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增生性瘢痕与正常皮肤组织差异表达基因的筛选与生物信息学分析
被引量：
11
1
作者
胡洋红
胡杨柳
+2 位作者
刘德伍
俞建兴
刘德明
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第7期939-944,共6页
目的比较人增生性瘢痕与正常皮肤组织中mRNA表达谱的差异,并对差异基因行生物信息分析,从分子水平全面探讨增生性瘢痕的发病机制,为临床治疗提供新靶点。方法收集我院手术切除增生性瘢痕及其邻近正常皮肤组织各3例,采用Trizol试剂提取总...
目的比较人增生性瘢痕与正常皮肤组织中mRNA表达谱的差异,并对差异基因行生物信息分析,从分子水平全面探讨增生性瘢痕的发病机制,为临床治疗提供新靶点。方法收集我院手术切除增生性瘢痕及其邻近正常皮肤组织各3例,采用Trizol试剂提取总RNA,进行mRNA芯片检验,利用Genespring 10.0软件筛选表达差异基因,并对增生性瘢痕和正常皮肤组间组内行聚类分析,应用DAVID Bioinformatics Resources 6.7对差异基因进行基因本体(GO)、生物学通路(Pathway)分析,获得差异基因相关功能的功能富集类。结果人增生性瘢痕与正常皮肤组织相比较,3例样品重复一次相对表达量比值在2倍以上变化的mRNA有6126条,2倍以上上调的mRNA共3142条,2倍以上下调的mRNA共2984条,5倍以上上调的mRNA共28条,5倍以上下调的mRNA共44条;重复两次相对表达量比值在2倍以上变化的mRNA有6042条,2倍以上上调的mRNA共3004条,2倍以上下调的mRNA共3038条,5倍以上上调的mRNA共25条,5倍以上下调的mRNA共38条;其中3例样品都上调的mRNA有3832条,2倍以上上调的1920条,2倍以上下调的1912条,5倍以上上调的18条,5倍以上下调29条。CDKN1C,CDKN2A,CTNNA3,COL6A3,HOXB4等差异表达基因与细胞周期、细胞增殖、以及细胞粘附等生物学过程密切相关,TGFβ1,CDKN1C,CDKN2A,CDC14A,ITGB6,EGF等差异表达基因主要参与黏着斑形成、b转化因子信号通路、细胞周期信号通路、P53信号通路、肿瘤相关信号通路。结论人增生性瘢痕与正常皮肤组织比较,mRNA表达谱发生了明显变化,TGFβ1,SMAD2,SMAD7,BAX,IGF,COL1A1,COL1A2,MMPs,CDC14A,ITGB6,EGF,CDKN1C,CDKN2A,CTNNA3,HOXA3等相关基因参与的生物过程、分子功能、信号通路可能与增生性瘢痕的发生发展密切相关。
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关键词
增生性瘢痕
基因
芯片
生物信息
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题名
增生性瘢痕与正常皮肤组织差异表达基因的筛选与生物信息学分析
被引量：
11
1
作者
胡洋红
胡杨柳
刘德伍
俞建兴
刘德明
机构
南昌
大学
第一
附属
医院
烧伤研究所
南昌
大学
江西中医药
大学
江西护理职业技术学院
中山大学附属第一医院特诊激光医学整形美容中心
南昌
大学
医学
院解剖学教研室
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第7期939-944,共6页
基金
国家自然科学基金(81060323)~~
文摘
目的比较人增生性瘢痕与正常皮肤组织中mRNA表达谱的差异,并对差异基因行生物信息分析,从分子水平全面探讨增生性瘢痕的发病机制,为临床治疗提供新靶点。方法收集我院手术切除增生性瘢痕及其邻近正常皮肤组织各3例,采用Trizol试剂提取总RNA,进行mRNA芯片检验,利用Genespring 10.0软件筛选表达差异基因,并对增生性瘢痕和正常皮肤组间组内行聚类分析,应用DAVID Bioinformatics Resources 6.7对差异基因进行基因本体(GO)、生物学通路(Pathway)分析,获得差异基因相关功能的功能富集类。结果人增生性瘢痕与正常皮肤组织相比较,3例样品重复一次相对表达量比值在2倍以上变化的mRNA有6126条,2倍以上上调的mRNA共3142条,2倍以上下调的mRNA共2984条,5倍以上上调的mRNA共28条,5倍以上下调的mRNA共44条;重复两次相对表达量比值在2倍以上变化的mRNA有6042条,2倍以上上调的mRNA共3004条,2倍以上下调的mRNA共3038条,5倍以上上调的mRNA共25条,5倍以上下调的mRNA共38条;其中3例样品都上调的mRNA有3832条,2倍以上上调的1920条,2倍以上下调的1912条,5倍以上上调的18条,5倍以上下调29条。CDKN1C,CDKN2A,CTNNA3,COL6A3,HOXB4等差异表达基因与细胞周期、细胞增殖、以及细胞粘附等生物学过程密切相关,TGFβ1,CDKN1C,CDKN2A,CDC14A,ITGB6,EGF等差异表达基因主要参与黏着斑形成、b转化因子信号通路、细胞周期信号通路、P53信号通路、肿瘤相关信号通路。结论人增生性瘢痕与正常皮肤组织比较,mRNA表达谱发生了明显变化,TGFβ1,SMAD2,SMAD7,BAX,IGF,COL1A1,COL1A2,MMPs,CDC14A,ITGB6,EGF,CDKN1C,CDKN2A,CTNNA3,HOXA3等相关基因参与的生物过程、分子功能、信号通路可能与增生性瘢痕的发生发展密切相关。
关键词
增生性瘢痕
基因
芯片
生物信息
Keywords
hyperplastic scar
gene
microarray
bioinformatics
分类号
R622 [医药卫生—整形外科]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
增生性瘢痕与正常皮肤组织差异表达基因的筛选与生物信息学分析
胡洋红
胡杨柳
刘德伍
俞建兴
刘德明
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
11
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