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宏基因组分箱技术及其在猪肠道微生物组研究中的应用
1
作者
赵瑾
贺兆源
+3 位作者
蒙淑玲
罗广文
陈海兰
贾耿介
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第10期4717-4724,共8页
随着宏基因组学的快速发展,分箱(binning)技术逐渐成为量化微生物群落的重要工具。该技术基于同一微生物序列的共性特征,通过聚类算法将高通量测序数据中不同微生物的基因组分离,从而用于单菌基因组组装及物种关联分析等。由于分箱技术...
随着宏基因组学的快速发展,分箱(binning)技术逐渐成为量化微生物群落的重要工具。该技术基于同一微生物序列的共性特征,通过聚类算法将高通量测序数据中不同微生物的基因组分离,从而用于单菌基因组组装及物种关联分析等。由于分箱技术能够提供菌株水平的高分辨率物种注释,已逐步取代了传统的无组装(assemble-free)宏基因组分析方法。目前分箱技术逐渐被应用于畜牧兽医领域,尤其是在研究动物肠道微生物群落的构成及其变化方面。由于猪是最重要的畜牧经济动物之一,肠道微生物对其营养健康、防病及免疫能力等方面有显著的影响,笔者介绍了宏基因组分箱技术在猪肠道微生物组中应用的研究进展,包括推动猪肠道微生物组参考目录构建和捕捉品种、生长阶段、饮食和环境因素引起的猪肠道微生物群落变化方面的贡献,即提升了对猪肠道微生物结构和功能的认知,也为未来畜牧行业的微生物群落研究提供了技术参考和理论支持。
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关键词
分箱技术
宏基因组
猪
肠道微生物
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职称材料
农业病虫害信息检索数据集
2
作者
王甄
覃锋
+5 位作者
乔曦
黄聪
刘博
万方浩
王陈骄子
黄亦其
《农业大数据学报》
2025年第3期379-392,共14页
随着自然语言处理和信息检索技术的快速发展,知识的有效提取与应用在农业领域的重要性日益凸显。信息检索的核心在于根据用户的查询需求,从知识库中快速、精准地定位相关信息。然而,由于中国农业领域缺乏高质量的文本数据集,限制了农业...
随着自然语言处理和信息检索技术的快速发展,知识的有效提取与应用在农业领域的重要性日益凸显。信息检索的核心在于根据用户的查询需求,从知识库中快速、精准地定位相关信息。然而,由于中国农业领域缺乏高质量的文本数据集,限制了农业病虫害信息检索技术的进一步发展。此外,传统搜索引擎在农业领域的信息检索中表现出效率低下和准确性不足的问题,用户往往需要耗费大量时间和精力对海量、无序的数据信息进行二次筛选和整理,以获取有价值的农业知识。针对上述问题,本文通过整理实验室多年积累的关于动物、植物、病害以及入侵生物的文本数据,并结合广泛的文献调研数据,经过自动化或半自动化数据清洗、去噪等过程,将非结构化的数据重新组合成结构化的数据,最终以excel的方式进行存储。所构建的农业信息检索数据集包含国内农业病虫害、外来入侵物种、检疫性物种三大类。其中农业病虫害包含83种农作物相关的1254种病害和440种虫害;外来入侵物种包含70种外来入侵动物和130种外来入侵植物;检疫性物种包含99种昆虫、9种软体动物、19种真菌、25种原核生物、18种线虫、37种病毒及类病毒以及42种杂草。共计2143种病虫害。该数据集覆盖品类较为广泛,能够为农业信息检索、防疫检疫、农业领域数据库构建等人机交互友好的智能应用研发提供基础数据支撑,同时为从事有害生物相关工作的科研机构和职能部门提供外来相关数据查询。
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关键词
农业数据
网络挖掘
信息检索
数据集
农业病害
农业害虫
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职称材料
水稻中胚轴研究进展
3
作者
任宁宁
孙永建
+4 位作者
申聪聪
朱双兵
李慧菊
张志远
陈凯
《中国水稻科学》
北大核心
2025年第1期11-23,共13页
水稻作为全球最重要的粮食作物之一,其生长发育特性对农业生产具有重要影响。水稻的中胚轴(Mesocotyl)是连接种子与幼苗的关键部分,在种子破土出苗过程中发挥着重要作用,其伸长性状在水稻直播栽培中尤为重要。中胚轴的伸长性能直接影响...
水稻作为全球最重要的粮食作物之一,其生长发育特性对农业生产具有重要影响。水稻的中胚轴(Mesocotyl)是连接种子与幼苗的关键部分,在种子破土出苗过程中发挥着重要作用,其伸长性状在水稻直播栽培中尤为重要。中胚轴的伸长性能直接影响水稻的出苗率、出苗速度及幼苗的抗逆性,是水稻育种和栽培管理中的关键环节。随着现代农业技术的发展,特别是水稻直播技术的兴起,对水稻中胚轴的研究显得尤为迫切和重要。本文从影响中胚轴发育的细胞形态、环境因素、生理因素、中胚轴相关QTL位点和基因挖掘研究进展以及在育种方面的应用进行了阐述,以期为水稻中胚轴的利用和未来育种方向提供理论依据和新思路。
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关键词
水稻
中胚轴
基因挖掘
候选基因预测
育种
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职称材料
题名
宏基因组分箱技术及其在猪肠道微生物组研究中的应用
1
作者
赵瑾
贺兆源
蒙淑玲
罗广文
陈海兰
贾耿介
机构
广西大学动物科学技术学院
农业农村部基因组数据分析重点实验室
出处
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第10期4717-4724,共8页
基金
国家自然科学基金(32201095)。
文摘
随着宏基因组学的快速发展,分箱(binning)技术逐渐成为量化微生物群落的重要工具。该技术基于同一微生物序列的共性特征,通过聚类算法将高通量测序数据中不同微生物的基因组分离,从而用于单菌基因组组装及物种关联分析等。由于分箱技术能够提供菌株水平的高分辨率物种注释,已逐步取代了传统的无组装(assemble-free)宏基因组分析方法。目前分箱技术逐渐被应用于畜牧兽医领域,尤其是在研究动物肠道微生物群落的构成及其变化方面。由于猪是最重要的畜牧经济动物之一,肠道微生物对其营养健康、防病及免疫能力等方面有显著的影响,笔者介绍了宏基因组分箱技术在猪肠道微生物组中应用的研究进展,包括推动猪肠道微生物组参考目录构建和捕捉品种、生长阶段、饮食和环境因素引起的猪肠道微生物群落变化方面的贡献,即提升了对猪肠道微生物结构和功能的认知,也为未来畜牧行业的微生物群落研究提供了技术参考和理论支持。
关键词
分箱技术
宏基因组
猪
肠道微生物
Keywords
binning
metagenomic
pig
gut microbiota
分类号
S828.9 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
农业病虫害信息检索数据集
2
作者
王甄
覃锋
乔曦
黄聪
刘博
万方浩
王陈骄子
黄亦其
机构
广西大学机械工程学院
岭南现代
农业
科学与技术广东省
实验室
深圳分中心
出处
《农业大数据学报》
2025年第3期379-392,共14页
基金
国家重点研发计划(项目编号:2021YFD1400100、2021YFD1400102、2021YFD1400101)
中国农业科学院科技创新工程(CAASZDRW202505)。
文摘
随着自然语言处理和信息检索技术的快速发展,知识的有效提取与应用在农业领域的重要性日益凸显。信息检索的核心在于根据用户的查询需求,从知识库中快速、精准地定位相关信息。然而,由于中国农业领域缺乏高质量的文本数据集,限制了农业病虫害信息检索技术的进一步发展。此外,传统搜索引擎在农业领域的信息检索中表现出效率低下和准确性不足的问题,用户往往需要耗费大量时间和精力对海量、无序的数据信息进行二次筛选和整理,以获取有价值的农业知识。针对上述问题,本文通过整理实验室多年积累的关于动物、植物、病害以及入侵生物的文本数据,并结合广泛的文献调研数据,经过自动化或半自动化数据清洗、去噪等过程,将非结构化的数据重新组合成结构化的数据,最终以excel的方式进行存储。所构建的农业信息检索数据集包含国内农业病虫害、外来入侵物种、检疫性物种三大类。其中农业病虫害包含83种农作物相关的1254种病害和440种虫害;外来入侵物种包含70种外来入侵动物和130种外来入侵植物;检疫性物种包含99种昆虫、9种软体动物、19种真菌、25种原核生物、18种线虫、37种病毒及类病毒以及42种杂草。共计2143种病虫害。该数据集覆盖品类较为广泛,能够为农业信息检索、防疫检疫、农业领域数据库构建等人机交互友好的智能应用研发提供基础数据支撑,同时为从事有害生物相关工作的科研机构和职能部门提供外来相关数据查询。
关键词
农业数据
网络挖掘
信息检索
数据集
农业病害
农业害虫
Keywords
agricultural data
web mining
information retrieval
datasets
agricultural disease
agricultural pest
分类号
S43 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
TP391.3 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
水稻中胚轴研究进展
3
作者
任宁宁
孙永建
申聪聪
朱双兵
李慧菊
张志远
陈凯
机构
岭南现代
农业
科学与技术广东省
实验室
深圳分中心/
农业农村部基因组数据分析重点实验室
中国
农业
科学院(深圳)
农业
基因组
研究所
襄阳市
农业
科学院
出处
《中国水稻科学》
北大核心
2025年第1期11-23,共13页
基金
深圳市可持续发展专项(KCXFZ20211020164207012)。
文摘
水稻作为全球最重要的粮食作物之一,其生长发育特性对农业生产具有重要影响。水稻的中胚轴(Mesocotyl)是连接种子与幼苗的关键部分,在种子破土出苗过程中发挥着重要作用,其伸长性状在水稻直播栽培中尤为重要。中胚轴的伸长性能直接影响水稻的出苗率、出苗速度及幼苗的抗逆性,是水稻育种和栽培管理中的关键环节。随着现代农业技术的发展,特别是水稻直播技术的兴起,对水稻中胚轴的研究显得尤为迫切和重要。本文从影响中胚轴发育的细胞形态、环境因素、生理因素、中胚轴相关QTL位点和基因挖掘研究进展以及在育种方面的应用进行了阐述,以期为水稻中胚轴的利用和未来育种方向提供理论依据和新思路。
关键词
水稻
中胚轴
基因挖掘
候选基因预测
育种
Keywords
rice
mesocotyl
gene mining
candidate gene prediction
breeding
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
宏基因组分箱技术及其在猪肠道微生物组研究中的应用
赵瑾
贺兆源
蒙淑玲
罗广文
陈海兰
贾耿介
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025
0
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下载PDF
职称材料
2
农业病虫害信息检索数据集
王甄
覃锋
乔曦
黄聪
刘博
万方浩
王陈骄子
黄亦其
《农业大数据学报》
2025
0
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职称材料
3
水稻中胚轴研究进展
任宁宁
孙永建
申聪聪
朱双兵
李慧菊
张志远
陈凯
《中国水稻科学》
北大核心
2025
0
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