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DA-GAN肺结节分割网络研究
被引量:
3
1
作者
赵俊强
李骥
+3 位作者
王昌
刘华楠
李南艾
吴星阳
《中国测试》
CAS
北大核心
2022年第9期118-124,共7页
为提高肺结节分割的精度,解决分割过程中的隐识别问题,该文提出双注意力生成对抗网络(doubleattention generative adversarial network,DA-GAN),通过在训练过程中捕捉信息的上下文依赖性和局部一致性,实现肺结节分割的高完整度以及高...
为提高肺结节分割的精度,解决分割过程中的隐识别问题,该文提出双注意力生成对抗网络(doubleattention generative adversarial network,DA-GAN),通过在训练过程中捕捉信息的上下文依赖性和局部一致性,实现肺结节分割的高完整度以及高精度。该方法将自注意力机制引入生成器,使高分辨率特征图中的关键信息保留到低分辨率特征图中,实现上下文特征图之间长距离的依赖性,产生病灶区域的特征表示,使得分割图准确地保留肺结节区域,提高分割精度。同时,还强调肺结节区域的局部特征,增强分割结果图中结节位置的准确度。在语义分割的指导下,使用2个独立的判别器来区分肺结节的不同区域,即中心区域和边缘区域。通过在生成器和判别器中引入这两种互补的注意力机制,使网络可以学习到更丰富准确的特征表示,生成更精细的研磨图像,即准确的结节中心和边缘纹理。实验结果表明,对边缘多变且模糊的磨玻璃型结节的分割效果也较以往的算法得到很大程度的提升。通过定量和定性的实验结果证明该方法的有效性,获得约91.27%的像素准确率。
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关键词
肺结节分割
自注意力机制
生成对抗网络
上下文信息
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职称材料
Mtb_G5K同源建模及其与[3,2-c]喹啉对接研究
被引量:
1
2
作者
刘鸿仪
杨敏
+3 位作者
陈依帆
贺子豪
张松杰
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第7期1200-1206,共7页
结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb...
结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb_G5K)的一级序列,采用同源模建的方法构建Mtb_G5K蛋白三维结构并对其优化,运用三种方法分别对模型的各个方面进行评估,从而得到合理的蛋白质三维模型;构建小分子并将其能量最小化获得药物分子的最低能量构象,用Autodock将小分子对接到Mtb_G5K的活性位点;分析探讨[3,2-c]喹啉类小分子结合模式,观察蛋白与小分子之间的相互作用并预测具有稳定结合的高活性药物,从而推断出喹啉环的取代基采用相对分子质量较大的官能团能够增强药物小分子的酶催化活性。本研究结果对将来抗结核小分子的研发设计提供了新的思路。
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关键词
结核分枝杆菌
谷氨酸激酶
活化剂
同源建模
分子对接
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职称材料
题名
DA-GAN肺结节分割网络研究
被引量:
3
1
作者
赵俊强
李骥
王昌
刘华楠
李南艾
吴星阳
机构
新乡
医学
院
新乡市智能影像诊断
工程
技术
研究中心
新乡市
医学
VR(AR)与智能反馈重点
实验室
临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室
郑州大学第一附属医院
出处
《中国测试》
CAS
北大核心
2022年第9期118-124,共7页
基金
河南省教育教学改革重点课题(2021SJGLX217)
河南省教育科学“十四五”规划重点课题(2021JKZD09)
+2 种基金
河南省科技攻关项目(222102310615)
河南省省部共建重点课题(SBGJ202102189)
新乡医学院第一附属医院开放课题(XZZX2022011)。
文摘
为提高肺结节分割的精度,解决分割过程中的隐识别问题,该文提出双注意力生成对抗网络(doubleattention generative adversarial network,DA-GAN),通过在训练过程中捕捉信息的上下文依赖性和局部一致性,实现肺结节分割的高完整度以及高精度。该方法将自注意力机制引入生成器,使高分辨率特征图中的关键信息保留到低分辨率特征图中,实现上下文特征图之间长距离的依赖性,产生病灶区域的特征表示,使得分割图准确地保留肺结节区域,提高分割精度。同时,还强调肺结节区域的局部特征,增强分割结果图中结节位置的准确度。在语义分割的指导下,使用2个独立的判别器来区分肺结节的不同区域,即中心区域和边缘区域。通过在生成器和判别器中引入这两种互补的注意力机制,使网络可以学习到更丰富准确的特征表示,生成更精细的研磨图像,即准确的结节中心和边缘纹理。实验结果表明,对边缘多变且模糊的磨玻璃型结节的分割效果也较以往的算法得到很大程度的提升。通过定量和定性的实验结果证明该方法的有效性,获得约91.27%的像素准确率。
关键词
肺结节分割
自注意力机制
生成对抗网络
上下文信息
Keywords
pulmonary nodule segmentation
self-attention mechanism
generative adversarial network
context dependence
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
Mtb_G5K同源建模及其与[3,2-c]喹啉对接研究
被引量:
1
2
作者
刘鸿仪
杨敏
陈依帆
贺子豪
张松杰
徐永涛
机构
新乡
医学
院
生物医学
工程
学院
新乡市
生物医学
信息研究重点
实验室
临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室
出处
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第7期1200-1206,共7页
基金
国家自然科学基金项目(21603180)资助
新乡医学院科研启动经费(505060,505144)资助
新乡医学院研究生创新课题支持项目(YJSCX201917Z)资助。
文摘
结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb_G5K)的一级序列,采用同源模建的方法构建Mtb_G5K蛋白三维结构并对其优化,运用三种方法分别对模型的各个方面进行评估,从而得到合理的蛋白质三维模型;构建小分子并将其能量最小化获得药物分子的最低能量构象,用Autodock将小分子对接到Mtb_G5K的活性位点;分析探讨[3,2-c]喹啉类小分子结合模式,观察蛋白与小分子之间的相互作用并预测具有稳定结合的高活性药物,从而推断出喹啉环的取代基采用相对分子质量较大的官能团能够增强药物小分子的酶催化活性。本研究结果对将来抗结核小分子的研发设计提供了新的思路。
关键词
结核分枝杆菌
谷氨酸激酶
活化剂
同源建模
分子对接
Keywords
mycobacterium tuberculosis
glutamate kinase
activator
homology modeling
molecular docking
分类号
O643.1 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
DA-GAN肺结节分割网络研究
赵俊强
李骥
王昌
刘华楠
李南艾
吴星阳
《中国测试》
CAS
北大核心
2022
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
Mtb_G5K同源建模及其与[3,2-c]喹啉对接研究
刘鸿仪
杨敏
陈依帆
贺子豪
张松杰
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
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职称材料
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