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题名基于粒子群优化算法的白血病基因表达样本分类研究
被引量：1
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作者
刘亚杰
高莲
周杰
姚瑞晗
朱玲
王晓燕
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机构
昆明医科大学第三附属医院(云南省肿瘤医院)
云南大学信息学院
云南农业大学信息工程学院
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出处
《生物医学工程与临床》
CAS
2020年第1期75-80,共6页
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基金
云南省肿瘤医院博士科研启动基金资助(BSJJ201513)。
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文摘
目的基于分子生物学的微阵列基因表达数据和智能优化算法对白血病肿瘤样本进行分类研究。方法给出基于粒子群优化(PSO)算法用于分类模型的训练和测试,选取含7129个基因的72个白血病基因表达样本,从中选取包含50、100和200个特征基因的3组数据,在不同基因数条件下分别执行10次分类测试。建立基于K-均值算法的分类模型,在同等条件下验证PSO算法分类性能。使用准确率、精确率、召回率、F1值等机器学习指标及Boxplot和Heatmap图谱用于分析对比。结果PSO算法用于分类测试的数据分别含20例急性淋巴细胞白血病(ALL)和14例急性髓细胞白血病(AML)样本。10次分类结果的平均分类准确率均在90%左右;PSO算法的分类准确率并不稳定,10次分类测试中,准确率的平均值和最优值间存在明显差异;ALL亚型的召回率明显高于AML亚型,均接近100%,但AML亚型的精确率明显高于ALL亚型,均接近100%,F1值可比性不大。K-均值算法与PSO算法类似,分类性能随着基因数的增加而降低;K-均值算法在200基因数条件下分类结果较差,分类稳定性和准确率均出现大幅下降,且低于同等条件下PSO算法分类结果;100个基因数条件下,ALL亚型召回率为100%,高于AML亚型;AML亚型精确率为100%,高于ALL亚型;200个基因数条件下,平均值中ALL亚型召回率和F1值高于AML亚型,AML亚型精确率高于ALL亚型,其最优值的统计学指标差异不大。相同白血病肿瘤样本的不同特征基因数条件下,PSO算法可获得较高准确率的分类结果,但分类稳定性不足,整体上优于K-均值算法。结论PSO算法能够应用于白血病基因表达样本的分类研究。
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关键词
基因表达样本分类
白血病
粒子群优化算法
K-均值算法
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Keywords
classification of gene expression samples
leukemia
particle swarm optimization(PSO)
K-means
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分类号
R394
[医药卫生—医学遗传学]
R733.7
[医药卫生—肿瘤]
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题名畜禽肌肉肌苷酸的研究进展
被引量：12
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作者
曹振辉
杨林楠
葛长荣
牛乐宝
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机构
云南农业大学动科院
云南农业大学基础信息工程学院
云南农业大学食品科技学院
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出处
《动物科学与动物医学》
2003年第12期34-35,共2页
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关键词
畜类
禽类
肌肉
肌苷酸
动物营养学
风味物质
遗传因素
饲养水平
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分类号
S852.2
[农业科学—基础兽医学]
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题名共轭亚油酸在动物营养中的应用前景
被引量：3
- 3
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作者
张锦红
葛长荣
杨林楠
黄启超
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机构
云南农业大学
云南农业大学基础信息工程学院
云南农业大学食品科学技术学院
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出处
《动物科学与动物医学》
2003年第12期46-48,共3页
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文摘
本文系统地介绍了共轭亚油酸的结构、来源(天然来源与人工合成),及其在动物营养中的作用。综述了CLA在营养重新分配与对畜禽生长性能及肉品质(胴体组分、腹脂硬度、胴体脂肪酸组分、货架寿命、营养价值、免疫状况)的作用,并展示CLA在动物营养中应用的前景。
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关键词
共轭亚油酸
动物
营养水平
生长性能
肉品质
腹脂硬度
胴体脂肪酸
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分类号
S816.71
[农业科学—饲料科学]
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题名预测酵母内含子中的转录调控元件(英文)
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作者
胡俊
韩莹
毛谨
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机构
云南农业大学基础信息工程学院
云南农业大学外语学院
云南农业大学水利水电与建筑学院
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出处
《云南农业大学学报》
CAS
CSCD
2005年第1期1-5,10,共6页
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基金
云南农业大学青年基金项目 (A2 0 0 2 0 0 2 )
云南农业大学课程建设项目
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文摘
基于酵母基因非编码序列中寡核苷酸的出现频率 ,拟用期望频率法从转录效率较高的内含子序列中提取到一些过表达的寡核苷酸。将提取的寡核苷酸与其它方法获得的结果和试验证实的转录因子结合位点相比较 ,结果显示这些寡核苷酸可能是潜在的转录因子结合位点。
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关键词
内含子
转录调控元件
酵母
期望频率
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Keywords
introns
transcriptional regulatory element
yeast
expected frequency
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分类号
Q74
[生物学—分子生物学]
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