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基于高通量测序方法分析荣成月湖潮间带趋磁细菌多样性
被引量：
2
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作者
张文燕
潘红苗
+4 位作者
董逸
杜海舰
陈一然
吴龙飞
肖天
《海洋科学》
CAS
北大核心
2019年第3期1-10,共10页
摘要:荣成月湖是一个典型天然潟湖,潮间带沉积物中存在多种形态趋磁细菌。通过Roche454高通量测序平台,对沉积物样品(B_S)和磁收样品(B_M)进行16SrRNA基因高通量测序,认识荣成潮间带沉积物的细菌群落结构,并了解趋磁细菌多样性及系统进...
摘要:荣成月湖是一个典型天然潟湖,潮间带沉积物中存在多种形态趋磁细菌。通过Roche454高通量测序平台,对沉积物样品(B_S)和磁收样品(B_M)进行16SrRNA基因高通量测序,认识荣成潮间带沉积物的细菌群落结构,并了解趋磁细菌多样性及系统进化地位。研究结果表明沉积物样品中主要的细菌类群为δ-变形菌纲,占总细菌数的26.4%,其次是γ-变形菌纲和α-变形菌纲;而磁收样品中细菌多样性和种类明显降低,以α-变形菌纲占绝对优势,相对比例达72.6%。在磁收样品和沉积物样品分别发现了1612条和186条reads与趋磁细菌相关,分别占细菌总数的5.76%和0.85%,磁收样品中趋磁细菌数是沉积物样品的6.8倍。对两个样品中获得的趋磁细菌序列进行系统进化分析,发现这些序列多数属于变形菌门的α-变形菌纲,以趋磁球菌占绝对优势,少数属于δ-变形菌纲,与多细胞趋磁原核生物亲缘关系最近。海洋趋磁螺菌属仅在B_M样品中检出,趋磁弧菌属在B_M样品优势度高于B_S样品,而多细胞趋磁原核生物和趋磁螺菌属在B_S样品中优势度更高。通过分析样品间的差异OTUs,认为荣成潮间带沉积物中可能存在大量未知的趋磁细菌新类群。研究结果为下一步培养和开发趋磁细菌这一功能菌群,发现趋磁细菌新类群及趋磁细菌生态功能提供了基础资料。
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关键词
潮间带
多样性
趋磁细菌
高通量测序
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职称材料
题名
基于高通量测序方法分析荣成月湖潮间带趋磁细菌多样性
被引量：
2
1
作者
张文燕
潘红苗
董逸
杜海舰
陈一然
吴龙飞
肖天
机构
中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点
实验室
青岛海洋科学与技术试点国家
实验室
海洋生态与环境科学功能
实验室
中国科学院大学
中国科学院海洋大科学研究中心
中法趋磁多细胞生物进化与发育联合实验室
法国科研中心地中海微
生物
研究所
出处
《海洋科学》
CAS
北大核心
2019年第3期1-10,共10页
基金
国家自然科学基金项目(No.41776131,41776130)
国家自然科学基金-山东联合基金(U1606404,U1706208)~~
文摘
摘要:荣成月湖是一个典型天然潟湖,潮间带沉积物中存在多种形态趋磁细菌。通过Roche454高通量测序平台,对沉积物样品(B_S)和磁收样品(B_M)进行16SrRNA基因高通量测序,认识荣成潮间带沉积物的细菌群落结构,并了解趋磁细菌多样性及系统进化地位。研究结果表明沉积物样品中主要的细菌类群为δ-变形菌纲,占总细菌数的26.4%,其次是γ-变形菌纲和α-变形菌纲;而磁收样品中细菌多样性和种类明显降低,以α-变形菌纲占绝对优势,相对比例达72.6%。在磁收样品和沉积物样品分别发现了1612条和186条reads与趋磁细菌相关,分别占细菌总数的5.76%和0.85%,磁收样品中趋磁细菌数是沉积物样品的6.8倍。对两个样品中获得的趋磁细菌序列进行系统进化分析,发现这些序列多数属于变形菌门的α-变形菌纲,以趋磁球菌占绝对优势,少数属于δ-变形菌纲,与多细胞趋磁原核生物亲缘关系最近。海洋趋磁螺菌属仅在B_M样品中检出,趋磁弧菌属在B_M样品优势度高于B_S样品,而多细胞趋磁原核生物和趋磁螺菌属在B_S样品中优势度更高。通过分析样品间的差异OTUs,认为荣成潮间带沉积物中可能存在大量未知的趋磁细菌新类群。研究结果为下一步培养和开发趋磁细菌这一功能菌群,发现趋磁细菌新类群及趋磁细菌生态功能提供了基础资料。
关键词
潮间带
多样性
趋磁细菌
高通量测序
Keywords
intertidal zone
diversity
magnetotactic bacteria
high-throughput sequencing
分类号
Q939.99 [生物学—微生物学]
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题名
作者
出处
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1
基于高通量测序方法分析荣成月湖潮间带趋磁细菌多样性
张文燕
潘红苗
董逸
杜海舰
陈一然
吴龙飞
肖天
《海洋科学》
CAS
北大核心
2019
2
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