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乙型肝炎病毒相关肝细胞癌的关键基因筛选及临床意义
1
作者
曹旭
李小科
+5 位作者
糟小宾
杨先照
张嘉鑫
李志国
杜宏波
叶永安
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2021年第6期1753-1772,共20页
目的应用生物信息学筛选出乙型肝炎病毒(HBV)相关肝细胞癌的关键基因及潜在药物。方法从GEO数据库下载HBV相关肝癌高通量芯片数据集GSE121248和GSE49713,通过GEO2R法分析获得差异表达基因(DEGs)。通过DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG分析...
目的应用生物信息学筛选出乙型肝炎病毒(HBV)相关肝细胞癌的关键基因及潜在药物。方法从GEO数据库下载HBV相关肝癌高通量芯片数据集GSE121248和GSE49713,通过GEO2R法分析获得差异表达基因(DEGs)。通过DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG分析。String数据库建立蛋白-蛋白互作网络(PPI),利用Cytoscape软件构建hub基因及可视化网络。通过Kaplan-Meier Plotter和UALCAN数据库确认有临床预后价值的关键基因。通过cBioPortal数据库分析关键基因在肝癌组织中的表达相关性、突变和生存预后,通过CTD数据库获取对关键基因有潜在作用的化合物并进行比较。结果共获得93个DEGs,这些基因主要富集在氧化还原、蛋白质水解和有丝分裂核分裂等生物学过程;主要富集在细胞外小体、细胞外区域和细胞外隙等细胞成分;主要与血红素结合、铁离子结合和染色质结合等功能;主要集中在代谢途径,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢以及色氨酸代谢3条通路。筛选分析hub基因并从中得到10个关键基因,在突变、表达相关性及预后上均有统计学意义(P<0.05)。基于以上靶点筛选出白藜芦醇、雷公藤甲素、穿心莲内酯、黄芩提取物、水飞蓟宾、姜黄素、槲皮素、隐丹参酮等候选药物。结论本研究通过数据挖掘与生物信息学分析,找到多个关键基因与潜在药物,为临床HBV相关肝癌治疗靶点的选择及药物方案的优化提供了参考。
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关键词
乙型肝炎病毒
肝细胞癌
基因芯片
生物信息学
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题名
乙型肝炎病毒相关肝细胞癌的关键基因筛选及临床意义
1
作者
曹旭
李小科
糟小宾
杨先照
张嘉鑫
李志国
杜宏波
叶永安
机构
北京中医药大学东直门医院
北京中医药大学
肝病研究所
北京中医药大学东直门医院中医内科学教育部/北京市重点实验室
北京市
丰台中西医结合
医院
出处
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2021年第6期1753-1772,共20页
基金
中央高校北京中医药大学科研创新团队项目(2019-JYB-TD-009):中医药治疗慢性乙型肝炎的免疫代谢研究,负责人:李小科
中央高校基本科研业务费专项资金资助(2021-JYB-XJSJJ055):抗纤抑癌方抗肝癌作用及机制研究,负责人:糟小宾
中央高校基本科研业务费专项资金资助(2021-JYB-XJSJJ056):抗纤抑癌方通过PI3K/AKT/TP53通路调控肝癌前病变细胞增殖与凋亡的机制研究,负责人:陈光。
文摘
目的应用生物信息学筛选出乙型肝炎病毒(HBV)相关肝细胞癌的关键基因及潜在药物。方法从GEO数据库下载HBV相关肝癌高通量芯片数据集GSE121248和GSE49713,通过GEO2R法分析获得差异表达基因(DEGs)。通过DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG分析。String数据库建立蛋白-蛋白互作网络(PPI),利用Cytoscape软件构建hub基因及可视化网络。通过Kaplan-Meier Plotter和UALCAN数据库确认有临床预后价值的关键基因。通过cBioPortal数据库分析关键基因在肝癌组织中的表达相关性、突变和生存预后,通过CTD数据库获取对关键基因有潜在作用的化合物并进行比较。结果共获得93个DEGs,这些基因主要富集在氧化还原、蛋白质水解和有丝分裂核分裂等生物学过程;主要富集在细胞外小体、细胞外区域和细胞外隙等细胞成分;主要与血红素结合、铁离子结合和染色质结合等功能;主要集中在代谢途径,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢以及色氨酸代谢3条通路。筛选分析hub基因并从中得到10个关键基因,在突变、表达相关性及预后上均有统计学意义(P<0.05)。基于以上靶点筛选出白藜芦醇、雷公藤甲素、穿心莲内酯、黄芩提取物、水飞蓟宾、姜黄素、槲皮素、隐丹参酮等候选药物。结论本研究通过数据挖掘与生物信息学分析,找到多个关键基因与潜在药物,为临床HBV相关肝癌治疗靶点的选择及药物方案的优化提供了参考。
关键词
乙型肝炎病毒
肝细胞癌
基因芯片
生物信息学
Keywords
Hepatitis B virus
Hepatocellular carcinoma
Gene microarray
Bioinformatics
分类号
R2-031 [医药卫生—中西医结合]
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出处
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1
乙型肝炎病毒相关肝细胞癌的关键基因筛选及临床意义
曹旭
李小科
糟小宾
杨先照
张嘉鑫
李志国
杜宏波
叶永安
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2021
0
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已选择
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