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干巴菌菌丝体与原基的比较转录组学分析
1
作者
李鹏宇
胡骐验
+5 位作者
邵娅丽
杨正一
赵梦婷
胡瑛琳
丁梓洲
沙涛
《中国食用菌》
2024年第5期58-66,共9页
干巴菌是云南省一种重要的野生食用真菌,但其发育过程的相关分子机制尚未被揭示。研究旨在以干巴菌G46号菌株基因组作为参考基因组,对干巴菌菌丝体、干巴菌原基进行转录组测序及有参分析。结果表明,差异表达基因(DEG)总数为4197个,2051...
干巴菌是云南省一种重要的野生食用真菌,但其发育过程的相关分子机制尚未被揭示。研究旨在以干巴菌G46号菌株基因组作为参考基因组,对干巴菌菌丝体、干巴菌原基进行转录组测序及有参分析。结果表明,差异表达基因(DEG)总数为4197个,2051个上调,2146个下调。GO富集分析表明,DEG在生物过程的多个条目中呈现出显著的富集现象,具体包括代谢过程、细胞过程以及单有机体过程等;在细胞组分的分类中,DEG显著富集于细胞、细胞部分、细胞器部分等条目;在分子功能的层面上,DEG还显著富集于催化活性、结合、转运体等关键条目中。这一发现揭示了DEG在生物体内具有广泛而多样的功能和作用。KEGG通路富集分析结果显示,DEG主要富集于MAPK信号通路、内质网中的蛋白质加工、氨基糖和核苷酸糖代谢通路等。内质网中的蛋白质加工、氨基糖和核苷酸糖代谢等途径相关DEG在原基期大部分上调表达。此外,共1742个碳水化物活性酶(CAZymes)相关DEG表达,其中碳水化合物结合模块(CBMs)与糖苷水解酶(GHs)的DEG数量最多,分别占40.01%和29.56%。这些基因主要参与糖类底物降解,表明原基形成需要大量物质和能量。同时,降解木质纤维素的基因富集,暗示干巴菌的原基发育可能与其共生植物密切相关。
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关键词
干巴菌
原基形成
转录组
生长发育
外生菌根真菌
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职称材料
基因组时代线粒体基因组拼装策略及软件应用现状
被引量：
7
2
作者
匡卫民
于黎
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第11期979-993,共15页
随着测序技术的不断发展,越来越多物种的全基因组数据被测定和广泛应用。在二代基因组数据爆发式增长的同时,除了核基因组数据,线粒体基因组数据也非常重要。高通量测序的全基因组序列中除了核基因组序列也包括线粒体基因组序列,如何从...
随着测序技术的不断发展,越来越多物种的全基因组数据被测定和广泛应用。在二代基因组数据爆发式增长的同时,除了核基因组数据,线粒体基因组数据也非常重要。高通量测序的全基因组序列中除了核基因组序列也包括线粒体基因组序列,如何从海量的全基因组数据中提取和拼装线粒体基因组序列并加以应用成为线粒体基因组在分子生物学、遗传学和医学等方面的研究方向之一。基于此,从全基因组数据中提取线粒体基因组序列的策略及相关的软件不断发展。根据从全基因组数据中锚定线粒体reads的方式和后续拼装策略的不同,可以分为有参考序列拼装方法和从头拼装方法,不同拼装策略及软件也表现出各自的优势和局限性。本文总结并比较了当前从全基因组数据中获得线粒体基因组数据的策略和软件应用,并对使用者在使用不同策略和相关软件方面给予建议,以期为线粒体基因组在生命科学的相关研究中提供方法上的参考。
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关键词
全基因组
线粒体基因组
有参考序列拼装方法
从头拼装方法
拼装软件
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职称材料
题名
干巴菌菌丝体与原基的比较转录组学分析
1
作者
李鹏宇
胡骐验
邵娅丽
杨正一
赵梦婷
胡瑛琳
丁梓洲
沙涛
机构
云南大学
生命科学
学院
省
部
共建
云南
生物资源
保护与
利用
国家
重点
实验室
云南
省
人口和计划生育
科学
技术研究所
出处
《中国食用菌》
2024年第5期58-66,共9页
基金
国家自然科学基金项目(No.31260006)
2022年云南大学“双一流”建设进化生物学与前沿交叉领军人才队伍建设项目。
文摘
干巴菌是云南省一种重要的野生食用真菌,但其发育过程的相关分子机制尚未被揭示。研究旨在以干巴菌G46号菌株基因组作为参考基因组,对干巴菌菌丝体、干巴菌原基进行转录组测序及有参分析。结果表明,差异表达基因(DEG)总数为4197个,2051个上调,2146个下调。GO富集分析表明,DEG在生物过程的多个条目中呈现出显著的富集现象,具体包括代谢过程、细胞过程以及单有机体过程等;在细胞组分的分类中,DEG显著富集于细胞、细胞部分、细胞器部分等条目;在分子功能的层面上,DEG还显著富集于催化活性、结合、转运体等关键条目中。这一发现揭示了DEG在生物体内具有广泛而多样的功能和作用。KEGG通路富集分析结果显示,DEG主要富集于MAPK信号通路、内质网中的蛋白质加工、氨基糖和核苷酸糖代谢通路等。内质网中的蛋白质加工、氨基糖和核苷酸糖代谢等途径相关DEG在原基期大部分上调表达。此外,共1742个碳水化物活性酶(CAZymes)相关DEG表达,其中碳水化合物结合模块(CBMs)与糖苷水解酶(GHs)的DEG数量最多,分别占40.01%和29.56%。这些基因主要参与糖类底物降解,表明原基形成需要大量物质和能量。同时,降解木质纤维素的基因富集,暗示干巴菌的原基发育可能与其共生植物密切相关。
关键词
干巴菌
原基形成
转录组
生长发育
外生菌根真菌
Keywords
Thelephora ganbajun
primordial formation
transcriptome
growth and development
ectomycorrhizal fungi
分类号
S646.2 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
基因组时代线粒体基因组拼装策略及软件应用现状
被引量：
7
2
作者
匡卫民
于黎
机构
云南大学生命科学学院省部共建生物资源保护与利用国家重点实验室
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第11期979-993,共15页
基金
国家自然科学基釐项目(编号：31872213)
云南省教育厅科学研究基釐产业化培育项目(编号：2016CYH02)
云南省研究生学术新人奖资助项目~~
文摘
随着测序技术的不断发展,越来越多物种的全基因组数据被测定和广泛应用。在二代基因组数据爆发式增长的同时,除了核基因组数据,线粒体基因组数据也非常重要。高通量测序的全基因组序列中除了核基因组序列也包括线粒体基因组序列,如何从海量的全基因组数据中提取和拼装线粒体基因组序列并加以应用成为线粒体基因组在分子生物学、遗传学和医学等方面的研究方向之一。基于此,从全基因组数据中提取线粒体基因组序列的策略及相关的软件不断发展。根据从全基因组数据中锚定线粒体reads的方式和后续拼装策略的不同,可以分为有参考序列拼装方法和从头拼装方法,不同拼装策略及软件也表现出各自的优势和局限性。本文总结并比较了当前从全基因组数据中获得线粒体基因组数据的策略和软件应用,并对使用者在使用不同策略和相关软件方面给予建议,以期为线粒体基因组在生命科学的相关研究中提供方法上的参考。
关键词
全基因组
线粒体基因组
有参考序列拼装方法
从头拼装方法
拼装软件
Keywords
whole-genome sequencing
mitogenome
mitogenome-reference assembly
de novo assembly
assembly software
分类号
TP3 [自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
干巴菌菌丝体与原基的比较转录组学分析
李鹏宇
胡骐验
邵娅丽
杨正一
赵梦婷
胡瑛琳
丁梓洲
沙涛
《中国食用菌》
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基因组时代线粒体基因组拼装策略及软件应用现状
匡卫民
于黎
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2019
7
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职称材料
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