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基于刚毛柽柳转录组测序的EST-SSR标记识别与开发
被引量：
1
1
作者
李佳彬
黄蕾
+4 位作者
张雅楠
贾媛媛
田芸芸
张雷
党振华
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期630-639,共10页
表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础。通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性EST-SSR位点。其中,三核苷酸重复数目最多(54.42%),其次是二核...
表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础。通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性EST-SSR位点。其中,三核苷酸重复数目最多(54.42%),其次是二核苷酸重复(37.66%)。分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′UTRs中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率最高;含多态性SSRs的基因序列主要被注释到“调节转录”、“转录因子活性”、“细胞核”等GO条目,以及“代谢途径”和“植物激素信号转导”等KEGG代谢通路;通过PCR扩增、测序及毛细管电泳验证,从15个随机挑选的SSR位点中开发出13个多态性SSR标记。本研究为开展刚毛柽柳的种群遗传学和SSR变异相关的适应进化机理研究奠定了基础。
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关键词
刚毛柽柳
高通量测序
EST-SSR
标记开发
功能注释
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题名
基于刚毛柽柳转录组测序的EST-SSR标记识别与开发
被引量：
1
1
作者
李佳彬
黄蕾
张雅楠
贾媛媛
田芸芸
张雷
党振华
机构
内蒙古大学生态与环境学院/蒙古高原生态与资源利用教育部重点实验室/内蒙古草地生态学重点实验室
内蒙古大学
生命科学
学院/
牧草与特色作物生物技术
教育部
重点
实验室
内蒙古
自治区林业科学研究院
内蒙古
大青山森林
生态
系统定位观测研究站
出处
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期630-639,共10页
基金
国家林业和草原局林业科技发展项目(KJZXSA2019047)
内蒙古自治区自然科学基金(2020MS03005)。
文摘
表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础。通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性EST-SSR位点。其中,三核苷酸重复数目最多(54.42%),其次是二核苷酸重复(37.66%)。分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′UTRs中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率最高;含多态性SSRs的基因序列主要被注释到“调节转录”、“转录因子活性”、“细胞核”等GO条目,以及“代谢途径”和“植物激素信号转导”等KEGG代谢通路;通过PCR扩增、测序及毛细管电泳验证,从15个随机挑选的SSR位点中开发出13个多态性SSR标记。本研究为开展刚毛柽柳的种群遗传学和SSR变异相关的适应进化机理研究奠定了基础。
关键词
刚毛柽柳
高通量测序
EST-SSR
标记开发
功能注释
Keywords
Tamarix hispida
high-throughput sequencing
EST-SSR
marker development
functional annotation
分类号
S793.5 [农业科学—林木遗传育种]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于刚毛柽柳转录组测序的EST-SSR标记识别与开发
李佳彬
黄蕾
张雅楠
贾媛媛
田芸芸
张雷
党振华
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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