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褪黑激素对内蒙古绒山羊皮肤中let-7家族及其靶基因的影响 被引量:6
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作者 王建蒙 付绍印 +5 位作者 丽春 白雪 刘斌 季小阳 刘永斌 张文广 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1367-1379,共13页
旨在探索褪黑激素(melatonin, MT)对let-7家族成员及其靶基因在内蒙古绒山羊皮肤周期性表达的影响。本研究选取内蒙古绒山羊罕山型个体6只,分为埋植组(皮下埋植MT,n=3)和对照组(不埋植MT,n=3),连续12个月采集绒山羊个体皮肤组织为试验材... 旨在探索褪黑激素(melatonin, MT)对let-7家族成员及其靶基因在内蒙古绒山羊皮肤周期性表达的影响。本研究选取内蒙古绒山羊罕山型个体6只,分为埋植组(皮下埋植MT,n=3)和对照组(不埋植MT,n=3),连续12个月采集绒山羊个体皮肤组织为试验材料,利用qRT-PCR技术检测皮肤组织中11个let-7家族成员的表达变化,结合RNA-Seq技术分析let-7家族靶基因的表达变化。结果表明:1)在整个皮肤毛囊周期内,MT上调let-7b、let-7e、let-7a-3p的表达,下调let-7f、let-7g、let-7c、let-7a-5p、let-7d、miR-98的表达。2)在4月份,MT上调"let-7g、let-7i、miR-98"的表达,下调PTGS2、PLCG1等靶基因的表达;下调"let-7a-5p、let-7b、let-7c"的表达,上调TGIF2、RBL1等靶基因的表达。3)在6月份,MT下调"let-7g、let-7i、miR-98"的表达,上调PTGS2、PLCG1、SRC等靶基因的表达;上调"let-7a-5p、let-7b、let-7c"的表达,下调GDF5、TGIF2、RBL1等靶基因的表达。4)let-7家族成员的靶基因主要参与VEGF、TGF-β、Oxytocin和NF-kappa B信号通路,在细胞过程、激素调节和转录因子调控方面发挥重要作用。综上表明,MT可能通过改变let-7家族重要成员的表达水平,影响相应靶基因的表达,进而在皮肤毛囊的周期性生长过程中发挥重要作用,研究结果为进一步揭示MT介导miRNAs影响羊绒生长的分子机理提供了理论依据。 展开更多
关键词 内蒙古绒山羊 皮肤 褪黑激素 let-7家族 靶基因
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基因组选择在肉牛中的研究进展 被引量:2
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作者 贾宏霞 刘在霞 +6 位作者 周乐 鲍艳春 霍晨曦 左鹏鹏 谷明娟 娜日苏 张文广 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期3757-3768,共12页
基因组选择的发展,在肉牛育种中留下了深刻的印记。中国肉牛品种多、群体规模小导致遗传育种工作的进度迟缓。多数研究表明参考群体大的纯种肉牛群体在多品种评估中的好处甚微,而对参考群体小的品种可以从多品种评估中受益,并且不会对... 基因组选择的发展,在肉牛育种中留下了深刻的印记。中国肉牛品种多、群体规模小导致遗传育种工作的进度迟缓。多数研究表明参考群体大的纯种肉牛群体在多品种评估中的好处甚微,而对参考群体小的品种可以从多品种评估中受益,并且不会对纯种性能的评估产生不良影响。在肉牛遗传育种研究中,基因组信息的使用为改善肉牛的遗传改良提供了机会,以确定杂交品种等多品种参考群体带给肉牛遗传育种的利用价值。多品种基因组评估作为提高群体遗传增益的有利工具,能够通过使用多品种模型对肉牛群体进行基因组评估。本综述从肉牛基因组选择角度进行阐述,重点综述基因组选择在多品种肉牛中的使用情况,探讨了对肉牛使用基因组选择的影响机制,以期为多品种肉牛基因组选择的研究提供新思路,探索基因组选择的应用潜力。 展开更多
关键词 肉牛 多品种基因组选择 CiteSpace软件 可视化分析
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绵羊睾丸差异基因及蛋白质互作网络关系研究 被引量:2
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作者 刘在霞 段仕 +5 位作者 孙燕勇 吕琦 付绍印 何小龙 张文广 刘永斌 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第1期1-11,共11页
【目的】整合分析多个绵羊睾丸转录组数据集,揭示绵羊睾丸差异基因及蛋白质互作网络关系,以期探索影响绵羊精子生成的关键基因,为绵羊的繁殖提供理论参考。【方法】对74个绵羊睾丸转录组进行生物信息学分析,通过limma软件包进行差异基... 【目的】整合分析多个绵羊睾丸转录组数据集,揭示绵羊睾丸差异基因及蛋白质互作网络关系,以期探索影响绵羊精子生成的关键基因,为绵羊的繁殖提供理论参考。【方法】对74个绵羊睾丸转录组进行生物信息学分析,通过limma软件包进行差异基因分析,使用WGCNA构建加权绵羊睾丸差异基因共表达网络,并通过MCODE计算网络中重要基因;利用Metascape进行功能富集分析,利用Cytoscape插件AutoAnnotate识别基因集簇。【结果】最终筛选到11884个基因,构建237366对蛋白质互作关系;对2058个差异基因构建蛋白质互作网络,产生46169对蛋白质互作关系,确定了4个得分最高的基因集合。对2058个差异基因构建加权共表达网络,共获得7个模块,其中Blue模块内有929个基因,功能富集分析发现显著富集于雄性配子产生、繁殖、精子发生、鞭毛运动和AMPK信号通路等,且富集结果高度连接并聚成一个完整的网络,最终确定了25个参与精子发生和精子细胞发育过程的关键基因。【结论】本研究揭示了绵羊睾丸表达基因的蛋白质互作网络和多维差异基因的蛋白质互作网络,最终找到与睾丸精子发生相关且有互作关系的25个基因,为绵羊繁殖研究提供理论依据。 展开更多
关键词 绵羊 睾丸差异基因 蛋白质互作网络 关键基因集 精子发生
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基于高光谱成像技术的冷鲜羊肉pH值无损检测
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作者 李孟辕 张文广 +2 位作者 姜新华 徐子洋 石彩霞 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2024年第11期128-134,共7页
[目的]快速无损检测冷鲜羊肉pH值。[方法]利用可见/近红外光谱(400~1000 nm)成像技术对冷鲜羊肉外表的散射图像进行采集,并提取样本感兴趣区域的反射光谱曲线以获取原始光谱数据。分别采用平滑滤波(SG)、多元散射校正(MSC)、标准正态变... [目的]快速无损检测冷鲜羊肉pH值。[方法]利用可见/近红外光谱(400~1000 nm)成像技术对冷鲜羊肉外表的散射图像进行采集,并提取样本感兴趣区域的反射光谱曲线以获取原始光谱数据。分别采用平滑滤波(SG)、多元散射校正(MSC)、标准正态变量转换(SNV)和一阶导数(FD)4种单一方法以及MSC-SG、SNV-SG、FD-SG 3种组合方法对原始光谱数据进行预处理。用偏最小二乘回归(PLSR)以及随机森林(RF)、支持向量回归(SVR)、极端梯度增强回归(XGB)分别构建了基于全波长下的冷鲜羊肉pH值的预测模型。[结果]FD-SG为最优预处理方法,XGB模型为最优模型,其校正集相关系数和测试集相关系数分别为0.9301,0.8300,校正均方根误差和预测均方根误差分别为0.0520,0.0792。利用XGB模型计算了冷鲜羊肉样本中每个像素点下的pH值,并建立伪彩色图像来更直观地展示冷鲜羊肉样本pH值的空间分布情况。[结论]可见/近红外高光谱成像技术可以实现对冷鲜羊肉pH值的无损检测。 展开更多
关键词 高光谱成像技术 冷鲜羊肉 PH值 无损检测 极端梯度增强
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