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腹泻猪群肠道微生物宏基因组分析
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作者 张洁 贾骁晔 +4 位作者 童泽宇 马岩 雷晨莹 原霖 田克恭 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第2期512-521,共10页
[目的]了解腹泻猪群病毒混合感染情况及病毒感染下肠道微生物群落结构变化。[方法]收集73份临床猪腹泻样品,使用单端100 bp读长(SE100)进行宏基因组测序。下机数据经FastQC工具质控获得clean data,利用BWA工具去除宿主序列获得unmapped ... [目的]了解腹泻猪群病毒混合感染情况及病毒感染下肠道微生物群落结构变化。[方法]收集73份临床猪腹泻样品,使用单端100 bp读长(SE100)进行宏基因组测序。下机数据经FastQC工具质控获得clean data,利用BWA工具去除宿主序列获得unmapped data。使用Kraken 2工具将unmapped data比对到动物病原数据库进行物种分类注释并生成物种分类表。使用主成分分析(PCA)对数据降维处理,并使用每百万读数(RPM)进行数据归一化,利用Z-score统计方法生成热图进行差异分析可视化。使用MEGAHIT工具从头拼接病毒序列,使用BWA将unmapped data比对到contigs评估拼接效果,选择高质量contigs在NCBI上比对找到最相似序列,将ummapped data比对到该序列后提取一致序列,作为该病毒序列,使用IQ-TREE工具进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)S基因和猪星状病毒(PAstV)ORF1a基因遗传进化分析。[结果]73份猪腹泻样品中检出多种病毒,阳性率分别为:PAstV 26.03%、猪嵴病毒(PKV)20.55%、猪轮状病毒(PoRV)19.18%、PEDV 19.18%、猪札幌病毒(PSaV)6.85%、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)4.11%。混合感染情况复杂,主要为PEDV+PAstV组合,在全部样品中占比为17.81%(13/73),在混合感染样品中占比为30.95%(13/42)。不同病毒感染下肠道微生物结构发生变化,PEDV阳性组样品乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度高于阴性组,PAstV阳性组样品梭菌属(Clostridium)和密螺旋体属(Treponema)相对丰度高于阴性组。拼接得到2条PEDV全基因组序列SE18和SE22,均属于GⅡa谱系,以及4条PAstV ORF1a基因组序列SE18、PE31、PE36和PE70,SE18为PAstV2型,其余3条序列与HAstV-HMO-B株亲缘关系较近。[结论]本研究通过宏基因组学技术揭示了临床腹泻猪群中PAstV和PEDV的高阳性率及混合感染情况,发现PEDV和PAstV感染显著改变了肠道微生物结构,为猪腹泻混合感染的防控提供了重要数据支持。 展开更多
关键词 腹泻 混合感染 宏基因组学
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双黄连口服液对H9亚型禽流感的预防和治疗效果 被引量:1
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作者 朱巧艳 聂春波 +7 位作者 张盼涛 薛瑞 王锐 王艳鸣 赵青森 李新乐 高彬文 赵坤坤 《动物医学进展》 北大核心 2024年第9期127-132,共6页
为了评价双黄连口服液对H9亚型禽流感的预防和治疗效果,分别在SPF鸡感染H9亚型禽流感病毒前和感染后口服双黄连口服液,病毒感染后3、5、7、10 d采集喉头和泄殖腔棉拭子,通过实时荧光定量RT-PCR检测排毒率,并在感染后5、7 d剖检观察组织... 为了评价双黄连口服液对H9亚型禽流感的预防和治疗效果,分别在SPF鸡感染H9亚型禽流感病毒前和感染后口服双黄连口服液,病毒感染后3、5、7、10 d采集喉头和泄殖腔棉拭子,通过实时荧光定量RT-PCR检测排毒率,并在感染后5、7 d剖检观察组织病变,进行病理组织学观察。结果显示,双黄连口服液可降低H9亚型禽流感病毒感染鸡的排毒率,缩短排毒周期,治疗组和预防治疗组病毒感染后10 d排毒率为0,极显著低于病毒感染组排毒率6/10(60%)(P<0.01);治疗组和预防治疗组SPF鸡在感染后5 d和7 d喉头、气管黏膜、肺脏的组织损伤较小;且与治疗组相比,预防治疗组排毒率更低,喉头、气管、肺脏组织病理损伤更轻微。结果表明,双黄连口服液不仅可降低感染鸡的排毒率,缩短鸡体排毒时间。针对呼吸道病原,双黄连口服液预防治疗效果优于感染后治疗效果。该研究为双黄连口服液更好地应用于临床呼吸道疫病的防控提供了新的策略。 展开更多
关键词 双黄连口服液 H9亚型禽流感 预防和治疗 排毒率 组织病理学
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POCT在兽医检测诊断中的应用和发展
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作者 朱连德 《猪业科学》 2024年第3期57-61,共5页
1POCT概念POCT是Point of Care Testing的缩写,可翻译为“现场快速检测”或“现场即时检测”,是指不需要固定、专用的场所,在最贴近患者/患病动物的地点或采样现场,应用便携式分析仪器及配套试剂进行的一种操作简便、可快速得到结果的... 1POCT概念POCT是Point of Care Testing的缩写,可翻译为“现场快速检测”或“现场即时检测”,是指不需要固定、专用的场所,在最贴近患者/患病动物的地点或采样现场,应用便携式分析仪器及配套试剂进行的一种操作简便、可快速得到结果的检测方式。具有即时、便携、简化、快速的特点,世界卫生组织(WHO)对POCT的定位为:经济、灵敏、特异、装置简单、简便易用、快速。 展开更多
关键词 现场快速检测 POCT 患病动物 检测诊断 即时检测 配套试剂 便携式分析仪器 检测方式
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拥抱数智化新时代,助推智慧兽医发展——谈数字化、智能化兽医
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作者 朱连德 《猪业科学》 2024年第5期34-37,共4页
动物疫病诊断、监测、治疗/防控和兽医培训教育的信息化发展,互联网、物联网技术的进步,数字化设备的应用,以及大数据库、云计算方法的建立,正推动兽医服务转型升级,新型的兽医服务形式——数字化、智能化兽医服务的时代已来。
关键词 兽医服务 物联网技术 转型升级 云计算 动物疫病诊断 数据库 互联网 数字化
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关于动物传染病防控中的Elimination和Eradication
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作者 朱连德 《猪业科学》 2024年第11期50-51,共2页
前段时间看到兽医同行的几篇带有‘类净化’文字的文章,出于好奇翻阅了一下。发现‘类净化’实际上就是常说的‘净化’(Elimination),而文章把‘根除’(Eradication)命名成了‘净化’。显然,‘类净化’‘净化’很好地将Elimination与Era... 前段时间看到兽医同行的几篇带有‘类净化’文字的文章,出于好奇翻阅了一下。发现‘类净化’实际上就是常说的‘净化’(Elimination),而文章把‘根除’(Eradication)命名成了‘净化’。显然,‘类净化’‘净化’很好地将Elimination与Eradication从防控等级上区分开来,但约定俗成的术语改变了,定义也出现了误差,会引起概念上的混乱。Eliminaton,在兽医领域通常翻译为‘净化’,人类医学一般称作‘消除’。基本包含两部分:(1)Elimination of disease(疾病净化)。 展开更多
关键词 传染病防控 人类医学 兽医领域
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猪流行性腹泻病毒山东SD20BZ01株的分离鉴定及遗传进化分析 被引量:1
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作者 田似报 尹明荣 +3 位作者 王文文 厉磊 王一新 李阳 《中国动物检疫》 CAS 2022年第6期24-29,共6页
为了解山东省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)基因组遗传演化特征,将山东省滨州市某猪场的PEDV阳性样品接种Vero E6细胞,结果成功分离到1株PEDV,将其命名为SD20BZ01株。通过RT-PCR分段扩增病毒基因组,经测序、... 为了解山东省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)基因组遗传演化特征,将山东省滨州市某猪场的PEDV阳性样品接种Vero E6细胞,结果成功分离到1株PEDV,将其命名为SD20BZ01株。通过RT-PCR分段扩增病毒基因组,经测序、拼接获得SD20BZ01株全基因组序列,并将其与GenBank收录的参考毒株序列进行同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,SD20BZ01株与我国2010年以来流行的GII-b亚群变异株序列同源性为97.8%~98.7%,明显高于CV777、DR13、SM98、SD-M等早期经典毒株,因此SD20BZ01属于GII-b亚群变异株。基于S基因的遗传进化关系与基于全基因组序列的遗传进化关系基本一致。与CV777株相比,SD20BZ01株S蛋白在中和抗原表位COE处有10个氨基酸突变,与近年来变异株S蛋白的氨基酸序列基本一致,说明GII-b亚群PEDV的变异规律逐渐趋于稳定。本研究为山东省PEDV流行病学研究及其流行控制策略的制定提供了理论依据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 病毒分离 全基因序列 遗传进化分析
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中国多地区猪繁殖与呼吸综合征流行病学回溯性调查(2018-2020年) 被引量:2
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作者 牛婷婷 张淼洁 +4 位作者 原霖 张宁 高梦锦 张小元 朱连德 《猪业科学》 2022年第1期68-71,共4页
猪繁殖与呼吸综合征(PRRS),又称"猪蓝耳病",是一种严重影响全球养猪业的疫病。该病病原为有囊膜的RNA病毒,可引起感染猪发热、厌食,妊娠母猪晚期流产、早产、产死胎/弱胎和木乃伊胎等繁殖障碍症状,以及各种年龄猪(特别是仔猪... 猪繁殖与呼吸综合征(PRRS),又称"猪蓝耳病",是一种严重影响全球养猪业的疫病。该病病原为有囊膜的RNA病毒,可引起感染猪发热、厌食,妊娠母猪晚期流产、早产、产死胎/弱胎和木乃伊胎等繁殖障碍症状,以及各种年龄猪(特别是仔猪)的呼吸困难。猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分为基因Ⅰ型(欧洲株)与Ⅱ型(美洲型). 展开更多
关键词 妊娠母猪 呼吸困难 猪蓝耳病 基因Ⅰ型 流行病学 养猪业 晚期流产 木乃伊
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