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差异基因表达谱分析颈动脉不稳定斑块相关基因及可能的信号通路 被引量：2
1
作者 奈文青 刘灏 +8 位作者 王媛媛 单兰兰 傅友 吴洪渊 丁燕 陈顺枝 刘正军 陈婕 戴萌 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期738-742,共5页
目的探讨颈动脉不稳定斑块发生的分子机制。方法从Array Express数据库下载基因表达谱数据E-MTAB-2055。该数据包含24例颈动脉不稳定斑块和24例稳定斑块组织,从中筛选差异基因,并通过富集分析获取与不稳定斑块有关的生物学过程和通路。... 目的探讨颈动脉不稳定斑块发生的分子机制。方法从Array Express数据库下载基因表达谱数据E-MTAB-2055。该数据包含24例颈动脉不稳定斑块和24例稳定斑块组织,从中筛选差异基因,并通过富集分析获取与不稳定斑块有关的生物学过程和通路。同时,通过构建差异表达基因的生物网络来寻找与该疾病高度相关的风险模块,并用荧光定量PCR法检测五对不稳定斑块和斑块旁标本,验证风险模块中部分基因的差异表达。结果不稳定斑块中发生显著性差异表达变化的基因共有439个,其中上调基因为232个,下调基因为207个。涉及到的生物学过程和通路大部分与炎症和免疫应答有关。生物网络和模块分析提示CXCR4、VCL和TYROBP可能在不稳定斑块发生发展过程中发挥着重要作用。荧光定量PCR结果显示CXCR4和TYROBP基因表达情况与芯片数据分析结果一致。结论本研究比较完整地揭示了不稳定斑块差异表达谱特征和所涉及的生物学过程和信号通路,其中TYROBP可能是不稳定斑块发生发展进程中新的致病基因。 展开更多
关键词 不稳定斑块 动脉粥样硬化 表达谱 差异表达基因 生物信息学
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