去磷酸化速率和以固定顺序进行受体磷酸化这两方面的假设,得到了更一般的反应网络模型,从数学模拟角度很好的满足和解释了生理上T细胞所表现出的对外源分子识别的敏感性、特异性和激活时间短等重要性质。 展开更多
关键词 T细胞受体 动力学校验模型 多位点磷酸化 信号转导通路 生化反应网络
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中国口蹄疫病毒同源重组研究
19
作者 武治印 何成强 +3 位作者 刘莹莹 冯倩 滕俊琳 陈建国 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第6期689-695,共7页
从GenBank数据库中获得在我国分离的16株口蹄疫病毒全基因组序列,进而运用常规的系统发生方法分析了这16株病毒的同源重组情况,发现5株重组毒株.这些重组病毒主要来源于亚洲Ⅰ型(Asia1)和O型病毒间的重组.这些重组事件的鉴定也表明口蹄... 从GenBank数据库中获得在我国分离的16株口蹄疫病毒全基因组序列,进而运用常规的系统发生方法分析了这16株病毒的同源重组情况,发现5株重组毒株.这些重组病毒主要来源于亚洲Ⅰ型(Asia1)和O型病毒间的重组.这些重组事件的鉴定也表明口蹄疫病毒间的交叉感染在我国比较常见.另外,在我国还出现了由于Asia1型和O型病毒重组后导致病毒血清型发生转化的现象.这些结果解释了我国口蹄疫病毒(FMDV)遗传多样性和抗原多变性的成因,提示了我国在口蹄疫预防、治疗方面所面临的复杂局面. 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 同源重组 进化
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