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miR395a-MdWRKY26调控苹果植物耐盐的分子机制
1
作者
刘荣欣
刘嘉伟
+2 位作者
张嘉琪
侯宗甫
王志英
《北京农学院学报》
2024年第2期25-31,共7页
【目的】为了揭示miR 395 a-MdWRKY 26表达模式在盐处理下调控苹果耐盐性的分子机制,并且为苹果耐盐新品种的选育提供基础。【方法】以‘嘎啦’野生型苹果苗和通过稳定遗传转化方法得到的miR 395 a-OE、miR 395 a-RNAi、MdWRKY 26-OE、M...
【目的】为了揭示miR 395 a-MdWRKY 26表达模式在盐处理下调控苹果耐盐性的分子机制,并且为苹果耐盐新品种的选育提供基础。【方法】以‘嘎啦’野生型苹果苗和通过稳定遗传转化方法得到的miR 395 a-OE、miR 395 a-RNAi、MdWRKY 26-OE、MdWRKY 26-RNAi转基因苹果苗为试验材料,对其进行200 mM的NaCl处理,观察表型并且用RT-qPCR检测盐处理下的表达量,用紫外分光光度计法测量丙二醛含量。【结果】结果表明,200 mM的NaCl处理后,与对照相比,miR 395 a-OE和MdWRKY 26-RNAi转基因植株受到的伤害程度较高,对盐更敏感;而MdWRKY 26-OE和miR 395 a-RNAi转基因植株受到的损害程度较轻,表明植株MdWRKY 26-OE和miR 395 a-RNAi转基因植株具有耐盐性。【结论】通过耐盐性分析,得到miR 395 a基因负调控苹果耐盐性,而MdWRKY 26基因发挥正调控作用。揭示了miR 395 a-MdWRKY 26调控苹果耐盐性的分子机理,可以减弱植物在盐处理下受到的伤害。
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关键词
苹果
盐处理
miR
395a
MdWRKY26
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职称材料
4种苹果属植物线粒体基因组的组装与比较分析
2
作者
翟旭阳
王森
+1 位作者
郑轶
姚允聪
《北京农学院学报》
2023年第3期28-33,共6页
【目的】深入了解苹果属不同品种线粒体基因组之间的差异,并阐明其物种特异性。【方法】通过3代测序技术对4种苹果属植物进行测序,得到基因组原始数据,进而提取出线粒体基因组数据。通过生物信息技术手段进行组装和注释,分别从基因组组...
【目的】深入了解苹果属不同品种线粒体基因组之间的差异,并阐明其物种特异性。【方法】通过3代测序技术对4种苹果属植物进行测序,得到基因组原始数据,进而提取出线粒体基因组数据。通过生物信息技术手段进行组装和注释,分别从基因组组成和结构特征进行多方面比较分析。【结果】组装出了‘富士’、‘SH6’、‘火焰’、‘王族’4个品种的线粒体基因组,并且注释了其基因结构。另外对线粒体基因组的特征、重复序列、ORFs以及系统发育方面进行对比分析。【结论】苹果属线粒体基因组组装结果均在400 kb左右,并且在已经组装出的线粒体基因组中‘SH6’线粒体基因组最大。通过线粒体基因组特征比较发现,‘富士’的蛋白质编码基因区域最大并且注释到的基因最多。另外在‘火焰’中预测到的分散重复序列和简单重复序列数量最多,但是其中预测到的ORFs数量最少。4个供试品种与已发表的4个种或品种相比,其线粒体基因组大小、蛋白质编码基因区域具有特异性,且进化关系不同,为苹果属植物进化及新种质创制提供了理论依据。
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关键词
苹果属线粒体
线粒体基因组组装
比较分析
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职称材料
“SH6”苹果矮化中间砧SnRK2基因的克隆及生物信息学分析
被引量:
2
3
作者
晁琳珂
王恩莹
+4 位作者
李鸽
郝素晓
赵艺清
卢艳芬
姚允聪
《安徽农业科学》
CAS
2021年第9期98-103,共6页
[目的]研究SnRK2基因在调控非生物胁迫方面的生物学功能。[方法]从苹果矮化中间砧“SH6”中分离得到3种SnRK2基因,运用多种生物学工具分析其序列特征。[结果]序列分析表明,SnRK2的CDS序列长度:SnRK2.6为956 bp,SnRK2.7为1013 bp,SnRK2.8...
[目的]研究SnRK2基因在调控非生物胁迫方面的生物学功能。[方法]从苹果矮化中间砧“SH6”中分离得到3种SnRK2基因,运用多种生物学工具分析其序列特征。[结果]序列分析表明,SnRK2的CDS序列长度:SnRK2.6为956 bp,SnRK2.7为1013 bp,SnRK2.8为1072 bp,分别编码318、337和357个氨基酸的蛋白质;SnRK2蛋白无明显的疏水性,主要定位于细胞质;3种SnRK2序列相似性较高,都具有PKc_like超级家族和S_TKc家族特有的结构。[结论]这3种SnRK2基因可能在苹果非生物胁迫方面发挥重要作用。
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关键词
“SH6”
SnRK2
非生物胁迫
基因克隆
序列分析
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职称材料
苹果矮化中间砧“SH6”中GID2基因的克隆及生物信息学分析
被引量:
1
4
作者
王恩莹
晁琳珂
+2 位作者
郝素晓
卢艳芬
姚允聪
《安徽农业科学》
CAS
2021年第9期104-108,112,共6页
探究GID2基因在调控植物生长发育方面的作用机制。从苹果矮化砧木“SH6”中克隆到GID2-1和GID2-2基因,运用MEGA7、SWISS-MODEL、DNAMAN 7.0等生物信息学工具分析其序列、蛋白质结构;通过qRT-PCR分析GID2-1和GID2-2基因在不同激素处理下...
探究GID2基因在调控植物生长发育方面的作用机制。从苹果矮化砧木“SH6”中克隆到GID2-1和GID2-2基因,运用MEGA7、SWISS-MODEL、DNAMAN 7.0等生物信息学工具分析其序列、蛋白质结构;通过qRT-PCR分析GID2-1和GID2-2基因在不同激素处理下的表达情况。序列分析表明,GID2-1基因的CDS序列长度为591 bp,GID2-2为597 bp,分别编码196、198个氨基酸的蛋白质;GID2基因具有F-box结构域。qRT-PCR分析表明,在GA处理下,表达量下调;相反,在PAC处理下其表达量上调。结果表明,GID2基因可能在苹果生长发育方面发挥重要作用。
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关键词
SH6
GID2
生长发育
生物信息学
赤霉素
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职称材料
苹果属PP2C A亚家族基因的克隆及生信分析
被引量:
2
5
作者
许璇
何钰贤
+1 位作者
姚允聪
卢艳芬
《北京农学院学报》
2022年第2期33-38,共6页
【目的】为探明苹果属植物响应脱落酸信号的分子机制。【方法】根据拟南芥PP2C A亚家族基因编码区序列进行同源性分析,利用RT-PCR技术,从‘平邑甜茶’cDNA中得到并克隆了3种MhPP2C基因,随后利用生物信息学手段分析其序列特征。【结果】...
【目的】为探明苹果属植物响应脱落酸信号的分子机制。【方法】根据拟南芥PP2C A亚家族基因编码区序列进行同源性分析,利用RT-PCR技术,从‘平邑甜茶’cDNA中得到并克隆了3种MhPP2C基因,随后利用生物信息学手段分析其序列特征。【结果】分离得到的3种PP2C A亚家族基因MhABI1、MhABI2和MhHAB分别编码552,552和544个氨基酸的亲水性蛋白,其预测表观相对分子量分别为59.38、59.44、58.26 kDa,理论等电点为4.52~5.03;其中1个稳定蛋白和2个不稳定蛋白。这3个蛋白均含有PP2C超家族保守功能结构域,无跨膜结构及信号肽序列,主要定位于细胞核。【结论】这3种苹果属PP2C A亚家族基因可能在苹果砧木‘平邑甜茶’ABA信号网络中发挥重要作用。
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关键词
蛋白磷酸酶
脱落酸
基因
克隆
生物信息学
苹果属
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职称材料
‘金冠’苹果PP2C基因克隆及低温胁迫下的表达
被引量:
1
6
作者
杨玲
董美琳
+1 位作者
肖全鑫
卢艳芬
《北京农学院学报》
2023年第2期1-5,共5页
【目的】为了鉴定并探究苹果MdPP2C基因对低温胁迫的响应机制。【方法】利用基因克隆技术,从苹果‘金冠’cDNA中克隆得到3个苹果MdPP2C基因,利用生物信息学技术对3个基因的理化性质、系统进化及保守基序等进行分析,并采用real time-qPC...
【目的】为了鉴定并探究苹果MdPP2C基因对低温胁迫的响应机制。【方法】利用基因克隆技术,从苹果‘金冠’cDNA中克隆得到3个苹果MdPP2C基因,利用生物信息学技术对3个基因的理化性质、系统进化及保守基序等进行分析,并采用real time-qPCR技术检测其在4℃低温处理下的表达情况。【结果】序列分析结果表明,克隆得到的MdHAB1、MdHAI2和MdAHG3分别编码544、405和432个氨基酸,其预测的表观相对分子质量分别为58.26 kDa、44.29 kDa和45.80 kDa,理论等电点分别为5.03、6.63和5.01,均属于酸性蛋白;3个蛋白均属于不稳定蛋白和亲水蛋白,3个蛋白均无跨膜结构,主要定位于细胞核和叶绿体,且3个基因编码的氨基酸序列均具有PP2C超家族保守结构域;real time-qPCR结果表明,低温处理后,MdHAB1、MdHAI2和MdAHG3转录水平均呈现持续上调的趋势。【结论】从‘金冠’中克隆的3个PP2C家族基因均参与苹果‘金冠’对低温胁迫的响应,以上结果为探究苹果PP2C家族基因在苹果属植物对低温胁迫的响应过程及调控机制提供理论基础,为使用分子育种手段培育苹果耐寒性砧木提供新的基因。
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关键词
苹果
基因克隆
蛋白磷酸酶
生物信息学
表达
分析
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职称材料
题名
miR395a-MdWRKY26调控苹果植物耐盐的分子机制
1
作者
刘荣欣
刘嘉伟
张嘉琪
侯宗甫
王志英
机构
北京农学院植物科学技术学院/农业应用新技术北京重点实验室
北京
农业
职业
学院
出处
《北京农学院学报》
2024年第2期25-31,共7页
基金
国家自然基金资助项目“McmiRNA156a/396b共调控苹果春稍生长与春色的分子机制”(2023202088/001)。
文摘
【目的】为了揭示miR 395 a-MdWRKY 26表达模式在盐处理下调控苹果耐盐性的分子机制,并且为苹果耐盐新品种的选育提供基础。【方法】以‘嘎啦’野生型苹果苗和通过稳定遗传转化方法得到的miR 395 a-OE、miR 395 a-RNAi、MdWRKY 26-OE、MdWRKY 26-RNAi转基因苹果苗为试验材料,对其进行200 mM的NaCl处理,观察表型并且用RT-qPCR检测盐处理下的表达量,用紫外分光光度计法测量丙二醛含量。【结果】结果表明,200 mM的NaCl处理后,与对照相比,miR 395 a-OE和MdWRKY 26-RNAi转基因植株受到的伤害程度较高,对盐更敏感;而MdWRKY 26-OE和miR 395 a-RNAi转基因植株受到的损害程度较轻,表明植株MdWRKY 26-OE和miR 395 a-RNAi转基因植株具有耐盐性。【结论】通过耐盐性分析,得到miR 395 a基因负调控苹果耐盐性,而MdWRKY 26基因发挥正调控作用。揭示了miR 395 a-MdWRKY 26调控苹果耐盐性的分子机理,可以减弱植物在盐处理下受到的伤害。
关键词
苹果
盐处理
miR
395a
MdWRKY26
Keywords
Malus domestica
salt stress
miR 395a
MdWRKY26
分类号
S661.1 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
4种苹果属植物线粒体基因组的组装与比较分析
2
作者
翟旭阳
王森
郑轶
姚允聪
机构
北京农学院植物科学技术学院/农业应用新技术北京重点实验室
/
植物
生产国家级
实验
教学示范中心
出处
《北京农学院学报》
2023年第3期28-33,共6页
基金
北京市教委科研计划一般项目(KM202310020010)。
文摘
【目的】深入了解苹果属不同品种线粒体基因组之间的差异,并阐明其物种特异性。【方法】通过3代测序技术对4种苹果属植物进行测序,得到基因组原始数据,进而提取出线粒体基因组数据。通过生物信息技术手段进行组装和注释,分别从基因组组成和结构特征进行多方面比较分析。【结果】组装出了‘富士’、‘SH6’、‘火焰’、‘王族’4个品种的线粒体基因组,并且注释了其基因结构。另外对线粒体基因组的特征、重复序列、ORFs以及系统发育方面进行对比分析。【结论】苹果属线粒体基因组组装结果均在400 kb左右,并且在已经组装出的线粒体基因组中‘SH6’线粒体基因组最大。通过线粒体基因组特征比较发现,‘富士’的蛋白质编码基因区域最大并且注释到的基因最多。另外在‘火焰’中预测到的分散重复序列和简单重复序列数量最多,但是其中预测到的ORFs数量最少。4个供试品种与已发表的4个种或品种相比,其线粒体基因组大小、蛋白质编码基因区域具有特异性,且进化关系不同,为苹果属植物进化及新种质创制提供了理论依据。
关键词
苹果属线粒体
线粒体基因组组装
比较分析
Keywords
Malus mitochondria
mitochondria genome assembly
comparative analysis
分类号
S661.1 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
“SH6”苹果矮化中间砧SnRK2基因的克隆及生物信息学分析
被引量:
2
3
作者
晁琳珂
王恩莹
李鸽
郝素晓
赵艺清
卢艳芬
姚允聪
机构
北京农学院植物科学技术学院/农业应用新技术北京重点实验室
出处
《安徽农业科学》
CAS
2021年第9期98-103,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31872081)
2018年北京市农业应用新技术重点实验室开放项目(KF2018023)
2019年北京农学院学位与研究生教育改革与发展项目(2019YJS039)。
文摘
[目的]研究SnRK2基因在调控非生物胁迫方面的生物学功能。[方法]从苹果矮化中间砧“SH6”中分离得到3种SnRK2基因,运用多种生物学工具分析其序列特征。[结果]序列分析表明,SnRK2的CDS序列长度:SnRK2.6为956 bp,SnRK2.7为1013 bp,SnRK2.8为1072 bp,分别编码318、337和357个氨基酸的蛋白质;SnRK2蛋白无明显的疏水性,主要定位于细胞质;3种SnRK2序列相似性较高,都具有PKc_like超级家族和S_TKc家族特有的结构。[结论]这3种SnRK2基因可能在苹果非生物胁迫方面发挥重要作用。
关键词
“SH6”
SnRK2
非生物胁迫
基因克隆
序列分析
Keywords
“SH6”
SnRK2
Abiotic stress
Gene cloning
Sequence analysis
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
苹果矮化中间砧“SH6”中GID2基因的克隆及生物信息学分析
被引量:
1
4
作者
王恩莹
晁琳珂
郝素晓
卢艳芬
姚允聪
机构
北京农学院植物科学技术学院/农业应用新技术北京重点实验室
出处
《安徽农业科学》
CAS
2021年第9期104-108,112,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31872081)
2018年北京市农业应用新技术重点实验室开放项目(KF2018023)
2019年北京农学院学位与研究生教育改革与发展项目(2019YJS039)。
文摘
探究GID2基因在调控植物生长发育方面的作用机制。从苹果矮化砧木“SH6”中克隆到GID2-1和GID2-2基因,运用MEGA7、SWISS-MODEL、DNAMAN 7.0等生物信息学工具分析其序列、蛋白质结构;通过qRT-PCR分析GID2-1和GID2-2基因在不同激素处理下的表达情况。序列分析表明,GID2-1基因的CDS序列长度为591 bp,GID2-2为597 bp,分别编码196、198个氨基酸的蛋白质;GID2基因具有F-box结构域。qRT-PCR分析表明,在GA处理下,表达量下调;相反,在PAC处理下其表达量上调。结果表明,GID2基因可能在苹果生长发育方面发挥重要作用。
关键词
SH6
GID2
生长发育
生物信息学
赤霉素
Keywords
SH6
GID2
Growth and development
Bioinformatics
Gibberellin
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
苹果属PP2C A亚家族基因的克隆及生信分析
被引量:
2
5
作者
许璇
何钰贤
姚允聪
卢艳芬
机构
北京农学院植物科学技术学院/农业应用新技术北京重点实验室
出处
《北京农学院学报》
2022年第2期33-38,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31872081)
北京市农村工作委员会2018年度新型生产经营主体科技能力提升项目(20180202)。
文摘
【目的】为探明苹果属植物响应脱落酸信号的分子机制。【方法】根据拟南芥PP2C A亚家族基因编码区序列进行同源性分析,利用RT-PCR技术,从‘平邑甜茶’cDNA中得到并克隆了3种MhPP2C基因,随后利用生物信息学手段分析其序列特征。【结果】分离得到的3种PP2C A亚家族基因MhABI1、MhABI2和MhHAB分别编码552,552和544个氨基酸的亲水性蛋白,其预测表观相对分子量分别为59.38、59.44、58.26 kDa,理论等电点为4.52~5.03;其中1个稳定蛋白和2个不稳定蛋白。这3个蛋白均含有PP2C超家族保守功能结构域,无跨膜结构及信号肽序列,主要定位于细胞核。【结论】这3种苹果属PP2C A亚家族基因可能在苹果砧木‘平邑甜茶’ABA信号网络中发挥重要作用。
关键词
蛋白磷酸酶
脱落酸
基因
克隆
生物信息学
苹果属
Keywords
Malus hupehensis Rehd.
Protein phosphatase type
abscisic acid
gene
clone
bioinformatics
分类号
S661.4 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
‘金冠’苹果PP2C基因克隆及低温胁迫下的表达
被引量:
1
6
作者
杨玲
董美琳
肖全鑫
卢艳芬
机构
北京农学院植物科学技术学院/农业应用新技术北京重点实验室
出处
《北京农学院学报》
2023年第2期1-5,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(31872081)。
文摘
【目的】为了鉴定并探究苹果MdPP2C基因对低温胁迫的响应机制。【方法】利用基因克隆技术,从苹果‘金冠’cDNA中克隆得到3个苹果MdPP2C基因,利用生物信息学技术对3个基因的理化性质、系统进化及保守基序等进行分析,并采用real time-qPCR技术检测其在4℃低温处理下的表达情况。【结果】序列分析结果表明,克隆得到的MdHAB1、MdHAI2和MdAHG3分别编码544、405和432个氨基酸,其预测的表观相对分子质量分别为58.26 kDa、44.29 kDa和45.80 kDa,理论等电点分别为5.03、6.63和5.01,均属于酸性蛋白;3个蛋白均属于不稳定蛋白和亲水蛋白,3个蛋白均无跨膜结构,主要定位于细胞核和叶绿体,且3个基因编码的氨基酸序列均具有PP2C超家族保守结构域;real time-qPCR结果表明,低温处理后,MdHAB1、MdHAI2和MdAHG3转录水平均呈现持续上调的趋势。【结论】从‘金冠’中克隆的3个PP2C家族基因均参与苹果‘金冠’对低温胁迫的响应,以上结果为探究苹果PP2C家族基因在苹果属植物对低温胁迫的响应过程及调控机制提供理论基础,为使用分子育种手段培育苹果耐寒性砧木提供新的基因。
关键词
苹果
基因克隆
蛋白磷酸酶
生物信息学
表达
分析
Keywords
apple
gene cloning
PP2C-type protein phosphatase
bioinformatics
gene expression
analysis
分类号
S661.1 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
miR395a-MdWRKY26调控苹果植物耐盐的分子机制
刘荣欣
刘嘉伟
张嘉琪
侯宗甫
王志英
《北京农学院学报》
2024
0
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职称材料
2
4种苹果属植物线粒体基因组的组装与比较分析
翟旭阳
王森
郑轶
姚允聪
《北京农学院学报》
2023
0
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职称材料
3
“SH6”苹果矮化中间砧SnRK2基因的克隆及生物信息学分析
晁琳珂
王恩莹
李鸽
郝素晓
赵艺清
卢艳芬
姚允聪
《安徽农业科学》
CAS
2021
2
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职称材料
4
苹果矮化中间砧“SH6”中GID2基因的克隆及生物信息学分析
王恩莹
晁琳珂
郝素晓
卢艳芬
姚允聪
《安徽农业科学》
CAS
2021
1
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职称材料
5
苹果属PP2C A亚家族基因的克隆及生信分析
许璇
何钰贤
姚允聪
卢艳芬
《北京农学院学报》
2022
2
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职称材料
6
‘金冠’苹果PP2C基因克隆及低温胁迫下的表达
杨玲
董美琳
肖全鑫
卢艳芬
《北京农学院学报》
2023
1
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