本研究根据公开发表的烟草K326基因组和烟草430K SNP固相芯片检测数据,以7份种质两两组合之间每条染色体上20个多态标记为目标,基于多重PCR扩增的精准定位测序分型技术(mGPS,Genotyping by Pinpoint Sequencing of multiplex PCR produc...本研究根据公开发表的烟草K326基因组和烟草430K SNP固相芯片检测数据,以7份种质两两组合之间每条染色体上20个多态标记为目标,基于多重PCR扩增的精准定位测序分型技术(mGPS,Genotyping by Pinpoint Sequencing of multiplex PCR products)开发出烟草1.8K育种液相芯片(YT1.8K.1)。利用该芯片对上述7份种质两两之间杂交的21个杂交组合进行基因分型检测,每个杂交组合之间的平均差异位点数为650个,能同时满足每个组合定向改良筛选高遗传背景回复率单株的需要。利用该芯片对23个烟草品种进行基因型分型检测和聚类分析,聚类分类结果与品种系谱基本吻合;利用该芯片从367个BC2F1群体中筛选出5个背景回复率高于94.96%的单株,高于理论均值87.5%,表明该育种芯片可应用于烟草种质资源聚类分析、定向改良育种的遗传背景筛选。展开更多
针对烟草属特异性基因Ntsp151序列保守区设计环介导等温扩增(LAMP)引物,基于SYBR Green I荧光染料对烟草材料进行可视化LAMP检测,对检测过程中的DNA提取方法和反应条件进行优化,并对LAMP反应体系的特异性和灵敏度进行评价。结果表明:使...针对烟草属特异性基因Ntsp151序列保守区设计环介导等温扩增(LAMP)引物,基于SYBR Green I荧光染料对烟草材料进行可视化LAMP检测,对检测过程中的DNA提取方法和反应条件进行优化,并对LAMP反应体系的特异性和灵敏度进行评价。结果表明:使用Chelex-100提取的DNA可以直接进行LAMP扩增反应,显色效果较好;LAMP最适反应条件为扩增温度63℃、反应时间60 min、Mg^(2+)浓度6 mmol/L;LAMP对17份非烟草材料和1份烟草材料基因组DNA的扩增显色结果与荧光值的检测结果一致,具有较好的特异性,其最低检测限为10^(2) copies/μL。基于烟草属特异性基因Ntsp151的LAMP检测结果可视化强,且灵敏度高、特异性强,适用于现场抽检。展开更多
以综合性状优良的烤烟种质Y3为轮回亲本,抗烟草黑胫病（0号和1号生理小种）和赤星病的雪茄烟种质Beinhart 1000-1及优质烤烟品种K326为供体亲本,连续回交并结合分子标记辅助选择,构建国内外第一套由256个具有烤烟Y3遗传背景并渐渗有Bein...以综合性状优良的烤烟种质Y3为轮回亲本,抗烟草黑胫病（0号和1号生理小种）和赤星病的雪茄烟种质Beinhart 1000-1及优质烤烟品种K326为供体亲本,连续回交并结合分子标记辅助选择,构建国内外第一套由256个具有烤烟Y3遗传背景并渐渗有Beinhart 1000-1和K326染色体片段株系代换系群体。该群体携带377个代换片段,分布于烟草24条连锁群上。每个株系携带1~5个代换片段,代换片段长度介于0.05~36.88 c M,平均长度7.75 c M。代换片段重叠累加总长度为2922.57 c M,是烟草基因组总长度的2.61倍。代换片段覆盖总长度为1114.32 c M,烟草基因组覆盖率为99.45%。本研究构建的片段代换系可用于烟草基因定位、复杂性状的QTL分析和标记辅助选择育种。展开更多
本文旨在分析烤烟种质资源遗传多样性,通过关联分析寻找与烤烟农艺性状和化学成分相关联的分子标记,为分子标记辅助选择育种和提高烤烟育种效率奠定基础。利用均匀分布于烟草24个连锁群上的120个SSR标记分析了231份烤烟种质资源的遗传...本文旨在分析烤烟种质资源遗传多样性,通过关联分析寻找与烤烟农艺性状和化学成分相关联的分子标记,为分子标记辅助选择育种和提高烤烟育种效率奠定基础。利用均匀分布于烟草24个连锁群上的120个SSR标记分析了231份烤烟种质资源的遗传多样性及群体遗传结构,在此基础上采用TASSEL 5.0 GLM(general linear model)和MLM(mixed linear model)方法进行标记与表型性状变异(8个农艺性状和5个化学成分)的关联分析。通过遗传多样性分析,共检测出403个等位变异,变异范围2-21个,平均每个标记3.36个;引物的多态性信息含量(PIC)为0.036~0.785,平均值为0.408;供试材料间遗传距离为0.003~0.371,平均值为0.148。通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,在遗传距离(GD)值为0.153水平上可将231份烤烟材料聚为4大类。通过群体遗传结构分析将供试材料划分成3个亚群,且每个亚群分别包含117、38和76份烤烟材料。通过GLM_Q和MLM_Q+K两种关联分析模型,分别检测出17个和9个与13个表型性状显著相关,其中9个标记在两个年份和两种模型中均被检测到与同一性状在P<0.001水平上极显著相关,且MLM_Q+K未能检测到新的关联标记;3个株高相关标记(TM10481、PT54964和TM20580)、2个叶数相关标记(TM10846和PT60728)、1个茎围相关标记(TM25276)和1个叶长相关标记(TM11215)与已报道的QTL定位结果一致,可应用于烤烟分子标记辅助选择育种。展开更多
文摘本研究根据公开发表的烟草K326基因组和烟草430K SNP固相芯片检测数据,以7份种质两两组合之间每条染色体上20个多态标记为目标,基于多重PCR扩增的精准定位测序分型技术(mGPS,Genotyping by Pinpoint Sequencing of multiplex PCR products)开发出烟草1.8K育种液相芯片(YT1.8K.1)。利用该芯片对上述7份种质两两之间杂交的21个杂交组合进行基因分型检测,每个杂交组合之间的平均差异位点数为650个,能同时满足每个组合定向改良筛选高遗传背景回复率单株的需要。利用该芯片对23个烟草品种进行基因型分型检测和聚类分析,聚类分类结果与品种系谱基本吻合;利用该芯片从367个BC2F1群体中筛选出5个背景回复率高于94.96%的单株,高于理论均值87.5%,表明该育种芯片可应用于烟草种质资源聚类分析、定向改良育种的遗传背景筛选。
文摘以综合性状优良的烤烟种质Y3为轮回亲本,抗烟草黑胫病（0号和1号生理小种）和赤星病的雪茄烟种质Beinhart 1000-1及优质烤烟品种K326为供体亲本,连续回交并结合分子标记辅助选择,构建国内外第一套由256个具有烤烟Y3遗传背景并渐渗有Beinhart 1000-1和K326染色体片段株系代换系群体。该群体携带377个代换片段,分布于烟草24条连锁群上。每个株系携带1~5个代换片段,代换片段长度介于0.05~36.88 c M,平均长度7.75 c M。代换片段重叠累加总长度为2922.57 c M,是烟草基因组总长度的2.61倍。代换片段覆盖总长度为1114.32 c M,烟草基因组覆盖率为99.45%。本研究构建的片段代换系可用于烟草基因定位、复杂性状的QTL分析和标记辅助选择育种。
文摘本文旨在分析烤烟种质资源遗传多样性,通过关联分析寻找与烤烟农艺性状和化学成分相关联的分子标记,为分子标记辅助选择育种和提高烤烟育种效率奠定基础。利用均匀分布于烟草24个连锁群上的120个SSR标记分析了231份烤烟种质资源的遗传多样性及群体遗传结构,在此基础上采用TASSEL 5.0 GLM(general linear model)和MLM(mixed linear model)方法进行标记与表型性状变异(8个农艺性状和5个化学成分)的关联分析。通过遗传多样性分析,共检测出403个等位变异,变异范围2-21个,平均每个标记3.36个;引物的多态性信息含量(PIC)为0.036~0.785,平均值为0.408;供试材料间遗传距离为0.003~0.371,平均值为0.148。通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,在遗传距离(GD)值为0.153水平上可将231份烤烟材料聚为4大类。通过群体遗传结构分析将供试材料划分成3个亚群,且每个亚群分别包含117、38和76份烤烟材料。通过GLM_Q和MLM_Q+K两种关联分析模型,分别检测出17个和9个与13个表型性状显著相关,其中9个标记在两个年份和两种模型中均被检测到与同一性状在P<0.001水平上极显著相关,且MLM_Q+K未能检测到新的关联标记;3个株高相关标记(TM10481、PT54964和TM20580)、2个叶数相关标记(TM10846和PT60728)、1个茎围相关标记(TM25276)和1个叶长相关标记(TM11215)与已报道的QTL定位结果一致,可应用于烤烟分子标记辅助选择育种。
