题名 独蒜兰属叶绿体基因组序列及密码子偏好性分析
被引量:1
1
作者
陶爱恩
尹成龙
李娅波
张玥
海永林
赵飞亚
机构
丽江文化旅游学院医学院
大理大学药学院
出处
《西南林业大学学报(自然科学)》
北大核心
2025年第2期66-75,共10页
基金
云南省科技厅基础研究计划面上项目(202101AT070001)资助
云南省教育厅科学研究基金项目(2022J1214)资助
+3 种基金
云南省大学生创新创业训练计划项目(SC20201332804,SC20211332803,SC202213328004)资助
丽江市科技计划项目(2023LJSNK09)资助
丽江市中青年学术和技术带头人后备人才项目资助
校级中青年学术和技术带头人后备人才项目资助。
文摘
为探讨独蒜兰属叶绿体基因组中密码子的使用模式,选取独蒜兰属的16个物种作为研究对象,通过使用Codon W 1.4.2软件以及在线工具CUSP,分析了独蒜兰属密码子的GC含量、相对密码子使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)等参数,并进行了中性绘图、PR2-plot和最优密码子的分析。结果表明:16个物种在密码子的GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)和GC_(all)含量方面相对接近,同时每个物种均体现出GC_(1)的含量大于GC_(2)和GC_(3),表明独蒜兰属植物同一物种的GC含量在不同密码子位置分布上存在不均匀性,且倾向于以A/U作为密码子的结尾。此外,所有物种的ENC值均超过35,说明独蒜兰属的密码子偏好性较弱。由此可见,独蒜兰属植物叶绿体基因组中密码子的使用偏好主要受到自然选择的影响。通过相对使用度(RSCU)和ENC值的筛选,识别出10~22个最优密码子,其中大多数以A/U结尾。
关键词
独蒜兰属
叶绿体
基因组
密码子
偏好性
Keywords
Pleione
chloroplast
genome
codon
preference
分类号
S682.31
[农业科学—观赏园艺]
题名 3种毛蕊花属植物叶绿体基因组密码子偏好性研究
2
作者
尹成龙
许灵杰
张玥
海永林
赵飞亚
陶爱恩
机构
丽江文化旅游学院医学院
大理大学药学院
出处
《西南林业大学学报(自然科学)》
北大核心
2025年第3期82-92,共11页
基金
云南省科技厅基础研究计划面上项目(202101AT070001)资助
云南省教育厅科学研究基金项目(2022J1214)资助
+3 种基金
云南省大学生创新创业训练计划项目(SC20201332804、SC20211332803、SC202213328004)资助
丽江市科技计划项目(2022LJSHFZ010)资助
丽江市中青年学术和技术带头人后备人才项目资助
校级中青年学术和技术带头人后备人才项目资助。
文摘
为探究毛蕊花属植物叶绿体基因组的密码子使用偏性及其影响偏性主要的因素,从NCBI数据库中下载得到毛蕊花、紫毛蕊花、准噶尔毛蕊花的叶绿体基因组蛋白编码序列(CDS),使用Geneious v.7.1.3生物信息学软件挑选剔除重复、长度小于300 bp的CDS用于后续分析。利用Codon W 1.4.2、CUSP及SPSS 26等软件分析有效密码子数(ENC),同义密码子相对使用度(RSCU),基因密码子第1、2、3位碱基的GC含量(分别表示为GC_(1)GC_(2)、GC_(3))及平均GC含量(GC_(all))等指标;并通过中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析的多元统计,对3种毛蕊花属植物叶绿体基因组密码子的使用模式偏好性进行分析并筛选最优密码子。结果表明:3种毛蕊花属植物的叶绿体全基因组分别长153338、153348、153291 bp,3种毛蕊花属植物蛋白编码基因的ENC值均超过35,说明3种毛蕊花属植物叶绿体基因组的密码子偏好性较弱;密码子各位置的GCall分别为38.31%、38.00%、38.00%,且毛蕊花GC_(1)(46.83%)>GC_(2)(39.63%)>GC_(3)(28.49%);同理,紫毛蕊花GC_(1)(46.12%)>GC_(2)(38.40%)>GC_(3)(29.50%);准噶尔毛蕊花GC_(1)(46.07%)>GC_(2)(38.38%)>GC_(3)(29.56%),表明GC含量在不同物种不同位置的分布不均匀。因此,自然选择是影响3种毛蕊花属植物叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素。此外,利用RSCU和ENC值在毛蕊花、紫毛蕊花、准噶尔毛蕊花中分别筛选出11、15个和11个最优密码子,其中共同的最优密码子有9个,分别是AUA、UCC、GCC、AAU、GAU、UGC、UGA、CGU、AGU,且大部分以A/U结尾。
关键词
叶绿体
基因组
密码子
偏好性
毛蕊花
紫毛蕊花
准噶尔毛蕊花
Keywords
chloroplast
genome
codon
preference
Verbascum thapsus
Verbascum phoeniceum
Verbascum songaricum
分类号
S567.23
[农业科学—中草药栽培]
题名 荨麻科3种植物叶绿体基因组及密码子偏好性分析
3
作者
陶爱恩
玉旺
尹成龙
李娅波
张玥
海永林
机构
丽江文化旅游学院医学院
大理大学药学院
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2025年第12期48-57,共10页
基金
云南省教育厅科学研究基金(编号:2022J1214)
丽江市中青年学术和技术带头人后备人才项目
校级中青年学术和技术带头人后备人才项目。
文摘
以3种荨麻科植物为材料,分析其叶绿体基因组和密码子偏好及偏好性主要影响因素。利用IlluminaHiseq平台进行测序,再将组装注释之后的序列提交到NCBI数据库。从NCBI数据库中下载得到叶绿体基因组数据后,进行中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析等多元统计分析,并在Geneious v.7.1.3中筛选剔除重复、长度小于300 bp的蛋白编码基因后,通过CodonW 1.4.2、MISA等在线软件对各蛋白质编码基因的密码子进行分析,筛选出最优密码子,判断密码子偏好性及其影响因素。结果发现,3种荨麻科植物叶绿体全基因组总长度分别为159 086、149 149、153 911 bp,相对同义密码子使用度>1密码子的分别有30、32、30个,且使用频率较大的密码子大多以A和U结尾;中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析结果表明,自然选择是影响3种荨麻科植物叶绿体基因组的密码子偏好性的主要因素。此外,根据ΔRSCU≥0.08、RSCU>1筛选得到,糯米草、艾麻、小果旋带麻分别有8、17、12个最优密码子。研究结果可为开展目的基因改造、优异种质筛选、育种等提供一定的理论基础。
关键词
荨麻科
叶绿体
基因组
密码子偏好性
同义密码子
最优密码子
分类号
S188
[农业科学—农业基础科学]
题名 红花多糖提取工艺、结构特征及药理活性研究进展
4
作者
简志敏
张玲声
钟雪铧
赵飞亚
李婧炜
陶爱恩
机构
丽江文化旅游学院医学院
出处
《中华中医药学刊》
2025年第9期50-57,I0016,共9页
基金
国家自然科学基金地区科学基金项目(81760636)
云南省科技厅基础研究计划立项项目(202301AT070899)
+1 种基金
云南省科技厅基础研究计划面上项目(202101AT070001)
丽江市中青年学术和技术带头人后备人才支持项目(2022xshb05)。
文摘
红花(Carthamus tinctorius L.)为菊科草本植物,属于药食两用植物,具有活血通经、散瘀止痛的功效,迄今为止从红花中分离获得多种化学成分,涉及黄酮、生物碱、聚炔、亚精胺、多糖及无机元素等,以黄酮类化合物最多,具有抗心脑血管、免疫调节、抗炎镇痛、抗肿瘤、抗氧化等多种药理活性。红花多糖是红花的主要药效成分之一。具有免疫调节,抗肿瘤,抗氧化等药理活性,尤其以抗肿瘤作用最为突出,具有潜在研究与开发价值。为此,该研究从提取工艺、分离纯化、结构特征、药理活性和分子机制等方面进行阐释,其中,详细介绍了红花多糖的结构特征。同时,综述了红花多糖的体内、体外和临床生物活性,并对其生物活性的可能机制进行了探讨。最后,对今后的研究工作提出了新的展望为今后红花多糖的研究提出了新的有价值的见解,为红花多糖资源化学成分利用提供参考。
关键词
红花多糖
提取工艺
分离纯化
结构鉴定
药理作用
分子机制
Keywords
Honghua(Carthamus tinctorius L.)polysaccharides
extraction process
separation and purification
structural i-dentification
pharmacological effects
molecular mechanism
分类号
R285.5
[医药卫生]
题名 民族药象牙参属叶绿体基因组密码子偏好性分析
5
作者
赵飞亚
刘星雨
张捷
陶爱恩
机构
丽江文化旅游学院医学院
出处
《西南林业大学学报(自然科学)》
2025年第4期72-80,共9页
基金
云南省科技厅基础研究计划面上项目(202101AT070001)资助
云南省大学生创新创业训练计划项目(SC20201332804、SC20211332803、SC202213328004)资助
+1 种基金
丽江市科技计划项目(2022LJSHFZ010)资助
丽江市中青年学术和技术带头人后备人才项目资助。
文摘
为探讨象牙参属植物的叶绿体基因组中密码子的使用偏好及其相关影响因素,收集了3种象牙参属植物的叶绿体基因组数据,通过Codon W和CUSP软件计算密码子组成参数,并利用ENC-plot、RP2-plot和中性绘图等多种方法进行分析。结果表明:3种象牙参属植物的叶绿体基因组密码子使用模式大体相似,且其偏好性以A/U结尾。此外,3种植物的蛋白编码基因ENC值均超过35,说明象牙参属植物的密码子偏好性较弱。中性绘图、ENC-Plot及PR2-Plot分析的结果进一步表明,自然选择是影响象牙参属植物密码子使用偏好的主要因素。通过筛选,得到了藏象牙参、大花象牙参和高山象牙参的最优密码子,数量分别为9、11个和12个,共同拥有6个密码子,具体为CUU、UCA、ACA、GCA、UAA和AGA。因此,象牙参属植物叶绿体基因组的密码子使用模式主要受到突变压力和自然选择的共同影响。
关键词
叶绿体基因组
象牙参属
密码子偏好性
最优密码子
Keywords
chloroplast genome
Roscoea
codon usage bias
optimal codon
分类号
Q349.55
[生物学]