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基于转录组测序分析自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织差异表达基因富集的生物学功能模块
被引量：
4
1
作者
杨惠
刘淑英
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第10期992-997,1057,共7页
为鉴定自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织与绵羊健康肺组织之间的差异表达基因(DEGs),本研究采用Illumina Hiseq 4000高通量RNA-seq测序技术对自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织及绵羊健康肺组织进行转录组测序和生物信息学分析。参考绵羊基因组...
为鉴定自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织与绵羊健康肺组织之间的差异表达基因(DEGs),本研究采用Illumina Hiseq 4000高通量RNA-seq测序技术对自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织及绵羊健康肺组织进行转录组测序和生物信息学分析。参考绵羊基因组(Ovisaries3.1.88)对测序结果进行拼接与质量评估,测序数据处理后获得DEGs,上调的DEGs和下调的DEGs分别利用GO数据库进行富集分析。结果显示:自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织与绵羊健康肺组织比较,DEGs共有366个,其中上调的DEGs 154个,下调的DEGs 212个。通过GO功能富集分析,表达上调的DEGs主要富集于L-亮氨酸跨膜转运蛋白活性、铜还原酶活性、NADH脱氢酶活性、NAD+二磷酸酶活性、磷酸蛋白酶活性的负调控、Nem1-Spo7磷酸酶复合物等生物学功能;表达下调的DEGs主要富集于Ⅲ型转化生长因子β受体结合、DNA导向聚合酶活性、胃气化趋同延伸、面部发育等生物学功能。随机选取7个DEGs利用RT-qPCR方法验证,结果显示这7个DEGs的转录水平与上述结果一致,进一步表明转录组分析数据可信。本实验分析并验证了自然感染后期的绵羊肺腺瘤肿瘤组织的DEGs,为研究自然感染的绵羊肺腺瘤相关分子致瘤机制提供了数据支持。
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关键词
绵羊肺腺瘤
转录组
高通量RNA测序
DEGs
生物学功能模块
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题名
基于转录组测序分析自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织差异表达基因富集的生物学功能模块
被引量：
4
1
作者
杨惠
刘淑英
机构
内蒙古
农业大学
兽医学
院
农业部动物临床诊疗技术
重点
实验室
内蒙古基础兽医学重点实验室
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第10期992-997,1057,共7页
基金
国家自然科学基金项目(31360597、31760721)
内蒙古草原英才创新团队项目(20151031)
内蒙古应用研究项目(2019GG240)。
文摘
为鉴定自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织与绵羊健康肺组织之间的差异表达基因(DEGs),本研究采用Illumina Hiseq 4000高通量RNA-seq测序技术对自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织及绵羊健康肺组织进行转录组测序和生物信息学分析。参考绵羊基因组(Ovisaries3.1.88)对测序结果进行拼接与质量评估,测序数据处理后获得DEGs,上调的DEGs和下调的DEGs分别利用GO数据库进行富集分析。结果显示:自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织与绵羊健康肺组织比较,DEGs共有366个,其中上调的DEGs 154个,下调的DEGs 212个。通过GO功能富集分析,表达上调的DEGs主要富集于L-亮氨酸跨膜转运蛋白活性、铜还原酶活性、NADH脱氢酶活性、NAD+二磷酸酶活性、磷酸蛋白酶活性的负调控、Nem1-Spo7磷酸酶复合物等生物学功能;表达下调的DEGs主要富集于Ⅲ型转化生长因子β受体结合、DNA导向聚合酶活性、胃气化趋同延伸、面部发育等生物学功能。随机选取7个DEGs利用RT-qPCR方法验证,结果显示这7个DEGs的转录水平与上述结果一致,进一步表明转录组分析数据可信。本实验分析并验证了自然感染后期的绵羊肺腺瘤肿瘤组织的DEGs,为研究自然感染的绵羊肺腺瘤相关分子致瘤机制提供了数据支持。
关键词
绵羊肺腺瘤
转录组
高通量RNA测序
DEGs
生物学功能模块
Keywords
ovine pulmonary denocarcinoma
transcriptome
high-throughput RNA sequencing
differentially expressed genes
biological function module
分类号
S857.4 [农业科学—临床兽医学]
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作者
出处
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1
基于转录组测序分析自然感染的绵羊肺腺瘤肿瘤组织差异表达基因富集的生物学功能模块
杨惠
刘淑英
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
4
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