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杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
被引量：
45
1
作者
辛雅萱
黎若竹
+6 位作者
李鑫
陈丽琼
唐军荣
屈亚亚
杨琳懿
辛培尧
李云芳
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期148-156,165,共10页
【目的】为了明确杧果叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的51条CDS蛋白质编码序列为研究对象,进行密码子偏好性分析和对应性分析。同时揭示密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组研究及其遗传改良提供理论基础。【方...
【目的】为了明确杧果叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的51条CDS蛋白质编码序列为研究对象,进行密码子偏好性分析和对应性分析。同时揭示密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组研究及其遗传改良提供理论基础。【方法】使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对杧果密码子进行组成分析,获得GC、ENC、RSCU等参数,再进行中性绘图分析、ENC-plot分析以及PR2-plot分析,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素,最终获得最优密码子。【结果】1)杧果叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量排序分别为GC1(47.25%)>GC2(39.74%)>GC3(29.31%),表明杧果密码子偏好使用以A或T结尾的碱基;2)中性绘图分析中,GC12和GC3的相关系数为0.137,可见这两者的相关性并不显著,说明密码子第3个位置上的碱基可能与前两个位置上的碱基构成不同;3)ENC-plot绘图分析中,大部分基因都离标准曲线有一定距离,表示ENC实际值与ENC预期值之间有一定的差异,说明这些密码子偏好性更多受到选择的影响;4)PR2-plot绘图分析显示,平面图内杧果密码子基因大部分分布在右下方,说明密码子第3位碱基的使用具有偏好性,且各碱基使用频率表现为T高于A、G高于C;5)最终筛选出AGU、UUG、CUU、CAA等17个密码子为最优密码子,其中多数以A或U结尾。【结论】杧果密码子同时受到突变和选择的影响,但更多的是受到选择的作用。通过研究杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性特征,探究其密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组水平上的应用和研究提供数据支撑。
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关键词
杧果
叶绿体基因组
密码子偏性
突变
选择
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职称材料
题名
杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
被引量：
45
1
作者
辛雅萱
黎若竹
李鑫
陈丽琼
唐军荣
屈亚亚
杨琳懿
辛培尧
李云芳
机构
西南林业大学国家林业和草原
局
西南风景园林工程技术研究中心
西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原
局
重点实验室
中国科学院西双版纳热带植物园综合
保护
中心
中国科学院大学
云龙县诺邓镇果郎办公区天池保护区管护局
出处
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期148-156,165,共10页
基金
国家重点研发计划子课题(2017YFD060120204)
云南省科技厅科技计划项目(2018BB005)。
文摘
【目的】为了明确杧果叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的51条CDS蛋白质编码序列为研究对象,进行密码子偏好性分析和对应性分析。同时揭示密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组研究及其遗传改良提供理论基础。【方法】使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对杧果密码子进行组成分析,获得GC、ENC、RSCU等参数,再进行中性绘图分析、ENC-plot分析以及PR2-plot分析,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素,最终获得最优密码子。【结果】1)杧果叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量排序分别为GC1(47.25%)>GC2(39.74%)>GC3(29.31%),表明杧果密码子偏好使用以A或T结尾的碱基;2)中性绘图分析中,GC12和GC3的相关系数为0.137,可见这两者的相关性并不显著,说明密码子第3个位置上的碱基可能与前两个位置上的碱基构成不同;3)ENC-plot绘图分析中,大部分基因都离标准曲线有一定距离,表示ENC实际值与ENC预期值之间有一定的差异,说明这些密码子偏好性更多受到选择的影响;4)PR2-plot绘图分析显示,平面图内杧果密码子基因大部分分布在右下方,说明密码子第3位碱基的使用具有偏好性,且各碱基使用频率表现为T高于A、G高于C;5)最终筛选出AGU、UUG、CUU、CAA等17个密码子为最优密码子,其中多数以A或U结尾。【结论】杧果密码子同时受到突变和选择的影响,但更多的是受到选择的作用。通过研究杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性特征,探究其密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组水平上的应用和研究提供数据支撑。
关键词
杧果
叶绿体基因组
密码子偏性
突变
选择
Keywords
Mangifera indica
chloroplast genome
codon bias
mutation
selection
分类号
S759.59 [农业科学—森林经理学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
辛雅萱
黎若竹
李鑫
陈丽琼
唐军荣
屈亚亚
杨琳懿
辛培尧
李云芳
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
45
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