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云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性
被引量：
6
1
作者
石丽媛
丁奕博
+6 位作者
张海鹏
郭英
段存娟
谭红丽
董珊珊
钟佑宏
王鹏
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第1期20-24,共5页
目的阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)...
目的阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因组多态性分析;以DFR+CRISPRs聚类分析划分簇,再以MLVA26对簇进行聚类分析。结果24株剑川菌株中,20株菌聚为一个簇(剑川野鼠鼠疫簇);2017年疫情分离3株菌位于丽江野鼠鼠疫簇,与丽江菌株(2017LZ)存在2个位点的差异(N2577,M23);剩余1株为一个独立株;50年代菌株与其邻近的80年代菌株间位点差异未超过3。结论剑川原野鼠疫源地的发现时间可往前推至上世纪50年代,同时疫情还波及过家鼠和人群;剑川县境内存在2种类型的野鼠疫源地,其鼠疫防控具有复杂性,应继续加强鼠间鼠疫的动态监测。
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关键词
鼠疫
剑川
多位点可变数目串联重复序列分析
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职称材料
鼠疫一体系双重荧光定量PCR检测方法的建立及评价
被引量：
3
2
作者
董珊珊
段存娟
+4 位作者
郭英
石丽媛
钟佑宏
李伟
王鹏
《中国动物传染病学报》
CAS
北大核心
2019年第5期38-43,共6页
本研究根据鼠疫耶尔森氏菌caf1及YPO0392基因,设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,构建一体系的检测体系,对其敏感性、特异性和稳定性进行评价,并对8份鼠疫阳性及24份阴性DNA样本进行应用评价。结果显示,一体系双重检测鼠...
本研究根据鼠疫耶尔森氏菌caf1及YPO0392基因,设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,构建一体系的检测体系,对其敏感性、特异性和稳定性进行评价,并对8份鼠疫阳性及24份阴性DNA样本进行应用评价。结果显示,一体系双重检测鼠疫DNA的敏感度为17.93×10^-5 ng/μL;19份鼠疫菌DNA都有扩增,25份非鼠疫菌DNA都未扩增;对8份阳性现场DNA样本进行检测,一体系检测结果均为阳性;对24份阴性DNA样本进行检测,结果均为阴性。结果表明,本研究成功建立了可同时检测鼠疫耶尔森氏菌caf1和YPO0392基因的一体系双重荧光定量PCR方法,具有良好的敏感性与特异性,操作方便并节约成本,能够代替单基因检测方法。
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关键词
鼠疫耶尔森氏菌
caf1
TPO0392
双重荧光定量PCR方法
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职称材料
题名
云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性
被引量：
6
1
作者
石丽媛
丁奕博
张海鹏
郭英
段存娟
谭红丽
董珊珊
钟佑宏
王鹏
机构
云南省地方病防治所云南省自然疫源性疾病防控技术重点实验室云南公共卫生与疾病防控协同创新中心
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第1期20-24,共5页
基金
国家自然科学基金（No.81160354）
云南省科技计划面上项目（No.2018FB030）
徐建国院士工作站（No.2018IC155)~~
文摘
目的阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因组多态性分析;以DFR+CRISPRs聚类分析划分簇,再以MLVA26对簇进行聚类分析。结果24株剑川菌株中,20株菌聚为一个簇(剑川野鼠鼠疫簇);2017年疫情分离3株菌位于丽江野鼠鼠疫簇,与丽江菌株(2017LZ)存在2个位点的差异(N2577,M23);剩余1株为一个独立株;50年代菌株与其邻近的80年代菌株间位点差异未超过3。结论剑川原野鼠疫源地的发现时间可往前推至上世纪50年代,同时疫情还波及过家鼠和人群;剑川县境内存在2种类型的野鼠疫源地,其鼠疫防控具有复杂性,应继续加强鼠间鼠疫的动态监测。
关键词
鼠疫
剑川
多位点可变数目串联重复序列分析
Keywords
plague
Jianchuan
multiple-locus variable-number tandem repeat analysis
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
鼠疫一体系双重荧光定量PCR检测方法的建立及评价
被引量：
3
2
作者
董珊珊
段存娟
郭英
石丽媛
钟佑宏
李伟
王鹏
机构
云南省地方病防治所云南省自然疫源性疾病防控技术重点实验室云南公共卫生与疾病防控协同创新中心
中国
疾病
预
防控
制
中心
传染病预
防控
制所传染病预
防控
制国家
重点
实验室
出处
《中国动物传染病学报》
CAS
北大核心
2019年第5期38-43,共6页
基金
云南省中青年学术和技术带头人后备人才培养项目(2014HB037)
云南省医学学科带头人培养项目(D-201652)
文摘
本研究根据鼠疫耶尔森氏菌caf1及YPO0392基因,设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,构建一体系的检测体系,对其敏感性、特异性和稳定性进行评价,并对8份鼠疫阳性及24份阴性DNA样本进行应用评价。结果显示,一体系双重检测鼠疫DNA的敏感度为17.93×10^-5 ng/μL;19份鼠疫菌DNA都有扩增,25份非鼠疫菌DNA都未扩增;对8份阳性现场DNA样本进行检测,一体系检测结果均为阳性;对24份阴性DNA样本进行检测,结果均为阴性。结果表明,本研究成功建立了可同时检测鼠疫耶尔森氏菌caf1和YPO0392基因的一体系双重荧光定量PCR方法,具有良好的敏感性与特异性,操作方便并节约成本,能够代替单基因检测方法。
关键词
鼠疫耶尔森氏菌
caf1
TPO0392
双重荧光定量PCR方法
Keywords
Yersinia pestis
caf1
YPO0392
fluorescent quantitative PCR
分类号
S852.615 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性
石丽媛
丁奕博
张海鹏
郭英
段存娟
谭红丽
董珊珊
钟佑宏
王鹏
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
鼠疫一体系双重荧光定量PCR检测方法的建立及评价
董珊珊
段存娟
郭英
石丽媛
钟佑宏
李伟
王鹏
《中国动物传染病学报》
CAS
北大核心
2019
3
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职称材料
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