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狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺全基因组关联分析
被引量：
1
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作者
黄红艳
张力允
+8 位作者
黄智荣
伍仲平
张续勐
欧阳宏佳
陈俊鹏
林桢平
田允波
李秀金
黄运茂
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期3914-3924,共11页
旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多...
旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多样性指标,利用单标记回归混合模型开展SNPs与体重体尺性状的关联分析。本试验采用Bonferroni法校正,即全基因组水平阈值(0.05/总SNPs)和染色体水平阈值(0.05/染色体SNP数目),确定显著性SNPs位点,并对染色体水平显著性SNPs位点上、下游50 kb进行基因注释。经过质控,共计获得7577552个有效SNPs用于进一步分析。群体多样性分析显示,历史有效群体含量、最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度、期望杂合度和近交系数分别为234、0.25、0.34、0.26、0.34和0.22。共检测出6164个连续纯合片段,长度在1.0~2.0 Mb的纯合片段占比最多(74.4%)。体重体尺性状的全基因组关联分析发现38个染色体水平显著性SNPs,涉及90个基因。其中影响生长发育相关的基因有7个,即D 2HDH、THAP4、ESPNL、EPT1、TNPO3、MCF 2L、AIP 1。本研究利用二代基因组测序数据发现,狮头鹅群体存在一定程度近交现象,挖掘出与狮头鹅体重和体尺性状相关的7个候选基因,可为后续狮头鹅群体保种、功能基因研究和分子育种开展提供重要参考。
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关键词
狮头鹅
群体多样性
体重体尺性状
全基因组关联分析
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职称材料
题名
狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺全基因组关联分析
被引量：
1
1
作者
黄红艳
张力允
黄智荣
伍仲平
张续勐
欧阳宏佳
陈俊鹏
林桢平
田允波
李秀金
黄运茂
机构
仲恺农业工程学院动物科技学院/广东省水禽健康养殖科技创新平台
广东省
汕头市白沙禽畜原种研究所
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期3914-3924,共11页
基金
广东省地方特色物种狮头鹅育种联合攻关项目(2023-XDY-00-001)
广东省现代农业水禽产业技术体系创新团队(2022KJ137)。
文摘
旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多样性指标,利用单标记回归混合模型开展SNPs与体重体尺性状的关联分析。本试验采用Bonferroni法校正,即全基因组水平阈值(0.05/总SNPs)和染色体水平阈值(0.05/染色体SNP数目),确定显著性SNPs位点,并对染色体水平显著性SNPs位点上、下游50 kb进行基因注释。经过质控,共计获得7577552个有效SNPs用于进一步分析。群体多样性分析显示,历史有效群体含量、最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度、期望杂合度和近交系数分别为234、0.25、0.34、0.26、0.34和0.22。共检测出6164个连续纯合片段,长度在1.0~2.0 Mb的纯合片段占比最多(74.4%)。体重体尺性状的全基因组关联分析发现38个染色体水平显著性SNPs,涉及90个基因。其中影响生长发育相关的基因有7个,即D 2HDH、THAP4、ESPNL、EPT1、TNPO3、MCF 2L、AIP 1。本研究利用二代基因组测序数据发现,狮头鹅群体存在一定程度近交现象,挖掘出与狮头鹅体重和体尺性状相关的7个候选基因,可为后续狮头鹅群体保种、功能基因研究和分子育种开展提供重要参考。
关键词
狮头鹅
群体多样性
体重体尺性状
全基因组关联分析
Keywords
Lion-head goose
population genetic diversity
body weight and size traits
genome-wide association study
分类号
S835.2 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺全基因组关联分析
黄红艳
张力允
黄智荣
伍仲平
张续勐
欧阳宏佳
陈俊鹏
林桢平
田允波
李秀金
黄运茂
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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