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基于加权基因共表达网络分析筛选全身炎症反应综合征相关急性肾损伤基因
被引量：
2
1
作者
刘新园
阳光
程青
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期446-453,共8页
目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法和STEM趋势基因聚类筛选出与全身炎症反应综合征相关急性肾损伤(S-AKI)发生相关的关键基因,为今后的研究提供线索。方法从GEO数据库获得数据集GSE67401(下载时间:2020.12.28),采用WGCNA方法和...
目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法和STEM趋势基因聚类筛选出与全身炎症反应综合征相关急性肾损伤(S-AKI)发生相关的关键基因,为今后的研究提供线索。方法从GEO数据库获得数据集GSE67401(下载时间:2020.12.28),采用WGCNA方法和STEM趋势基因聚类对GSE67401数据集中133例全身炎症反应综合征患者基因表达进行分析;筛选出与全身炎症反应综合征发生相关急性肾损伤和肾损伤严重程度相关的有效生物标记物并分析其功能。结果基于WGCNA算法筛选GREEN模块作为核心模块,通过GO和KEGG分析提示GREEN模块主要涉及自噬、细胞因子释放和细胞形态调控等功能和信号通路。通过对模块中基因深入分析,并结合STEM趋势基因聚类筛选出了CANT1和RAB37可以作为有效的生物标记物。CANT1(非AKI组,117.3±7.3 vs.AKI组,90.6±6.1,P<0.01;AUC=0.65,P<0.01)和RAB37基因(非AKI组,9.036±0.032 vs.AKI组,8.857±0.067,P=0.02;AUC=0.61,P=0.04)在未发生AKI组中表达较发生AKI患者中高表达。CANT1(AUC=0.69,P<0.01)和RAB37(AUC=0.65,P=0.03)基因在预测全身炎症性反应综合征是否需要血透时也有较好的效果。相关性分析提示,CANT1和RAB37基因表达和AKI级别显著相关(CANT1:R~2=0.72,P<0.01;RAB37:R~2=0.78,P<0.01)。GSEA分析提示上述基因均涉及溶酶体通路。结论基于WGCNA筛出的CANT1和RAB37与全身炎症反应综合征相关急性肾损伤发生和AKI分级相关,可为全身炎症反应综合征相关急性肾损伤发生和AKI分级的研究提供参考。
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关键词
全身炎症反应相关急性肾损伤
GEO数据库
WGCNA
CANT1
RAB37
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职称材料
题名
基于加权基因共表达网络分析筛选全身炎症反应综合征相关急性肾损伤基因
被引量：
2
1
作者
刘新园
阳光
程青
机构
泰康同济(武汉)
医院
急诊
科
中部战区总医院老年病科
出处
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期446-453,共8页
基金
湖北省卫生健康委员会科研项目(No.WJ2019M260)。
文摘
目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法和STEM趋势基因聚类筛选出与全身炎症反应综合征相关急性肾损伤(S-AKI)发生相关的关键基因,为今后的研究提供线索。方法从GEO数据库获得数据集GSE67401(下载时间:2020.12.28),采用WGCNA方法和STEM趋势基因聚类对GSE67401数据集中133例全身炎症反应综合征患者基因表达进行分析;筛选出与全身炎症反应综合征发生相关急性肾损伤和肾损伤严重程度相关的有效生物标记物并分析其功能。结果基于WGCNA算法筛选GREEN模块作为核心模块,通过GO和KEGG分析提示GREEN模块主要涉及自噬、细胞因子释放和细胞形态调控等功能和信号通路。通过对模块中基因深入分析,并结合STEM趋势基因聚类筛选出了CANT1和RAB37可以作为有效的生物标记物。CANT1(非AKI组,117.3±7.3 vs.AKI组,90.6±6.1,P<0.01;AUC=0.65,P<0.01)和RAB37基因(非AKI组,9.036±0.032 vs.AKI组,8.857±0.067,P=0.02;AUC=0.61,P=0.04)在未发生AKI组中表达较发生AKI患者中高表达。CANT1(AUC=0.69,P<0.01)和RAB37(AUC=0.65,P=0.03)基因在预测全身炎症性反应综合征是否需要血透时也有较好的效果。相关性分析提示,CANT1和RAB37基因表达和AKI级别显著相关(CANT1:R~2=0.72,P<0.01;RAB37:R~2=0.78,P<0.01)。GSEA分析提示上述基因均涉及溶酶体通路。结论基于WGCNA筛出的CANT1和RAB37与全身炎症反应综合征相关急性肾损伤发生和AKI分级相关,可为全身炎症反应综合征相关急性肾损伤发生和AKI分级的研究提供参考。
关键词
全身炎症反应相关急性肾损伤
GEO数据库
WGCNA
CANT1
RAB37
Keywords
S-AKI
GEO database
WGCNA
CANT1
RAB37
分类号
R691.6 [医药卫生—泌尿科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
基于加权基因共表达网络分析筛选全身炎症反应综合征相关急性肾损伤基因
刘新园
阳光
程青
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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