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5个罗氏沼虾群体微卫星遗传多样性分析
被引量：
2
1
作者
慎佩晶
张宇飞
+3 位作者
李喜莲
徐洋
程海华
陈雪峰
《浙江农业科学》
2020年第11期2377-2381,共5页
选用9对微卫星引物,利用毛细管电泳荧光检测技术对收集和引进的罗氏沼虾以色列群体、缅甸群体、孟加拉群体、核心群体和泰国群体共计127个个体的遗传多样性进行分析,进一步明确了4个地方群体与核心群体之间的遗传差异和亲缘关系,可为优...
选用9对微卫星引物,利用毛细管电泳荧光检测技术对收集和引进的罗氏沼虾以色列群体、缅甸群体、孟加拉群体、核心群体和泰国群体共计127个个体的遗传多样性进行分析,进一步明确了4个地方群体与核心群体之间的遗传差异和亲缘关系,可为优良种质的创制和新品种选育提供参考。研究表明,9对引物在127个样品DNA中共扩增出70个等位位点,平均每对引物为7.7778个。5个群体遗传相似系数为0.3674~0.7965,平均遗传相似系数为0.5541;其中孟加拉群体和核心亲缘关系最近(相似系数为0.7965),孟加拉群体和以色列亲缘关系最远(相似系数为0.3674)。研究结果表明,这5个地理种群总体遗传多样性较高,各群体之间的亲缘关系为后续杂交育种提供理论依据。
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关键词
罗氏沼虾
微卫星标记
遗传多样性
遗传结构
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职称材料
基于RNA-seq技术的罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同组织转录组比较分析
被引量：
1
2
作者
李喜莲
顾志敏
+5 位作者
慎佩晶
徐洋
张宇飞
高强
程海华
陈雪峰
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期231-241,共11页
罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是我国重要的淡水虾养殖品种,为探讨罗氏沼虾不同组织基因表达差异,本研究使用Illumina Hiseq平台分析了罗氏沼虾的7个组织(眼柄、肝脏、卵巢、鳃、心脏、肌肉、精巢)转录组,质控后获得高质量的clea...
罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是我国重要的淡水虾养殖品种,为探讨罗氏沼虾不同组织基因表达差异,本研究使用Illumina Hiseq平台分析了罗氏沼虾的7个组织(眼柄、肝脏、卵巢、鳃、心脏、肌肉、精巢)转录组,质控后获得高质量的clean reads 36325476、56796932、36328098、51370140、45010606、43240160、42404294条,共计46.2 Gb的clean reads数据。测序结果经denovo组装共获得95220个Unigenes,每个Unigenes的平均长度为1064.9bp。经过生物信息学方法与五个数据库(NR,GO,COG,KEGG,SWSS-PRO)比对,共注释到20368个Unigenes。其中GO功能注释将Unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3个大类50个分支;在与COG数据库比对中,共有15798条比对到了同源序列,且一共被分为25类;KEGG代谢通路包括6大类33个小类,可将Unigenes映射到330条代谢通路中。分子标记筛选后获得37751个潜在SSR位点,共发现3228575个SNP位点。本研究通过对罗氏沼虾7个不同组织进行转录组测序,数据组装及功能注释,为进一步深入挖掘和开发利用罗氏沼虾功能基因提供参考。
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关键词
罗氏沼虾
转录组
RNA-seq技术
不同组织
功能基因
比较分析
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职称材料
基于图像识别的5个不同产地克氏原螯虾(Procambarus clarkii)形态差异分析
被引量：
8
3
作者
田灿
李飞
+8 位作者
苏胜彦
唐永凯
刘波
俞菊华
于凡
李建林
李红霞
宋长友
王美垚
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期1483-1492,共10页
为了解江苏、江西、湖北、上海、河南5个地区克氏原螯虾(Procambarus clarkii)的形态差异和获取快速、有效的形态鉴别方法,本研究采用传统形态测量法和地标点法来分析各产地形态差异。结果显示:(1)克氏原螯虾雌雄群体相对扭曲主成分分析...
为了解江苏、江西、湖北、上海、河南5个地区克氏原螯虾(Procambarus clarkii)的形态差异和获取快速、有效的形态鉴别方法,本研究采用传统形态测量法和地标点法来分析各产地形态差异。结果显示:(1)克氏原螯虾雌雄群体相对扭曲主成分分析,前三个主成分累计贡献率分别为79.96%、67.21%,传统形态测量法前三个主成分累计贡献率分别为76.77%、82.70%,两种方法均表明其形态差异主要体现在头胸甲及腹部部位;(2)聚类分析将克氏原螯虾5群体聚为两支,上海、河南、江西、湖北群体聚为一支,江苏群体单独聚为一支。(3)地标点法雌雄群体综合判别准确率分别为100%、94%,传统形态测量法综合判别准确率均为56%。以上研究结果表明不同产地间克氏原螯虾具有一定的形态差异,且地标点法区分不同产地克氏原螯虾群体差异性效果显著,这将有利于克氏原螯虾生产和选育过程中群体的鉴别及外形特征的快速获取。
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关键词
克氏原螯虾
地标点法
传统形态测量法
形态差异性
产地
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职称材料
题名
5个罗氏沼虾群体微卫星遗传多样性分析
被引量：
2
1
作者
慎佩晶
张宇飞
李喜莲
徐洋
程海华
陈雪峰
机构
农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室浙江省淡水水产遗传育种重点实验室浙江省淡水水产研究所
出处
《浙江农业科学》
2020年第11期2377-2381,共5页
基金
浙江省农业(水产)新品种选育重大科技专项(2016C02055-2)
现代农业产业技术体系专项资金资助(CARS-48)。
文摘
选用9对微卫星引物,利用毛细管电泳荧光检测技术对收集和引进的罗氏沼虾以色列群体、缅甸群体、孟加拉群体、核心群体和泰国群体共计127个个体的遗传多样性进行分析,进一步明确了4个地方群体与核心群体之间的遗传差异和亲缘关系,可为优良种质的创制和新品种选育提供参考。研究表明,9对引物在127个样品DNA中共扩增出70个等位位点,平均每对引物为7.7778个。5个群体遗传相似系数为0.3674~0.7965,平均遗传相似系数为0.5541;其中孟加拉群体和核心亲缘关系最近(相似系数为0.7965),孟加拉群体和以色列亲缘关系最远(相似系数为0.3674)。研究结果表明,这5个地理种群总体遗传多样性较高,各群体之间的亲缘关系为后续杂交育种提供理论依据。
关键词
罗氏沼虾
微卫星标记
遗传多样性
遗传结构
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
基于RNA-seq技术的罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同组织转录组比较分析
被引量：
1
2
作者
李喜莲
顾志敏
慎佩晶
徐洋
张宇飞
高强
程海华
陈雪峰
机构
农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室浙江省淡水水产遗传育种重点实验室浙江省淡水水产研究所
出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期231-241,共11页
基金
国家重点研发计划蓝色粮仓科技创新专项,2018YFD0901303号
浙江省农业(水产)新品种选育重大科技专项,2016C02055-2号
现代农业产业技术体系专项资金资助,CARS-48号。
文摘
罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是我国重要的淡水虾养殖品种,为探讨罗氏沼虾不同组织基因表达差异,本研究使用Illumina Hiseq平台分析了罗氏沼虾的7个组织(眼柄、肝脏、卵巢、鳃、心脏、肌肉、精巢)转录组,质控后获得高质量的clean reads 36325476、56796932、36328098、51370140、45010606、43240160、42404294条,共计46.2 Gb的clean reads数据。测序结果经denovo组装共获得95220个Unigenes,每个Unigenes的平均长度为1064.9bp。经过生物信息学方法与五个数据库(NR,GO,COG,KEGG,SWSS-PRO)比对,共注释到20368个Unigenes。其中GO功能注释将Unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3个大类50个分支;在与COG数据库比对中,共有15798条比对到了同源序列,且一共被分为25类;KEGG代谢通路包括6大类33个小类,可将Unigenes映射到330条代谢通路中。分子标记筛选后获得37751个潜在SSR位点,共发现3228575个SNP位点。本研究通过对罗氏沼虾7个不同组织进行转录组测序,数据组装及功能注释,为进一步深入挖掘和开发利用罗氏沼虾功能基因提供参考。
关键词
罗氏沼虾
转录组
RNA-seq技术
不同组织
功能基因
比较分析
Keywords
Macrobrachium rosenbergii
transcriptome
RNA-seq
different tissues
functional genes
comparative analysis
分类号
Q523.8 [生物学—生物化学]
Q789 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
基于图像识别的5个不同产地克氏原螯虾(Procambarus clarkii)形态差异分析
被引量：
8
3
作者
田灿
李飞
苏胜彦
唐永凯
刘波
俞菊华
于凡
李建林
李红霞
宋长友
王美垚
机构
上海海洋大学
水产
科学国家级
实验
教学示范中心
中国
水产
科学
研究
院
淡水
渔业
研究
中心
农业
农村部
淡水
渔业
与种质资源利用
重点
实验室
农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室浙江省淡水水产遗传育种重点实验室浙江省淡水水产研究所
出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期1483-1492,共10页
基金
农业部淡水渔业健康养殖重点实验室开放课题,ZJK201915号
现代农业产业技术体系专项,CARS-48号
江苏省农业科技自主创新资金项目资助,CX(17)2007-01号。
文摘
为了解江苏、江西、湖北、上海、河南5个地区克氏原螯虾(Procambarus clarkii)的形态差异和获取快速、有效的形态鉴别方法,本研究采用传统形态测量法和地标点法来分析各产地形态差异。结果显示:(1)克氏原螯虾雌雄群体相对扭曲主成分分析,前三个主成分累计贡献率分别为79.96%、67.21%,传统形态测量法前三个主成分累计贡献率分别为76.77%、82.70%,两种方法均表明其形态差异主要体现在头胸甲及腹部部位;(2)聚类分析将克氏原螯虾5群体聚为两支,上海、河南、江西、湖北群体聚为一支,江苏群体单独聚为一支。(3)地标点法雌雄群体综合判别准确率分别为100%、94%,传统形态测量法综合判别准确率均为56%。以上研究结果表明不同产地间克氏原螯虾具有一定的形态差异,且地标点法区分不同产地克氏原螯虾群体差异性效果显著,这将有利于克氏原螯虾生产和选育过程中群体的鉴别及外形特征的快速获取。
关键词
克氏原螯虾
地标点法
传统形态测量法
形态差异性
产地
Keywords
Procambarus clarkii
landmark method
traditional morphometry
morphological difference
geographical origin
分类号
Q954 [生物学—动物学]
S966.1 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
5个罗氏沼虾群体微卫星遗传多样性分析
慎佩晶
张宇飞
李喜莲
徐洋
程海华
陈雪峰
《浙江农业科学》
2020
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于RNA-seq技术的罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同组织转录组比较分析
李喜莲
顾志敏
慎佩晶
徐洋
张宇飞
高强
程海华
陈雪峰
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
基于图像识别的5个不同产地克氏原螯虾(Procambarus clarkii)形态差异分析
田灿
李飞
苏胜彦
唐永凯
刘波
俞菊华
于凡
李建林
李红霞
宋长友
王美垚
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2020
8
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