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鹅星状病毒通用型TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用
1
作者 陈立功 穆英丽 +5 位作者 张诚 潘保革 范乐乐 魏忠华 王学静 刘聚祥 《中国家禽》 北大核心 2025年第2期53-59,共7页
为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础... 为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础上,分别建立扩增GAstV 1和GAstV 2的标准曲线,进一步验证该方法的特异性、敏感性和重复性,建立的方法用于临床样品的检测,并与文献报道的常规RT-PCR方法进行比较。结果显示:优化后的反应体系中最优上、下游引物浓度均为0.40(或0.50)μmol/L,探针浓度均为0.50μmol/L,扩增线性范围分别为3.26×10^(3)~3.26×10^(8)拷贝/μL和7.09×10^(3)~7.09×10^(8)拷贝/μL,相关系数均为0.998;该方法可特异性检出两种GAstV,但对新城疫病毒、H9亚型禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、新型鸭呼肠孤病毒、鹅细小病毒和血清4型禽腺病毒6种鹅病相关病毒的核酸均无扩增信号;其检测限分别为3.26×10^(2)拷贝/μL和7.09×10^(1)拷贝/μL;组内变异系数和组间变异系数均低于3%。建立的实时荧光定量RT-PCR方法对临床样品的检测结果显示,GAstV阳性率为90.57%(96/106);而文献报道的常规RT-PCR方法对GAstV 1和GAstV 2的混合阳性率为62.26%。研究表明,建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法为同时检测GAstV 1和GAstV 2提供了快速、敏感、特异且能满足临床样本需求的检测方法。 展开更多
关键词 鹅星状病毒 荧光定量RT-PCR TAQMAN探针
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2019—2020年河北省鸡细小病毒分子流行病学调查及NS基因序列分析 被引量：1
2
作者 陈立保 陈立功 +6 位作者 丁芳 高磊 徐凤苍 段淇凡 王学静 刘聚祥 李玉荣 《中国家禽》 北大核心 2021年第11期28-33,共6页
为了解河北省鸡细小病毒(Chicken parvovirus,ChPV)在小肠有出血斑病变的鸡群中的流行及遗传变异情况,研究针对ChPV的非结构(NS)蛋白基因设计特异性检测引物,采用PCR方法对送检的151份样品进行检测,并对部分阳性病料中ChPV NS基因进行... 为了解河北省鸡细小病毒(Chicken parvovirus,ChPV)在小肠有出血斑病变的鸡群中的流行及遗传变异情况,研究针对ChPV的非结构(NS)蛋白基因设计特异性检测引物,采用PCR方法对送检的151份样品进行检测,并对部分阳性病料中ChPV NS基因进行测序和遗传进化分析。流行病学调查结果显示:ChPV阳性率为48.3%;肉鸡和蛋鸡的阳性率分别为64.3%和44.7%,且幼龄鸡群的阳性率较高;4~5月份和7~8月份样品中ChPV的阳性率较高。序列分析显示测序病料中ChPV/CK/CH/HBSJZ/61株、ChPV/CK/CH/HBBD/62株和ChPV/CK/CH/HBSJZ/68株均与参考毒株ChPV/Poland/G090/2011核苷酸序列同源性最高(98.8%~99.1%),属于火鸡细小病毒(Turkey parvovirus,TuPV)亚群;ChPV/CK/CH/HBZJK/17株与参考毒株GX-CH-PV-17和GX-CH-PV-14的核苷酸序列同源性最高(均为99.7%),属于ChPV亚群。结果表明:河北省有出血斑病变的鸡小肠中ChPV检出率较高,测序样品中ChPV分别属于ChPV亚群和TuPV亚群。 展开更多
关键词 鸡 小肠 细小病毒 流行病学 序列分析
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鸡场铜绿假单胞菌外毒素A基因遗传变异分析
3
作者 穆英丽 张芳 +4 位作者 解佳 李玉荣 刘聚祥 王学静 陈立功 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期90-96,共7页
为探究铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)毒力因子变异情况,对鸡场分离、鉴定的7株PA分离菌外毒素A(Exotoxin A,ETA)基因进行了遗传变异分析。结果表明,鸡场分离鉴定的7株PA分离菌成熟的ETA结构蛋白基因长1824和1839 bp,编码608... 为探究铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)毒力因子变异情况,对鸡场分离、鉴定的7株PA分离菌外毒素A(Exotoxin A,ETA)基因进行了遗传变异分析。结果表明,鸡场分离鉴定的7株PA分离菌成熟的ETA结构蛋白基因长1824和1839 bp,编码608和613个氨基酸;7株分离菌ETA基因与27株PA参考菌株之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为98.9%~100.0%,98.5%~100.0%。7株分离菌成熟的ETA结构蛋白基因共有多处碱基位点发生了变异,其中包括PA-47株第106~110位15个碱基的连续缺失和10处错义突变。7株PA分离菌ETA蛋白共有6种不同的氨基酸变异位点模式;第426位(H)、第440位(H)、第470位(Y)、第481位(Y)、第553位(E)和第558位(W)氨基酸残基均未发生突变,均为有毒形式。本研究结果可为PA致病机理研究提供参考依据。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 鸡场 外毒素A 序列分析
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