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干巴菌菌丝体与原基的比较转录组学分析
1
作者
李鹏宇
胡骐验
+5 位作者
邵娅丽
杨正一
赵梦婷
胡瑛琳
丁梓洲
沙涛
《中国食用菌》
2024年第5期58-66,共9页
干巴菌是云南省一种重要的野生食用真菌,但其发育过程的相关分子机制尚未被揭示。研究旨在以干巴菌G46号菌株基因组作为参考基因组,对干巴菌菌丝体、干巴菌原基进行转录组测序及有参分析。结果表明,差异表达基因(DEG)总数为4197个,2051...
干巴菌是云南省一种重要的野生食用真菌,但其发育过程的相关分子机制尚未被揭示。研究旨在以干巴菌G46号菌株基因组作为参考基因组,对干巴菌菌丝体、干巴菌原基进行转录组测序及有参分析。结果表明,差异表达基因(DEG)总数为4197个,2051个上调,2146个下调。GO富集分析表明,DEG在生物过程的多个条目中呈现出显著的富集现象,具体包括代谢过程、细胞过程以及单有机体过程等;在细胞组分的分类中,DEG显著富集于细胞、细胞部分、细胞器部分等条目;在分子功能的层面上,DEG还显著富集于催化活性、结合、转运体等关键条目中。这一发现揭示了DEG在生物体内具有广泛而多样的功能和作用。KEGG通路富集分析结果显示,DEG主要富集于MAPK信号通路、内质网中的蛋白质加工、氨基糖和核苷酸糖代谢通路等。内质网中的蛋白质加工、氨基糖和核苷酸糖代谢等途径相关DEG在原基期大部分上调表达。此外,共1742个碳水化物活性酶(CAZymes)相关DEG表达,其中碳水化合物结合模块(CBMs)与糖苷水解酶(GHs)的DEG数量最多,分别占40.01%和29.56%。这些基因主要参与糖类底物降解,表明原基形成需要大量物质和能量。同时,降解木质纤维素的基因富集,暗示干巴菌的原基发育可能与其共生植物密切相关。
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关键词
干巴菌
原基形成
转录组
生长发育
外生菌根真菌
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职称材料
非损伤性取样样品中富集宿主DNA的研究进展
被引量：
4
2
作者
王李玲
胡靖扬
+1 位作者
匡卫民
于黎
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期284-295,共12页
非损伤性取样被广泛应用在动物保护遗传学、分子生态学和分子进化等研究领域。随着基因组测序技术的发展和基因组学时代的到来,如何从非损伤性取样样品中获取能够用于进行基因组测序的高质量DNA是研究者面临的难题。本文总结和比较了非...
非损伤性取样被广泛应用在动物保护遗传学、分子生态学和分子进化等研究领域。随着基因组测序技术的发展和基因组学时代的到来,如何从非损伤性取样样品中获取能够用于进行基因组测序的高质量DNA是研究者面临的难题。本文总结和比较了非损伤性取样中最常用的粪便样品和考古材料或博物馆标本两类样品中富集宿主DNA的方法及应用,以期为非损伤性取样在动物基因组学的研究和应用提供重要参考。
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关键词
非损伤性取样
宿主DNA富集
粪便DNA
古DNA
杂交捕获
MBD富集
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职称材料
题名
干巴菌菌丝体与原基的比较转录组学分析
1
作者
李鹏宇
胡骐验
邵娅丽
杨正一
赵梦婷
胡瑛琳
丁梓洲
沙涛
机构
云南大学生命科学学院省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室
云南
省
人口和计划生育
科学
技术研究所
出处
《中国食用菌》
2024年第5期58-66,共9页
基金
国家自然科学基金项目(No.31260006)
2022年云南大学“双一流”建设进化生物学与前沿交叉领军人才队伍建设项目。
文摘
干巴菌是云南省一种重要的野生食用真菌,但其发育过程的相关分子机制尚未被揭示。研究旨在以干巴菌G46号菌株基因组作为参考基因组,对干巴菌菌丝体、干巴菌原基进行转录组测序及有参分析。结果表明,差异表达基因(DEG)总数为4197个,2051个上调,2146个下调。GO富集分析表明,DEG在生物过程的多个条目中呈现出显著的富集现象,具体包括代谢过程、细胞过程以及单有机体过程等;在细胞组分的分类中,DEG显著富集于细胞、细胞部分、细胞器部分等条目;在分子功能的层面上,DEG还显著富集于催化活性、结合、转运体等关键条目中。这一发现揭示了DEG在生物体内具有广泛而多样的功能和作用。KEGG通路富集分析结果显示,DEG主要富集于MAPK信号通路、内质网中的蛋白质加工、氨基糖和核苷酸糖代谢通路等。内质网中的蛋白质加工、氨基糖和核苷酸糖代谢等途径相关DEG在原基期大部分上调表达。此外,共1742个碳水化物活性酶(CAZymes)相关DEG表达,其中碳水化合物结合模块(CBMs)与糖苷水解酶(GHs)的DEG数量最多,分别占40.01%和29.56%。这些基因主要参与糖类底物降解,表明原基形成需要大量物质和能量。同时,降解木质纤维素的基因富集,暗示干巴菌的原基发育可能与其共生植物密切相关。
关键词
干巴菌
原基形成
转录组
生长发育
外生菌根真菌
Keywords
Thelephora ganbajun
primordial formation
transcriptome
growth and development
ectomycorrhizal fungi
分类号
S646.2 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
非损伤性取样样品中富集宿主DNA的研究进展
被引量：
4
2
作者
王李玲
胡靖扬
匡卫民
于黎
机构
云南大学
生命科学
学院
出处
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期284-295,共12页
基金
中央引导地方科技发展资金项目(KC10120020)
云南省科技厅-云南大学联合基金(2018FY001-009)。
文摘
非损伤性取样被广泛应用在动物保护遗传学、分子生态学和分子进化等研究领域。随着基因组测序技术的发展和基因组学时代的到来,如何从非损伤性取样样品中获取能够用于进行基因组测序的高质量DNA是研究者面临的难题。本文总结和比较了非损伤性取样中最常用的粪便样品和考古材料或博物馆标本两类样品中富集宿主DNA的方法及应用,以期为非损伤性取样在动物基因组学的研究和应用提供重要参考。
关键词
非损伤性取样
宿主DNA富集
粪便DNA
古DNA
杂交捕获
MBD富集
Keywords
Noninvasive sampling
Enrichment host DNA
Fecal DNA
Ancient DNA
Hybridization capture
MBD enrichment
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
干巴菌菌丝体与原基的比较转录组学分析
李鹏宇
胡骐验
邵娅丽
杨正一
赵梦婷
胡瑛琳
丁梓洲
沙涛
《中国食用菌》
2024
0
在线阅读
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职称材料
2
非损伤性取样样品中富集宿主DNA的研究进展
王李玲
胡靖扬
匡卫民
于黎
《兽类学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
4
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职称材料
已选择
0
条
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