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我国部分省份猪流行性腹泻病毒S基因分子特征及遗传演化分析
被引量：
1
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作者
李岚
段纲
+1 位作者
杨春艳
李晓成
《养殖与饲料》
2020年第3期11-16,共6页
猪流行性腹泻在我国的发病率和死亡率居高不下,给养猪业造成了重大损失。为进一步了解我国猪流行性腹泻流行毒株的遗传变异规律,试验对河南、江西、福建、辽宁、浙江、湖北6个省份的19个PEDV地方流行株的S基因进行了RT-PCR扩增,并对其...
猪流行性腹泻在我国的发病率和死亡率居高不下,给养猪业造成了重大损失。为进一步了解我国猪流行性腹泻流行毒株的遗传变异规律,试验对河南、江西、福建、辽宁、浙江、湖北6个省份的19个PEDV地方流行株的S基因进行了RT-PCR扩增,并对其进行了序列比对和遗传演化分析,旨在为疫病的防治和疫苗株的选择提供参考和依据。试验设计了3对引物,对采集自6个省份13个疑似PEDV发病猪场的19份仔猪小肠及其内容物样品进行了RT-PCR扩增,通过产物回收、转化和测序,经生物软件拼接,成功获得其S基因全序列。它们的S基因全长由4 158~4 161 nt组成,其中仅JX1、JX2毒株的长度为4 158 nt,其余毒株的长度均为4 161 nt。通过与GenBank中已发表的国内外毒株CV777、DR13等61株PEDV S基因序列进行比对发现,19个毒株与经典株CV777的同源性为93.8%~94.1%,其彼此之间的同源性为97.7%~100%。基因推导的氨基酸序列分析表明,试验所获得的19株流行毒株中,仅JX1和JX2两个毒株由1 386 aa构成,而其他毒株均由1 387 aa组成,19个毒株S蛋白氨基酸与经典株CV777的同源性为92.8%~93.4%,其彼此之间的同源性为97.7%~99.9%,且均存在点突变、氨基酸插入和缺失现象。S基因进化树分析表明,PEDV毒株被分成了2个大群,试验获得的19个毒株均处于G1群中,但与我国其他分离株处于G1大群中的不同分支中,且与处在G2群中的经典株CV777、韩国弱毒株DR13和日本弱毒株83P-5等毒株的亲缘关系较远。说明PEDV S基因一直处于变异进化过程中。
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关键词
猪流行性腹泻
病毒
序列分析
S基因
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题名
我国部分省份猪流行性腹泻病毒S基因分子特征及遗传演化分析
被引量：
1
1
作者
李岚
段纲
杨春艳
李晓成
机构
广西壮族自治区畜牧站
云南
农业大学动物医学院
云南省楚雄州农产品质量安全检测中心
中国动物卫生与流行病学
中心
出处
《养殖与饲料》
2020年第3期11-16,共6页
基金
原农业部财政专项。
文摘
猪流行性腹泻在我国的发病率和死亡率居高不下,给养猪业造成了重大损失。为进一步了解我国猪流行性腹泻流行毒株的遗传变异规律,试验对河南、江西、福建、辽宁、浙江、湖北6个省份的19个PEDV地方流行株的S基因进行了RT-PCR扩增,并对其进行了序列比对和遗传演化分析,旨在为疫病的防治和疫苗株的选择提供参考和依据。试验设计了3对引物,对采集自6个省份13个疑似PEDV发病猪场的19份仔猪小肠及其内容物样品进行了RT-PCR扩增,通过产物回收、转化和测序,经生物软件拼接,成功获得其S基因全序列。它们的S基因全长由4 158~4 161 nt组成,其中仅JX1、JX2毒株的长度为4 158 nt,其余毒株的长度均为4 161 nt。通过与GenBank中已发表的国内外毒株CV777、DR13等61株PEDV S基因序列进行比对发现,19个毒株与经典株CV777的同源性为93.8%~94.1%,其彼此之间的同源性为97.7%~100%。基因推导的氨基酸序列分析表明,试验所获得的19株流行毒株中,仅JX1和JX2两个毒株由1 386 aa构成,而其他毒株均由1 387 aa组成,19个毒株S蛋白氨基酸与经典株CV777的同源性为92.8%~93.4%,其彼此之间的同源性为97.7%~99.9%,且均存在点突变、氨基酸插入和缺失现象。S基因进化树分析表明,PEDV毒株被分成了2个大群,试验获得的19个毒株均处于G1群中,但与我国其他分离株处于G1大群中的不同分支中,且与处在G2群中的经典株CV777、韩国弱毒株DR13和日本弱毒株83P-5等毒株的亲缘关系较远。说明PEDV S基因一直处于变异进化过程中。
关键词
猪流行性腹泻
病毒
序列分析
S基因
分类号
S852.651 [农业科学—基础兽医学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
我国部分省份猪流行性腹泻病毒S基因分子特征及遗传演化分析
李岚
段纲
杨春艳
李晓成
《养殖与饲料》
2020
1
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引证文献
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