旨在利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)挖掘与鉴定吐鲁番黑羊体重和体尺性状的相关候选基因及分子标记,为吐鲁番黑羊的选育提高及资源开发利用提供科学依据。本研究选取129只年龄在1~3岁、饲养环境一致的健康...旨在利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)挖掘与鉴定吐鲁番黑羊体重和体尺性状的相关候选基因及分子标记,为吐鲁番黑羊的选育提高及资源开发利用提供科学依据。本研究选取129只年龄在1~3岁、饲养环境一致的健康吐鲁番黑羊公羊,测定体重、体高、体斜长、胸围、管围、胸宽、胸深、尾宽、尾长共9项体重体尺性状表型数据;随后使用的一次性采血管(添加EDTA-K2抗凝剂)采集5 mL颈静脉外周血提取DNA。对合格的DNA样本进行简化基因组测序(genotyping-by-sequencing,GBS),运用samtools、bcftools等软件对原始测序数据进行检测、过滤及功能注释;然后利用GCTA、TreeBeST、GEMMA等软件分别完成群体遗传结构分析、群体分层评估及全基因组关联分析。本研究测序得到160.88 G的Raw data,质控后Clean data为157.87 G,获得460766个SNPs位点。全基因关联分析在9个性状中共筛选到74个显著SNPs位点(P<10-5),进一步注释得到到39个候选基因。单倍型分析发现候选基因的多个显著位点均位于单倍型block区域内。本研究鉴定了与吐鲁番黑羊体重体尺性状显著关联的SNP位点及候选基因,为深入解析这些性状的遗传机制提供了重要依据,同时也为吐鲁番黑羊分子标记辅助育种提供了基础数据。展开更多
旨在分析子午岭黑山羊的群体遗传多样性和亲缘关系以及家系结构,为子午岭黑山羊的保护和利用提供依据。本研究通过简化基因组测序(super-genotyping by sequencing,Super-GBS)技术对99只(10公/89母)成年子午岭黑山羊进行全基因组SNP检...旨在分析子午岭黑山羊的群体遗传多样性和亲缘关系以及家系结构,为子午岭黑山羊的保护和利用提供依据。本研究通过简化基因组测序(super-genotyping by sequencing,Super-GBS)技术对99只(10公/89母)成年子午岭黑山羊进行全基因组SNP检测。利用Plink软件计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、核苷酸多样性(Pi)、有效等位基因数(Ne)及次要等位基因频率(MAF)等6项遗传多样性指标;GCTA软件进行主成分分析及基因组亲缘关系G矩阵构建;Plink软件构建IBS遗传距离矩阵,R语言绘制热图;PHYLP构建系统发育树;detect RUNS工具检测ROH。结果表明,99只子午岭黑山羊个体共检测到996042个SNPs。子午岭黑山羊群体的PIC、Pi、Ne及MAF值分别是0.161、0.193、1.295、0.130,且Ho(0.167)低于He(0.192),说明子午岭黑山羊群体遗传多样性较低。G矩阵和IBS遗传距离结果均表明子午岭黑山羊群体间大部分个体间亲缘关系较远。主成分分析结果揭示子午岭黑山羊群体内部不存在明显分化,系统发育树结果说明子午岭黑山羊群体公羊可大致分为6个家系,所有家系公羊数量较少。子午岭黑山羊群体的近交系数FROH为0.0496,说明子午岭黑山羊群体内部近交程度相对较低。综上所述,子午岭黑山羊群体遗传多样性较低,大部分个体间亲缘关系较远,群体内近交程度较低,后期应注意后代的选育,避免血统流失。展开更多
文摘旨在分析子午岭黑山羊的群体遗传多样性和亲缘关系以及家系结构,为子午岭黑山羊的保护和利用提供依据。本研究通过简化基因组测序(super-genotyping by sequencing,Super-GBS)技术对99只(10公/89母)成年子午岭黑山羊进行全基因组SNP检测。利用Plink软件计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、核苷酸多样性(Pi)、有效等位基因数(Ne)及次要等位基因频率(MAF)等6项遗传多样性指标;GCTA软件进行主成分分析及基因组亲缘关系G矩阵构建;Plink软件构建IBS遗传距离矩阵,R语言绘制热图;PHYLP构建系统发育树;detect RUNS工具检测ROH。结果表明,99只子午岭黑山羊个体共检测到996042个SNPs。子午岭黑山羊群体的PIC、Pi、Ne及MAF值分别是0.161、0.193、1.295、0.130,且Ho(0.167)低于He(0.192),说明子午岭黑山羊群体遗传多样性较低。G矩阵和IBS遗传距离结果均表明子午岭黑山羊群体间大部分个体间亲缘关系较远。主成分分析结果揭示子午岭黑山羊群体内部不存在明显分化,系统发育树结果说明子午岭黑山羊群体公羊可大致分为6个家系,所有家系公羊数量较少。子午岭黑山羊群体的近交系数FROH为0.0496,说明子午岭黑山羊群体内部近交程度相对较低。综上所述,子午岭黑山羊群体遗传多样性较低,大部分个体间亲缘关系较远,群体内近交程度较低,后期应注意后代的选育,避免血统流失。
