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基于转录组测序筛选乌苏里白鲑肌肉生长关键候选基因研究
被引量：
2
1
作者
李文文
徐革锋
+7 位作者
黄天晴
谷伟
刘恩慧
王高超
潘玉财
周金鑫
姜再胜
王炳谦
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2024年第3期87-100,共14页
为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因,本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序,以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先,在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F2个...
为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因,本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序,以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先,在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F2个体进行实验分组(快长组和慢长组)。接着分别从快长组[体重为(219.20±38.66)g]和慢长组[体重为(74.30±17.86)g]中随机选取10尾样本,取其背部肌肉进行转录组测序。以FDR(false discovery rate)<0.05且|log2(FC)|>1(FC,fold change)为条件筛选差异表达基因并对其进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,并通过qPCR验证转录组数据的准确性。转录组测序结果显示,共筛选出2211个差异表达基因,与慢长组相比,快长组中583个差异基因表达上调及1628个基因表达下调。GO功能注释结果显示,差异基因主要参与细胞过程和结合过程,差异基因显著富集到251条KEGG通路(P<0.05),其中,MAPK信号通路(MAPKsignalingpathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、紧密连接(tight junction)、胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)、糖酵解/糖异生(glycolysis/gluconeogenesis)和PPAR信号通路(PPAR signaling pathway)参与细胞生长。之后结合功能注释结果和KEGG,鉴定出肌浆/内质网钙ATP酶基因atp2a1和atp2a2、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因g6pc、生长因子结合蛋白1基因igfbp1以及肌球蛋白重链基因myh1、myh4、myh6、myh7、myh9和myh13等可能与肌肉生长密切相关的基因。本研究共筛选出10个可能与乌苏里白鲑肌肉生长相关的关键候选基因,为今后乌苏里白鲑分子标记辅助育种提供了基础数据。
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关键词
乌苏里白鲑
转录组测序
差异表达基因
肌肉生长
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职称材料
题名
基于转录组测序筛选乌苏里白鲑肌肉生长关键候选基因研究
被引量：
2
1
作者
李文文
徐革锋
黄天晴
谷伟
刘恩慧
王高超
潘玉财
周金鑫
姜再胜
王炳谦
机构
上海海洋大学
水产
与生命学院
冷水性鱼类产业技术创新战略联盟、中国水产科学研究院、黑龙江水产研究所
安徽省桐城市
水产
服务中心
出处
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2024年第3期87-100,共14页
基金
中国水产科学研究院科研业务费项目(2020TD32)
财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系(CARS-46)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(HSY202103M)共同资助。
文摘
为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因,本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序,以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先,在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F2个体进行实验分组(快长组和慢长组)。接着分别从快长组[体重为(219.20±38.66)g]和慢长组[体重为(74.30±17.86)g]中随机选取10尾样本,取其背部肌肉进行转录组测序。以FDR(false discovery rate)<0.05且|log2(FC)|>1(FC,fold change)为条件筛选差异表达基因并对其进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,并通过qPCR验证转录组数据的准确性。转录组测序结果显示,共筛选出2211个差异表达基因,与慢长组相比,快长组中583个差异基因表达上调及1628个基因表达下调。GO功能注释结果显示,差异基因主要参与细胞过程和结合过程,差异基因显著富集到251条KEGG通路(P<0.05),其中,MAPK信号通路(MAPKsignalingpathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、紧密连接(tight junction)、胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)、糖酵解/糖异生(glycolysis/gluconeogenesis)和PPAR信号通路(PPAR signaling pathway)参与细胞生长。之后结合功能注释结果和KEGG,鉴定出肌浆/内质网钙ATP酶基因atp2a1和atp2a2、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因g6pc、生长因子结合蛋白1基因igfbp1以及肌球蛋白重链基因myh1、myh4、myh6、myh7、myh9和myh13等可能与肌肉生长密切相关的基因。本研究共筛选出10个可能与乌苏里白鲑肌肉生长相关的关键候选基因,为今后乌苏里白鲑分子标记辅助育种提供了基础数据。
关键词
乌苏里白鲑
转录组测序
差异表达基因
肌肉生长
Keywords
Coregonus ussurinsis Berg
RNA-seq
Differentially expressed genes
Muscle growth
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组测序筛选乌苏里白鲑肌肉生长关键候选基因研究
李文文
徐革锋
黄天晴
谷伟
刘恩慧
王高超
潘玉财
周金鑫
姜再胜
王炳谦
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2024
2
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