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脓毒症患者中性粒细胞差异表达基因及信号通路的生物信息学分析
被引量：
6
1
作者
何诚成
张迎春
+7 位作者
段勇
余江
罗波
江南
梁雨
曾静媛
郑小莉
鲜玉军
《细胞与分子免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期481-490,共10页
目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包...
目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包筛选鉴定出中性粒细胞差异表达基因(DEG)。通过两两交集,得到共93个DEG,进一步用DAVID、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba应用程序等多种方法进行基因功能和通路富集分析、PPI网络分析和关键基因分析。结果确定中性粒细胞最重要的关键DEG,包括Toll样受体2(TLR2)、原癌基因SRC、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素1受体2(IL1R2)、抑制蛋白β1(ARRB1)、白细胞介素1受体相关激酶3(IRAK3)、白细胞介素18受体1(IL18R1)、白细胞介素18受体相关蛋白(IL18RAP)、丝氨酸/苏氨酸激酶17b(STK17B);发现了一些涉及脓毒症患者致病相关的通路以及免疫相关的生物学过程。结论这些基因可能通过多种信号通路引起脓毒症的发生发展。
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关键词
脓毒症
中性粒细胞
差异表达基因
关键基因
蛋白相互作用网络
功能富集分析
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职称材料
题名
脓毒症患者中性粒细胞差异表达基因及信号通路的生物信息学分析
被引量：
6
1
作者
何诚成
张迎春
段勇
余江
罗波
江南
梁雨
曾静媛
郑小莉
鲜玉军
机构
西南医科大学基础医学院
中江县
人民医院
急诊科
中江县人民医院神经内科
西南医科大学附属中
医院
综合
内科
出处
《细胞与分子免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期481-490,共10页
基金
国家自然科学基金(31470041)
泸州市科技局项目[2015LZCYD-S07(1/5)]
中江县经济信息化和科技局科技计划项目(2018年度)
文摘
目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包筛选鉴定出中性粒细胞差异表达基因(DEG)。通过两两交集,得到共93个DEG,进一步用DAVID、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba应用程序等多种方法进行基因功能和通路富集分析、PPI网络分析和关键基因分析。结果确定中性粒细胞最重要的关键DEG,包括Toll样受体2(TLR2)、原癌基因SRC、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素1受体2(IL1R2)、抑制蛋白β1(ARRB1)、白细胞介素1受体相关激酶3(IRAK3)、白细胞介素18受体1(IL18R1)、白细胞介素18受体相关蛋白(IL18RAP)、丝氨酸/苏氨酸激酶17b(STK17B);发现了一些涉及脓毒症患者致病相关的通路以及免疫相关的生物学过程。结论这些基因可能通过多种信号通路引起脓毒症的发生发展。
关键词
脓毒症
中性粒细胞
差异表达基因
关键基因
蛋白相互作用网络
功能富集分析
Keywords
sepsis
neutrophils
differentially expressed genes
hub genes
protein-protein interaction network
function enrichment analysis
分类号
R459.7 [医药卫生—急诊医学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
脓毒症患者中性粒细胞差异表达基因及信号通路的生物信息学分析
何诚成
张迎春
段勇
余江
罗波
江南
梁雨
曾静媛
郑小莉
鲜玉军
《细胞与分子免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019
6
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