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利用高密度SNP芯片评估中国地方肉牛品种基因组亲缘关系
被引量：
9
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作者
马浩然
张路培
+6 位作者
金生云
宝金山
李红艳
高会江
徐凌洋
王泽昭
李俊雅
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期4174-4185,共12页
旨在在系统对比分析亲缘关系不同计算方法基础上探索适合我国肉牛地方品种的亲缘关系评估方法。本研究主要以柴达木牛等10个肉牛地方品种为研究对象,使用重抽样方法获得地方品种的模拟数据,以此为基础使用PCA聚类结果为参照,分别利用预...
旨在在系统对比分析亲缘关系不同计算方法基础上探索适合我国肉牛地方品种的亲缘关系评估方法。本研究主要以柴达木牛等10个肉牛地方品种为研究对象,使用重抽样方法获得地方品种的模拟数据,以此为基础使用PCA聚类结果为参照,分别利用预测误差方差、广义决定系数、预测误差相关系数及SNP与QTL的连锁一致性程度系统对比了不同评估方法对地方品种亲缘关系的分类结果,并探索了遗传力因素对不同亲缘关系评估方法的影响。通过PCA分析可知10个肉牛地方品种可分为3大类,分别为北方牛品种(柴达木牛、西藏牛、蒙古牛以及延黄牛)、南方牛品种(文山牛、南丹牛以及雷琼牛)和西南牛品种(平武牛、凉山牛以及昭通牛),该分类结果与上述品种地理分布较为一致。与PCA结果对比发现,基于LD一致性的亲缘关系评估方法的评估结果与PCA聚类结果一致,且该方法能够使用皮尔逊相关系数量化品种间亲缘关系,具有较好的准确性。PEVD法、CD法与r法3种方法与上述方法相比评估群体间亲缘关系时容易受到性状估计育种值的误差方差影响,从而造成种间亲缘关系评估结果出现误差。评估结果影响因素分析发现,PEVD法、CD法和r法与PCA和LD一致性评估法相比,易受到评估性状遗传力的影响,评估结果稳定较差。而PCA和LD一致性评估法由于仅依赖基因组数据,不受到遗传力影响,能够更稳定的量化评估品种间亲缘关系,具有更好的可靠性。因此,基于LD一致性评估方法结果可准确量化评估肉牛品种间亲缘关系且评估结果稳定性较高。
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关键词
多品种基因组选择
亲缘关系
肉牛地方品种
高密度SNP芯片
连锁不平衡
在线阅读
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职称材料
题名
利用高密度SNP芯片评估中国地方肉牛品种基因组亲缘关系
被引量：
9
1
作者
马浩然
张路培
金生云
宝金山
李红艳
高会江
徐凌洋
王泽昭
李俊雅
机构
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所牛遗传育种创新团队
乌拉盖管理区农牧技术推广中心
乌拉
盖
管理区
供销合作社
内蒙古通辽市畜牧业发展
中心
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期4174-4185,共12页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(32102505)
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2022-YWF-ZYSQ-02)
+1 种基金
内蒙古自治区“科技兴蒙”行动重点专项(KJXM2020002-01)
财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系资助(CARS-37)。
文摘
旨在在系统对比分析亲缘关系不同计算方法基础上探索适合我国肉牛地方品种的亲缘关系评估方法。本研究主要以柴达木牛等10个肉牛地方品种为研究对象,使用重抽样方法获得地方品种的模拟数据,以此为基础使用PCA聚类结果为参照,分别利用预测误差方差、广义决定系数、预测误差相关系数及SNP与QTL的连锁一致性程度系统对比了不同评估方法对地方品种亲缘关系的分类结果,并探索了遗传力因素对不同亲缘关系评估方法的影响。通过PCA分析可知10个肉牛地方品种可分为3大类,分别为北方牛品种(柴达木牛、西藏牛、蒙古牛以及延黄牛)、南方牛品种(文山牛、南丹牛以及雷琼牛)和西南牛品种(平武牛、凉山牛以及昭通牛),该分类结果与上述品种地理分布较为一致。与PCA结果对比发现,基于LD一致性的亲缘关系评估方法的评估结果与PCA聚类结果一致,且该方法能够使用皮尔逊相关系数量化品种间亲缘关系,具有较好的准确性。PEVD法、CD法与r法3种方法与上述方法相比评估群体间亲缘关系时容易受到性状估计育种值的误差方差影响,从而造成种间亲缘关系评估结果出现误差。评估结果影响因素分析发现,PEVD法、CD法和r法与PCA和LD一致性评估法相比,易受到评估性状遗传力的影响,评估结果稳定较差。而PCA和LD一致性评估法由于仅依赖基因组数据,不受到遗传力影响,能够更稳定的量化评估品种间亲缘关系,具有更好的可靠性。因此,基于LD一致性评估方法结果可准确量化评估肉牛品种间亲缘关系且评估结果稳定性较高。
关键词
多品种基因组选择
亲缘关系
肉牛地方品种
高密度SNP芯片
连锁不平衡
Keywords
multi-breed genomic selection
relationship
indigenous beef cattle breed
high-density SNP chip
linkage disequilibrium
分类号
S823.2 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用高密度SNP芯片评估中国地方肉牛品种基因组亲缘关系
马浩然
张路培
金生云
宝金山
李红艳
高会江
徐凌洋
王泽昭
李俊雅
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
9
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