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BIG-Annotator:基因组测序数据高效功能注释及其在遗传诊断中的应用
被引量：
2
1
作者
黄莹
刘琪
+5 位作者
池连江
石承民
吴祯
胡敏
石宏
陈华
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第11期1015-1023,共9页
近年来二代测序技术发展迅速,在精准医疗和遗传诊断上得到日益广泛的应用。对二代测序数据进行分析的一个核心环节是对遗传变异位点的识别和注释。基于此,本课题组开发了一个能高效对全基因组单核苷酸多态位点进行功能注释的软件——BIG...
近年来二代测序技术发展迅速,在精准医疗和遗传诊断上得到日益广泛的应用。对二代测序数据进行分析的一个核心环节是对遗传变异位点的识别和注释。基于此,本课题组开发了一个能高效对全基因组单核苷酸多态位点进行功能注释的软件——BIG-Annotator。该软件以JAVA语言编写,且提供多线程运行模式,运行更为高效,比现有的同类软件或流程提速10多倍,适用于人群队列研究、大样本全基因组关联分析等数据量庞大、时效性要求高的分析需求。同时,该软件还集成了目前常用的二代测序遗传变异注释数据库,以及临床数据解读与报告的标准指南(2015ACMG-AMP《解读报告标准指南》),并且增加了针对肿瘤组织遗传变异注释的信息。最后,通过两个研究实例具体说明该软件在遗传诊断中的应用。
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关键词
二代测序
遗传变异注释
遗传诊断
精准医学
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职称材料
题名
BIG-Annotator:基因组测序数据高效功能注释及其在遗传诊断中的应用
被引量：
2
1
作者
黄莹
刘琪
池连江
石承民
吴祯
胡敏
石宏
陈华
机构
中国科学院北京基因组研究所
中国科学院大学未来技术学院
云南省骨代谢性疾病机理及药物干预重点实验室
昆明理工大学灵长类转化医学研究中心
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第11期1015-1023,共9页
基金
国家自然科学基金项目(编号:31571370,91631106)
中国科学院“百人计划”项目资助。
文摘
近年来二代测序技术发展迅速,在精准医疗和遗传诊断上得到日益广泛的应用。对二代测序数据进行分析的一个核心环节是对遗传变异位点的识别和注释。基于此,本课题组开发了一个能高效对全基因组单核苷酸多态位点进行功能注释的软件——BIG-Annotator。该软件以JAVA语言编写,且提供多线程运行模式,运行更为高效,比现有的同类软件或流程提速10多倍,适用于人群队列研究、大样本全基因组关联分析等数据量庞大、时效性要求高的分析需求。同时,该软件还集成了目前常用的二代测序遗传变异注释数据库,以及临床数据解读与报告的标准指南(2015ACMG-AMP《解读报告标准指南》),并且增加了针对肿瘤组织遗传变异注释的信息。最后,通过两个研究实例具体说明该软件在遗传诊断中的应用。
关键词
二代测序
遗传变异注释
遗传诊断
精准医学
Keywords
NGS
variant annotation
genetic diagnosis
precision medicine
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
BIG-Annotator:基因组测序数据高效功能注释及其在遗传诊断中的应用
黄莹
刘琪
池连江
石承民
吴祯
胡敏
石宏
陈华
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2018
2
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