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基于16S rRNA基因测序探究ApoE基因敲除兔肠道微生物特征
1
作者
黎桂玲
萨楚拉
+6 位作者
陈傍柱
刘月姝
刘科
谭巧燕
郑佳琳
朱叶萌
王刚
《广东农业科学》
2025年第7期72-83,共12页
【目的】探究ApoE基因敲除兔与新西兰兔的肠道微生物群落特征及其差异,揭示ApoE基因在调控肠道菌群方面的潜在作用。【方法】利用CRISPR/Cas9技术成功构建ApoE基因敲除兔,采用NovaSeq测序平台对ApoE基因敲除兔和新西兰兔的粪便进行16S r...
【目的】探究ApoE基因敲除兔与新西兰兔的肠道微生物群落特征及其差异,揭示ApoE基因在调控肠道菌群方面的潜在作用。【方法】利用CRISPR/Cas9技术成功构建ApoE基因敲除兔,采用NovaSeq测序平台对ApoE基因敲除兔和新西兰兔的粪便进行16S rRNA基因序列高通量测序。通过生物信息学方法对序列数据进行质量控制、ASV(扩增子序列变体)聚类、物种注释及多样性分析等,系统评估其肠道微生物的多样性、群落结构和功能调控的差异。【结果】在正常饮食条件下,ApoE基因敲除兔血清中总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)含量均高于新西兰兔,其中TC、LDL-C差异极显著(P<0.01),符合高脂血症的特征。与新西兰兔相比,ApoE基因敲除兔的肠道微生物ASV丰度显著提高(P<0.01);在α多样性比较中,Observed_species、Chao1、Shannon、Simpson、PD_whole_tree指数显著性增加(P<0.05),物种丰富度和多样性增加;β多样性比较中,主成分、主坐标分析分别出现28.84%、38.20%的差异,肠道微生物群落结构发生明显变化。ApoE基因敲除兔的厚壁菌门/拟杆菌门比值(F/B)显著升高(P<0.05),肠道中产脂多糖(LPS)细菌和损伤黏膜细菌(如阿克曼菌、另枝菌属、梭状芽孢杆菌等)丰度增加。同时,在基础转录因子调控、药物代谢及Atrazine降解相关通路的丰度表现出显著性差异(P<0.05)。【结论】ApoE基因敲除兔的肠道微生物多样性及代谢通路发生改变,表明ApoE基因影响兔肠道微生物生态和代谢功能,在调控肠道微生态平衡中发挥重要作用。
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关键词
兔
高脂血症
APOE基因敲除
CRISPR/Cas9
16S
rRNA
肠道微生物
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职称材料
题名
基于16S rRNA基因测序探究ApoE基因敲除兔肠道微生物特征
1
作者
黎桂玲
萨楚拉
陈傍柱
刘月姝
刘科
谭巧燕
郑佳琳
朱叶萌
王刚
机构
广东省
医学
实验
动物
中心
五邑大学药学与食品工程学院/广东省医学大动物模型重点实验室
广东省
人民医
院
(
广东省
医学
科学
院
)
出处
《广东农业科学》
2025年第7期72-83,共12页
基金
广东省科技计划项目(2019A030317012)
广东省医学科研基金项目(B2024060)。
文摘
【目的】探究ApoE基因敲除兔与新西兰兔的肠道微生物群落特征及其差异,揭示ApoE基因在调控肠道菌群方面的潜在作用。【方法】利用CRISPR/Cas9技术成功构建ApoE基因敲除兔,采用NovaSeq测序平台对ApoE基因敲除兔和新西兰兔的粪便进行16S rRNA基因序列高通量测序。通过生物信息学方法对序列数据进行质量控制、ASV(扩增子序列变体)聚类、物种注释及多样性分析等,系统评估其肠道微生物的多样性、群落结构和功能调控的差异。【结果】在正常饮食条件下,ApoE基因敲除兔血清中总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)含量均高于新西兰兔,其中TC、LDL-C差异极显著(P<0.01),符合高脂血症的特征。与新西兰兔相比,ApoE基因敲除兔的肠道微生物ASV丰度显著提高(P<0.01);在α多样性比较中,Observed_species、Chao1、Shannon、Simpson、PD_whole_tree指数显著性增加(P<0.05),物种丰富度和多样性增加;β多样性比较中,主成分、主坐标分析分别出现28.84%、38.20%的差异,肠道微生物群落结构发生明显变化。ApoE基因敲除兔的厚壁菌门/拟杆菌门比值(F/B)显著升高(P<0.05),肠道中产脂多糖(LPS)细菌和损伤黏膜细菌(如阿克曼菌、另枝菌属、梭状芽孢杆菌等)丰度增加。同时,在基础转录因子调控、药物代谢及Atrazine降解相关通路的丰度表现出显著性差异(P<0.05)。【结论】ApoE基因敲除兔的肠道微生物多样性及代谢通路发生改变,表明ApoE基因影响兔肠道微生物生态和代谢功能,在调控肠道微生态平衡中发挥重要作用。
关键词
兔
高脂血症
APOE基因敲除
CRISPR/Cas9
16S
rRNA
肠道微生物
Keywords
rabbits
hyperlipidemia
ApoE knockout
CRISPR/Cas9
16S rRNA
intestinal microbiota
分类号
S829.1 [农业科学—畜牧学]
Q812 [生物学—生物工程]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
基于16S rRNA基因测序探究ApoE基因敲除兔肠道微生物特征
黎桂玲
萨楚拉
陈傍柱
刘月姝
刘科
谭巧燕
郑佳琳
朱叶萌
王刚
《广东农业科学》
2025
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