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题名茶树表达序列标签中的微卫星特征分析
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作者
钱春仙
高俊
刘林
杨静
李成云
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机构
农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室/农业生物多样性生物技术国家工程研究中心/云南农业大学植物保护学院
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出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2015年第3期1014-1019,共6页
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基金
国家"973"项目(2012CB722900)
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文摘
从NCBI数据库中下载到50776条茶树表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,利用Tandem Repeats Finder程序,对≧24 bp的微卫星(简单重复序列)进行系统分析。结果表明,在所分析的茶树EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80%的微卫星序列5299个,在这些微卫星中,单核甘酸的最多,数量达3283个,占SSR总数的61.96%,其次为2核甘酸微卫星序列,共1113个,占微卫星总数的21%。4核苷酸微卫星数量最少,仅39个,占总数的0.74%,搜索到6核苷酸471个,其基序组成可分为83类,优势基序为AAAACT(130个)。以上结果说明茶树EST序列中含有丰富的微卫星,这非常有利于开发表达序列中的微卫星标记,为含有微卫星的基因的标识、表达提供了很好的基础。
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关键词
茶树
表达序列标签
微卫星
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Keywords
Tea（ Camellia sinensis ）
Expressed sequence tags （EST）
Simple sequence repeat （SSR）
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分类号
S571.1
[农业科学—茶叶生产加工]
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