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基于高通量测序的两种植被恢复类型根际土壤细菌多样性研究
被引量：
94
1
作者
戴雅婷
闫志坚
+5 位作者
解继红
吴洪新
徐林波
侯向阳
高丽
崔艳伟
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第3期735-748,共14页
为研究库布齐沙地生态恢复过程中不同植被恢复类型土壤微生物细菌群落结构、多样性的变化特征,以流动沙地为对照,运用高通量测序技术,对自然恢复的油蒿群落、人工种植的中间锦鸡儿群落根际和非根际土壤细菌多样性进行了研究,并分析了土...
为研究库布齐沙地生态恢复过程中不同植被恢复类型土壤微生物细菌群落结构、多样性的变化特征,以流动沙地为对照,运用高通量测序技术,对自然恢复的油蒿群落、人工种植的中间锦鸡儿群落根际和非根际土壤细菌多样性进行了研究,并分析了土壤理化性质对其分布的影响。结果表明:(1)与流沙对照相比,两种植被恢复类型对细菌多样性产生了正效应,细菌群落丰度、多样性和均匀度明显增加。其中,自然恢复的油蒿群落土壤细菌丰度高于人工种植的中间锦鸡儿群落;(2)变形菌门、酸杆菌门和放线菌门为研究区土壤中的优势细菌类群,其中变形菌门在各样地丰度比例最高,变形菌的4个亚群变化趋势一致,α-变形菌相对含量在油蒿和中间锦鸡儿群落根际土壤中明显增加,尤其是自然恢复的油蒿群落根际土壤中α-变形菌得到了很好的恢复;(3)土壤有机质、全氮、速效氮、速效钾含量和土壤含水量是影响土壤细菌群落丰度和多样性的主要土壤因子,典型相关分析表明土壤有机质、全氮、全钾、速效钾、速效氮含量对于研究区土壤细菌群落遗传多样性的变化起着重要作用。
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关键词
根际土壤
细菌群落多样性
高通量测序
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职称材料
不同刈割强度下羊草转录组研究
被引量：
3
2
作者
赵劲博
侯向阳
+4 位作者
武自念
任卫波
胡宁宁
郭丰辉
马文静
《草业学报》
CSCD
北大核心
2018年第2期105-116,共12页
刈割是一种重要的草地管理措施,刈割留茬高度直接影响草地生产力及群落结构,在牧草生产中具有重要意义。为研究羊草在不同刈割强度下的转录响应,利用Illumina HiSeq-PE150高通量测序技术,对不同刈割留茬高度(0,2,4,8,12cm)处理下羊草再...
刈割是一种重要的草地管理措施,刈割留茬高度直接影响草地生产力及群落结构,在牧草生产中具有重要意义。为研究羊草在不同刈割强度下的转录响应,利用Illumina HiSeq-PE150高通量测序技术,对不同刈割留茬高度(0,2,4,8,12cm)处理下羊草再生叶片进行了转录组测序。共得到139767803条读长(reads),41.94Gb原始数据。经过过滤、质控与从头组装后,总共得到转录本270207条,总长度为191.6 Mb。通过与多种数据库比对得到48097条单基因簇(Unigene)注释结果。筛选出了所有刈割强度处理与不刈割对照组显著差异基因共2579条,经过生物信息分析,将其定位到碳水化合物代谢、损伤应答、过氧化氢分解、植物激素信号转导等功能与代谢通路。利用聚类方法得到了随着刈割强度增强,表达量规律变化的基因,分别富集到了过氧化物酶体、光合作用等代谢途径。对羊草在不同刈割高度下的转录组进行了研究,为草本植物分子生物学研究提供了宝贵的数据资源,对于解析羊草响应刈割的分子调控机制及相关基因挖掘具有重要指导意义。
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关键词
羊草
刈割强度
转录组
功能富集
梯度聚类
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职称材料
题名
基于高通量测序的两种植被恢复类型根际土壤细菌多样性研究
被引量：
94
1
作者
戴雅婷
闫志坚
解继红
吴洪新
徐林波
侯向阳
高丽
崔艳伟
机构
中国
农业
科学院草原研究所
农业部草地生态与修复治理重点实验室
出处
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第3期735-748,共14页
基金
国家重点基础研究发展计划(973计划)(2014CB138806)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(1610332014026)资助~~
文摘
为研究库布齐沙地生态恢复过程中不同植被恢复类型土壤微生物细菌群落结构、多样性的变化特征,以流动沙地为对照,运用高通量测序技术,对自然恢复的油蒿群落、人工种植的中间锦鸡儿群落根际和非根际土壤细菌多样性进行了研究,并分析了土壤理化性质对其分布的影响。结果表明:(1)与流沙对照相比,两种植被恢复类型对细菌多样性产生了正效应,细菌群落丰度、多样性和均匀度明显增加。其中,自然恢复的油蒿群落土壤细菌丰度高于人工种植的中间锦鸡儿群落;(2)变形菌门、酸杆菌门和放线菌门为研究区土壤中的优势细菌类群,其中变形菌门在各样地丰度比例最高,变形菌的4个亚群变化趋势一致,α-变形菌相对含量在油蒿和中间锦鸡儿群落根际土壤中明显增加,尤其是自然恢复的油蒿群落根际土壤中α-变形菌得到了很好的恢复;(3)土壤有机质、全氮、速效氮、速效钾含量和土壤含水量是影响土壤细菌群落丰度和多样性的主要土壤因子,典型相关分析表明土壤有机质、全氮、全钾、速效钾、速效氮含量对于研究区土壤细菌群落遗传多样性的变化起着重要作用。
关键词
根际土壤
细菌群落多样性
高通量测序
Keywords
Rhizosphere soil
Bacterial community diversity
High throughput sequencing
分类号
S15 [农业科学—土壤学]
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职称材料
题名
不同刈割强度下羊草转录组研究
被引量：
3
2
作者
赵劲博
侯向阳
武自念
任卫波
胡宁宁
郭丰辉
马文静
机构
中国
农业
科学院草原研究所
农业部草地生态与修复治理重点实验室
出处
《草业学报》
CSCD
北大核心
2018年第2期105-116,共12页
基金
国家重点基础研究发展计划(973计划)(2014CB138806)
国家自然基金(31502008)
+2 种基金
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(1610332015002)
公益性行业(农业)科研专项经费项目(201303060)
中国农业科学院科技创新工程协同创新(CAASXTCT2016001-2)资助
文摘
刈割是一种重要的草地管理措施,刈割留茬高度直接影响草地生产力及群落结构,在牧草生产中具有重要意义。为研究羊草在不同刈割强度下的转录响应,利用Illumina HiSeq-PE150高通量测序技术,对不同刈割留茬高度(0,2,4,8,12cm)处理下羊草再生叶片进行了转录组测序。共得到139767803条读长(reads),41.94Gb原始数据。经过过滤、质控与从头组装后,总共得到转录本270207条,总长度为191.6 Mb。通过与多种数据库比对得到48097条单基因簇(Unigene)注释结果。筛选出了所有刈割强度处理与不刈割对照组显著差异基因共2579条,经过生物信息分析,将其定位到碳水化合物代谢、损伤应答、过氧化氢分解、植物激素信号转导等功能与代谢通路。利用聚类方法得到了随着刈割强度增强,表达量规律变化的基因,分别富集到了过氧化物酶体、光合作用等代谢途径。对羊草在不同刈割高度下的转录组进行了研究,为草本植物分子生物学研究提供了宝贵的数据资源,对于解析羊草响应刈割的分子调控机制及相关基因挖掘具有重要指导意义。
关键词
羊草
刈割强度
转录组
功能富集
梯度聚类
Keywords
Leymus chinensis
mowing intensity
transcriptome
function enrichment
gradient clustering
分类号
S543.9 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于高通量测序的两种植被恢复类型根际土壤细菌多样性研究
戴雅婷
闫志坚
解继红
吴洪新
徐林波
侯向阳
高丽
崔艳伟
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
94
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
不同刈割强度下羊草转录组研究
赵劲博
侯向阳
武自念
任卫波
胡宁宁
郭丰辉
马文静
《草业学报》
CSCD
北大核心
2018
3
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