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儿童青少年双相情感障碍相关基因的生物信息学分析
被引量：
10
1
作者
杨超
傅岳文
+2 位作者
张莉
王艳
杨萍
《中国全科医学》
CAS
北大核心
2018年第33期4098-4103,共6页
目的揭示儿童青少年双相情感障碍(PBD)的发病机制,为PBD的基础研究和临床治疗提供新思路。方法 2018年2—7月,分别以"pediatric bipolar disorder sequencing""youth bipolar disorder sequencing"为关键词,在PubMe...
目的揭示儿童青少年双相情感障碍(PBD)的发病机制,为PBD的基础研究和临床治疗提供新思路。方法 2018年2—7月,分别以"pediatric bipolar disorder sequencing""youth bipolar disorder sequencing"为关键词,在PubMed检索2014年1月—2018年7月的文献,共获得32篇文献。挑选其中应用全外显子组测序或转录组测序研究且纳入患者例数超过10例的数据集,经检索筛选共得到5套完整数据集,包含4套全外显子组测序研究(去重之后共计包含175个潜在与PBD风险相关的基因)及1套转录组测序研究(包含41个潜在与PBD风险相关的重要基因)。去重之后的基因按照不同组学方法分成两组:来自全外显子组测序的175个基因(全外显子组)与来自转录组测序的41个基因(转录组),分别使用生物信息软件DAVID、KEGG、Panther、WebGestalt进行每组基因生物学功能(BP)的富集分析,通过KEGG、Panther数据库计算其所富集的通路。结果全外显子组基因富集分析结果显示,共得到9个显著富集的BP分类,发生重要影响功能变异基因的主要作用与阴离子跨膜转运、氯离子运输、胚胎发育、神经管发育模式相关,另有少量基因显著富集与肾上腺发育功能相关。转录组基因富集分析结果显示,共得到10个显著富集的BP分类,发生异常表达的基因主要集中在组蛋白泛素化、甲状腺素合成与水解、蛋白折叠、组蛋白修饰等蛋白合成或水解相关的功能。全外显子组基因在KEGG数据库中显著富集的通路主要为肌醇磷酸盐代谢、磷脂酰肌醇信号系统通路;转录组基因在KEGG数据库中显著富集的通路主要为泛素化调控的蛋白水解通路。全外显子组基因在Panther数据库中显著富集的通路主要包括血管生成相关通路与帕金森疾病类通路;转录组基因在Panther数据库中未见显著富集的通路。结论 PBD患者异常突变的PLCD3、DAG1、APLNR、EPAS1等基因与胚胎发育相关,且该类变异属于遗传自父母的胚系突变;PBD患者中异常突变或表达的基因与磷脂酰肌醇信号系统以及血管生成相关。
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关键词
双相情感障碍
儿童
青少年
基因组学
基因顺序
计算生物学
在线阅读
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职称材料
不同年龄抑郁症患者转录组数据挖掘分析与儿童青少年发病基因的关系
被引量：
4
2
作者
杨超
张莉
+2 位作者
傅岳文
王艳
杨萍
《中国全科医学》
CAS
北大核心
2019年第A01期23-27,共5页
目的分析不同年龄段抑郁症患者转录组基因数据差异水平,发现儿童青少年抑郁症(Major Depressive Disorder,MDD)潜在的致病基因。方法通过GEO(Gene Expression Omnibus)数据库,检索时间为2000年1月1日—2018年10月01日,检索词为'Majo...
目的分析不同年龄段抑郁症患者转录组基因数据差异水平,发现儿童青少年抑郁症(Major Depressive Disorder,MDD)潜在的致病基因。方法通过GEO(Gene Expression Omnibus)数据库,检索时间为2000年1月1日—2018年10月01日,检索词为'Major Depressive Disorder',设定条件为'Homo sapiens','tissue','Expression profiling by high throughput sequencing',共检索到6个相关数据集,经过筛选临床信息符合分析需求且足够完整的数据,得到一篇包括抑郁症患者转录组测序数据文献。从该文献中提取27例抑郁症患者及27例对照组健康人的测序结果及临床信息。患者组按照年龄分为:儿童青少年抑郁症组(13~18岁,3例)、中青年抑郁症组(19~60岁,10例)、老年抑郁症组(61~83岁,14例);对照组按照年龄对应分为儿童青少年对照组(16~18岁,7例)、中青年对照组(19~60岁,12例)和老年对照组(60~80岁,8例)。利用DESeq2软件计算各组差异表达基因。富集分析抑郁症患者中表达上调及表达下调的异常基因的相关生物学过程。结果转录组数据分析共得到抑郁症患者中显著低表达的基因835个,显著高表达的基因584个。表达下调的基因显著富集于防御反应,免疫以及应对外界刺激相关的生物学过程;表达上调的基因显著富集于耳部、动脉、体节等发育相关的功能。对比不同年龄段患者与儿童青少年患者之间的基因表达水平,儿童青少年相比中青年组有336个基因表达下调400个基因表达上调,相比老年组有701个基因表达下调484个基因表达上调。两组对比得到的差异基因取交集后在儿童青少年组中找到255个下调及169个上调的基因。表达下调的基因显著富集于神经元细胞生成,分化等相关的基因,表达上调的基因显著富集于神经肽、G蛋白偶联受体及细胞分泌等通路。结论儿童青少年抑郁症患者发病与神经发育障碍有关,受应激、神经递质影响弱于中青年及老年患者。
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关键词
抑郁症
发病年龄
青少年
转录组
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职称材料
题名
儿童青少年双相情感障碍相关基因的生物信息学分析
被引量：
10
1
作者
杨超
傅岳文
张莉
王艳
杨萍
机构
乌鲁木齐第四人民医院儿童心理科
湖南省脑科
医院
精神科
出处
《中国全科医学》
CAS
北大核心
2018年第33期4098-4103,共6页
基金
乌鲁木齐市卫生计生委科技计划项目(201822)
文摘
目的揭示儿童青少年双相情感障碍(PBD)的发病机制,为PBD的基础研究和临床治疗提供新思路。方法 2018年2—7月,分别以"pediatric bipolar disorder sequencing""youth bipolar disorder sequencing"为关键词,在PubMed检索2014年1月—2018年7月的文献,共获得32篇文献。挑选其中应用全外显子组测序或转录组测序研究且纳入患者例数超过10例的数据集,经检索筛选共得到5套完整数据集,包含4套全外显子组测序研究(去重之后共计包含175个潜在与PBD风险相关的基因)及1套转录组测序研究(包含41个潜在与PBD风险相关的重要基因)。去重之后的基因按照不同组学方法分成两组:来自全外显子组测序的175个基因(全外显子组)与来自转录组测序的41个基因(转录组),分别使用生物信息软件DAVID、KEGG、Panther、WebGestalt进行每组基因生物学功能(BP)的富集分析,通过KEGG、Panther数据库计算其所富集的通路。结果全外显子组基因富集分析结果显示,共得到9个显著富集的BP分类,发生重要影响功能变异基因的主要作用与阴离子跨膜转运、氯离子运输、胚胎发育、神经管发育模式相关,另有少量基因显著富集与肾上腺发育功能相关。转录组基因富集分析结果显示,共得到10个显著富集的BP分类,发生异常表达的基因主要集中在组蛋白泛素化、甲状腺素合成与水解、蛋白折叠、组蛋白修饰等蛋白合成或水解相关的功能。全外显子组基因在KEGG数据库中显著富集的通路主要为肌醇磷酸盐代谢、磷脂酰肌醇信号系统通路;转录组基因在KEGG数据库中显著富集的通路主要为泛素化调控的蛋白水解通路。全外显子组基因在Panther数据库中显著富集的通路主要包括血管生成相关通路与帕金森疾病类通路;转录组基因在Panther数据库中未见显著富集的通路。结论 PBD患者异常突变的PLCD3、DAG1、APLNR、EPAS1等基因与胚胎发育相关,且该类变异属于遗传自父母的胚系突变;PBD患者中异常突变或表达的基因与磷脂酰肌醇信号系统以及血管生成相关。
关键词
双相情感障碍
儿童
青少年
基因组学
基因顺序
计算生物学
Keywords
Bipolar disorder
Child
Adolescent
Genomics
Gene order
Computational biology
分类号
R749.4 [医药卫生—神经病学与精神病学]
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职称材料
题名
不同年龄抑郁症患者转录组数据挖掘分析与儿童青少年发病基因的关系
被引量：
4
2
作者
杨超
张莉
傅岳文
王艳
杨萍
机构
乌鲁木齐第四人民医院儿童心理科
湖南省脑科
医院
精神科
出处
《中国全科医学》
CAS
北大核心
2019年第A01期23-27,共5页
基金
国家自然科学基金(81603512)
湖南省科技创新计划项目(2017SK50313)
+1 种基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金项目(2019D01A13)
乌鲁木齐市卫生计生委科技计划项目(201822)
文摘
目的分析不同年龄段抑郁症患者转录组基因数据差异水平,发现儿童青少年抑郁症(Major Depressive Disorder,MDD)潜在的致病基因。方法通过GEO(Gene Expression Omnibus)数据库,检索时间为2000年1月1日—2018年10月01日,检索词为'Major Depressive Disorder',设定条件为'Homo sapiens','tissue','Expression profiling by high throughput sequencing',共检索到6个相关数据集,经过筛选临床信息符合分析需求且足够完整的数据,得到一篇包括抑郁症患者转录组测序数据文献。从该文献中提取27例抑郁症患者及27例对照组健康人的测序结果及临床信息。患者组按照年龄分为:儿童青少年抑郁症组(13~18岁,3例)、中青年抑郁症组(19~60岁,10例)、老年抑郁症组(61~83岁,14例);对照组按照年龄对应分为儿童青少年对照组(16~18岁,7例)、中青年对照组(19~60岁,12例)和老年对照组(60~80岁,8例)。利用DESeq2软件计算各组差异表达基因。富集分析抑郁症患者中表达上调及表达下调的异常基因的相关生物学过程。结果转录组数据分析共得到抑郁症患者中显著低表达的基因835个,显著高表达的基因584个。表达下调的基因显著富集于防御反应,免疫以及应对外界刺激相关的生物学过程;表达上调的基因显著富集于耳部、动脉、体节等发育相关的功能。对比不同年龄段患者与儿童青少年患者之间的基因表达水平,儿童青少年相比中青年组有336个基因表达下调400个基因表达上调,相比老年组有701个基因表达下调484个基因表达上调。两组对比得到的差异基因取交集后在儿童青少年组中找到255个下调及169个上调的基因。表达下调的基因显著富集于神经元细胞生成,分化等相关的基因,表达上调的基因显著富集于神经肽、G蛋白偶联受体及细胞分泌等通路。结论儿童青少年抑郁症患者发病与神经发育障碍有关,受应激、神经递质影响弱于中青年及老年患者。
关键词
抑郁症
发病年龄
青少年
转录组
Keywords
Major Depressive Disorder
Age of onset
Children and adolescents
Transcriptome
分类号
R749.4 [医药卫生—神经病学与精神病学]
TP311.13 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
儿童青少年双相情感障碍相关基因的生物信息学分析
杨超
傅岳文
张莉
王艳
杨萍
《中国全科医学》
CAS
北大核心
2018
10
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
不同年龄抑郁症患者转录组数据挖掘分析与儿童青少年发病基因的关系
杨超
张莉
傅岳文
王艳
杨萍
《中国全科医学》
CAS
北大核心
2019
4
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