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基于高通量芯片对小儿急性髓系白血病的生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
张曦
翟丽
+4 位作者
孙运艳
杨伟
高艳章
雷鸣
潘玉卿
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期1036-1042,I0007,共8页
目的:通过生物信息学工具筛选小儿急性髓系白血病(AML)相关的差异表达基因(DEGs),探讨小儿AML的核心基因并阐明其发病机制。方法:从基因表达数据库(GEO)下载符合本研究要求的小儿AML的转录组数据,采用基因表达分析工具(GEO2R)进行DEGs...
目的:通过生物信息学工具筛选小儿急性髓系白血病(AML)相关的差异表达基因(DEGs),探讨小儿AML的核心基因并阐明其发病机制。方法:从基因表达数据库(GEO)下载符合本研究要求的小儿AML的转录组数据,采用基因表达分析工具(GEO2R)进行DEGs的筛选。利用基因本体功能注释(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析DEGs功能及通路富集情况;利用STRING数据库构建蛋白质互作网络(PPI)并利用Cytoscape软件及插件iRegulon筛选相关的核心基因(Hub genes)及转录因子,通过生物技术信息基因云(GCBI)在线数据库分析前5位的核心基因。结果:本研究共筛选出600个DEGs,其中407个基因上调,193个基因下调。GO分析,相关的DEGs主要参与细胞成分的组成,包括核浆、细胞质、核膜和核斑点。KEGG分析,DEGs主要在肿瘤坏死因子(TNF)、细胞因子受体相互作用及Jak激酶/信号转导与转录激活子(Jak-STAT)信号通路中富集。通过STRING数据库及Cytoscape软件共筛选出甲酰肽受体2(FPR2)、磷酸肌醇3激酶调节亚单位1(PIK3R1)、E1A结合蛋白p300(EP300)、热休克蛋白90α家族(HSP90AA1)和NRAS原癌基因(NRAS)等前20个连接度最高的核心基因,其中EP300、HSP90AA1和NRAS参与了白血病的发生发展。iRegulon共筛选出TP63、NFE2L1和TBX等55个作用于Hub基因的转录因子。结论:筛选出的核心基因和转录因子可能参与小儿AML的发生发展,并可能成为小儿AML的治疗新靶点。
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关键词
生物信息学
急性髓系白血病
差异基因
基因芯片
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职称材料
题名
基于高通量芯片对小儿急性髓系白血病的生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
张曦
翟丽
孙运艳
杨伟
高艳章
雷鸣
潘玉卿
机构
云南省
肿瘤
医院·
昆明
医科
大学第
三
附属
医院
检验
科
云南省肿瘤医院·昆明医科大学第三附属医院血液科
昆明
医科
大学第
一
附属
医院
检验
科
云南省
实验诊断研究所
云南省
检验医学重点实验室
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期1036-1042,I0007,共8页
基金
云南省科技厅-昆明医科大学联合专项资助课题(2015FB070)
云南省教育厅科学研究基金项目资助课题(2019J1276)。
文摘
目的:通过生物信息学工具筛选小儿急性髓系白血病(AML)相关的差异表达基因(DEGs),探讨小儿AML的核心基因并阐明其发病机制。方法:从基因表达数据库(GEO)下载符合本研究要求的小儿AML的转录组数据,采用基因表达分析工具(GEO2R)进行DEGs的筛选。利用基因本体功能注释(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析DEGs功能及通路富集情况;利用STRING数据库构建蛋白质互作网络(PPI)并利用Cytoscape软件及插件iRegulon筛选相关的核心基因(Hub genes)及转录因子,通过生物技术信息基因云(GCBI)在线数据库分析前5位的核心基因。结果:本研究共筛选出600个DEGs,其中407个基因上调,193个基因下调。GO分析,相关的DEGs主要参与细胞成分的组成,包括核浆、细胞质、核膜和核斑点。KEGG分析,DEGs主要在肿瘤坏死因子(TNF)、细胞因子受体相互作用及Jak激酶/信号转导与转录激活子(Jak-STAT)信号通路中富集。通过STRING数据库及Cytoscape软件共筛选出甲酰肽受体2(FPR2)、磷酸肌醇3激酶调节亚单位1(PIK3R1)、E1A结合蛋白p300(EP300)、热休克蛋白90α家族(HSP90AA1)和NRAS原癌基因(NRAS)等前20个连接度最高的核心基因,其中EP300、HSP90AA1和NRAS参与了白血病的发生发展。iRegulon共筛选出TP63、NFE2L1和TBX等55个作用于Hub基因的转录因子。结论:筛选出的核心基因和转录因子可能参与小儿AML的发生发展,并可能成为小儿AML的治疗新靶点。
关键词
生物信息学
急性髓系白血病
差异基因
基因芯片
Keywords
bioinformatics
acute myeloid leukemia
differential genes
gene chip
分类号
R733. [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于高通量芯片对小儿急性髓系白血病的生物信息学分析
张曦
翟丽
孙运艳
杨伟
高艳章
雷鸣
潘玉卿
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
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