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当归MYB转录因子家族成员的鉴定与表达分析
1
作者
李勒松
李朝会
+4 位作者
王娟
梁艳丽
杨生超
栗孟飞
赵艳
《西南农业学报》
北大核心
2025年第5期950-963,共14页
【目的】鉴定药用植物当归(Angelica sinensis)MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子家族成员,研究其转录组表达模式,筛选可能参与当归中黄酮合成的MYB转录因子。【方法】基于当归全基因组对当归中的MYB家...
【目的】鉴定药用植物当归(Angelica sinensis)MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子家族成员,研究其转录组表达模式,筛选可能参与当归中黄酮合成的MYB转录因子。【方法】基于当归全基因组对当归中的MYB家族转录因子进行鉴定和分析,利用生物信息学手段对153个MYB家族转录因子进行深入探究,包括蛋白理化性质分析、系统进化发育分析、基因结构解析、保守基序鉴定、保守结构域识别、染色体定位、共线性分析以及顺式作用元件鉴定,并对转录组表达模式进行分析,筛选出在当归中可能参与黄酮类化合物生物合成的候选MYB家族成员。【结果】当归全基因组水平共鉴定到153个MYB转录因子,其中1R-MYB亚族有21个,2R-MYB亚族有130个,不含3R-MYB亚族,4R-MYB亚族有2个。153个转录因子的氨基酸长度为179~451 aa,相对分子质量为20.0~50.1 kDa,均为亲水性蛋白;亚细胞定位分析表明,绝大多数MYB蛋白呈现典型的核定位特征,其中仅发现1条MYB表现出在细胞核和细胞质中的双重定位特征;系统发育树分析表明,与拟南芥MYB聚集同一分支上的转录因子基因结构类似;顺式作用元件预测,发现MYB启动子上具有多种参与生长发育、激素调控以及逆境胁迫的元件。转录组MYB转录因子的表达模式分析发现,153个MYB中有121个转录因子在当归根和叶不同部位存在差异表达。此外,利用系统进化分析筛选出9个可能参与当归黄酮生物合成的候选MYB转录因子,选择其中4个转录因子的编码基因进行基因荧光定量,结果与转录组数据一致。【结论】基于当归全基因组数据鉴定到153个MYB转录因子,其中包含21个1R-MYB亚族成员,130个2R-MYB亚族成员,2个4R-MYB亚族成员,不包含3R-MYB亚族。RT-qPCR结果表明,AsMYB34、AsMYB79、AsMYB96和AsMYB127可能参与当归中黄酮醇的合成。
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关键词
当归
MYB转录因子
全基因组鉴定
生物信息学分析
基因表达分析
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职称材料
题名
当归MYB转录因子家族成员的鉴定与表达分析
1
作者
李勒松
李朝会
王娟
梁艳丽
杨生超
栗孟飞
赵艳
机构
云南农业大学西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心/云南省药用植物生物学重点实验室/农学与生物技术学院
云南
特色
植物
提取
实验室
有限公司
甘肃
农业
大学
农学
院
出处
《西南农业学报》
北大核心
2025年第5期950-963,共14页
基金
云南省科技计划项目(202304B1090009)
云南特色植物提取实验室自主研究项目基金(2022YKZY001)
+1 种基金
云南省兴滇英才支持计划“青年人才”项目(XDYC-QNRC-2022-0219)
甘肃省科技厅重点研发计划(22YF7NA111)。
文摘
【目的】鉴定药用植物当归(Angelica sinensis)MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子家族成员,研究其转录组表达模式,筛选可能参与当归中黄酮合成的MYB转录因子。【方法】基于当归全基因组对当归中的MYB家族转录因子进行鉴定和分析,利用生物信息学手段对153个MYB家族转录因子进行深入探究,包括蛋白理化性质分析、系统进化发育分析、基因结构解析、保守基序鉴定、保守结构域识别、染色体定位、共线性分析以及顺式作用元件鉴定,并对转录组表达模式进行分析,筛选出在当归中可能参与黄酮类化合物生物合成的候选MYB家族成员。【结果】当归全基因组水平共鉴定到153个MYB转录因子,其中1R-MYB亚族有21个,2R-MYB亚族有130个,不含3R-MYB亚族,4R-MYB亚族有2个。153个转录因子的氨基酸长度为179~451 aa,相对分子质量为20.0~50.1 kDa,均为亲水性蛋白;亚细胞定位分析表明,绝大多数MYB蛋白呈现典型的核定位特征,其中仅发现1条MYB表现出在细胞核和细胞质中的双重定位特征;系统发育树分析表明,与拟南芥MYB聚集同一分支上的转录因子基因结构类似;顺式作用元件预测,发现MYB启动子上具有多种参与生长发育、激素调控以及逆境胁迫的元件。转录组MYB转录因子的表达模式分析发现,153个MYB中有121个转录因子在当归根和叶不同部位存在差异表达。此外,利用系统进化分析筛选出9个可能参与当归黄酮生物合成的候选MYB转录因子,选择其中4个转录因子的编码基因进行基因荧光定量,结果与转录组数据一致。【结论】基于当归全基因组数据鉴定到153个MYB转录因子,其中包含21个1R-MYB亚族成员,130个2R-MYB亚族成员,2个4R-MYB亚族成员,不包含3R-MYB亚族。RT-qPCR结果表明,AsMYB34、AsMYB79、AsMYB96和AsMYB127可能参与当归中黄酮醇的合成。
关键词
当归
MYB转录因子
全基因组鉴定
生物信息学分析
基因表达分析
Keywords
Angelica sinensis
MYB transcription factor
Whole-genome identification
Bioinformatics analysis
Gene expression analysis
分类号
S567 [农业科学—中草药栽培]
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被引量
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1
当归MYB转录因子家族成员的鉴定与表达分析
李勒松
李朝会
王娟
梁艳丽
杨生超
栗孟飞
赵艳
《西南农业学报》
北大核心
2025
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