目的基于生物信息学分析大量公共数据库,探讨阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的分子机制。方法利用Drug Bank 5.1.3搜索确定阿司匹林的直接靶点蛋白(DPTs),STRING在线构建阿司匹林DPTs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和信号通路;使用cBio Po...目的基于生物信息学分析大量公共数据库,探讨阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的分子机制。方法利用Drug Bank 5.1.3搜索确定阿司匹林的直接靶点蛋白(DPTs),STRING在线构建阿司匹林DPTs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和信号通路;使用cBio Portal研究人乳腺癌中DPTs基因突变,并利用OncoPrint可视化;从TCGA数据库下载乳腺癌与正常组织中的转录组数据,利用DECenter分析差异过表达基因,对STRING分析得到的DPTs相互关联基因与TCGA中的差异过表达基因求交集,确认阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的潜在靶点,并利用Gene Ontology进行GO功能富集分析。最终通过蛋白免疫印迹实验验证阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的潜在靶点。结果搜索Drug Bank 5.1.3确定了11个阿司匹林DPTs,KEGG通路富集表明其中6个DPTs(EDNRA,IKBKB,NFKB2,NFKBIA,PTGS2和TP53)与癌症发生发展有关。通过分析TCGA数据库中乳腺癌与正常组织中的转录组数据获得10220个过表达差异基因,与STRING分析得到的6个阿司匹林DPTs的相互关联基因求交集,发现4个基因(CDC25C,TPX2,CDC20,PLK1)可能是阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的潜在靶点,其基因功能主要富集于细胞周期与细胞分裂。蛋白免疫印迹实验结果显示:阿司匹林可以降低人乳腺癌细胞中CDC25C,TPX2,CDC20,PLK1的蛋白表达。结论CDC25C,TPX2,CDC20和PLK1可能是阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的潜在靶点,其可能通过影响细胞周期和细胞分裂发挥抗肿瘤增殖作用。展开更多
基金国家自然科学基金(3090180330728021)+3 种基金高等学校博士学科点专项科研基金(20090001120046)北京大学中央高校基本科研业务费NIH R01 GM077352American Diabetes Association Research Award 7-08-RA-23资助课题
文摘目的基于生物信息学分析大量公共数据库,探讨阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的分子机制。方法利用Drug Bank 5.1.3搜索确定阿司匹林的直接靶点蛋白(DPTs),STRING在线构建阿司匹林DPTs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和信号通路;使用cBio Portal研究人乳腺癌中DPTs基因突变,并利用OncoPrint可视化;从TCGA数据库下载乳腺癌与正常组织中的转录组数据,利用DECenter分析差异过表达基因,对STRING分析得到的DPTs相互关联基因与TCGA中的差异过表达基因求交集,确认阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的潜在靶点,并利用Gene Ontology进行GO功能富集分析。最终通过蛋白免疫印迹实验验证阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的潜在靶点。结果搜索Drug Bank 5.1.3确定了11个阿司匹林DPTs,KEGG通路富集表明其中6个DPTs(EDNRA,IKBKB,NFKB2,NFKBIA,PTGS2和TP53)与癌症发生发展有关。通过分析TCGA数据库中乳腺癌与正常组织中的转录组数据获得10220个过表达差异基因,与STRING分析得到的6个阿司匹林DPTs的相互关联基因求交集,发现4个基因(CDC25C,TPX2,CDC20,PLK1)可能是阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的潜在靶点,其基因功能主要富集于细胞周期与细胞分裂。蛋白免疫印迹实验结果显示:阿司匹林可以降低人乳腺癌细胞中CDC25C,TPX2,CDC20,PLK1的蛋白表达。结论CDC25C,TPX2,CDC20和PLK1可能是阿司匹林抑制人乳腺癌细胞增殖的潜在靶点,其可能通过影响细胞周期和细胞分裂发挥抗肿瘤增殖作用。
